آیت الله العظمی سیدمحمدهادی میلانی را باید یکی از مهمترین مراجع تقلید پس از درگذشت آیت الله بروجردی نامید که مواضع و آرای سیاسی و اجتماعی اش مورد توجه قشرهای مختلف جامعه بود. میلانی در آن زمان مقبول روشنفکران و نواندیشان دینی بود و به دلیل روحیه میانه رویی که داشت، جذابیت های متنوعی را از خود نشان می داد. آیت الله میلانی ضمن حضور در حرکت های سیاسی و ایجاد رابطه با همه اقشار مردم و گروه ها به خصوص روشنفکران دینی و حمایت از حرکت های نوین مذهبی و نگرش نو به مسائل دیرین،به تدریس فقه و اصول و پرورش شاگردان برجسته و تأسیس مدارس دینی می پرداخت.او به ایجاد الفت و سازش میان علوم حوزوی و علوم جدید گرایش داشت. میلانی در تماس با چهره های برجسته جهان اسلام مثل شیخ محمود شلتوت و مراکز علمی اهل سنت مثل دارالتقریب بین المذاهب اسلامی بود. او حوزه را به آشنایی با اوضاع جهانی و آمادگی برای پاسخ گویی به مقتضیات زمان و مکان و نیاز های روز نسل جوان و تحصیل کرده تشویق می کرد. آیت الله سیدمحمدهادی میلانی در سالی وارد مشهد شد که نیروهای هوادار دکتر مصدق نفوذ بالایی در میان قشر مذهبی شهر داشتند. استاد محمد تقی شریعتی و طاهر احمد زاده به عنوان دو چهره اصلی سیاسی – مذهبی شهر، نقش بسیار مهمی در جذب جوانان و جلوگیری از گسترش افکار مارکسیستی ایفا می کردند. روحیه میانه رو و فرهنگ دوست میلانی که حاصل شش دهه حضور وی درعراق بود، کمک زیادی به تحکیم روابط او با نواندیشان دینی می کرد. به این ترتیب بیت آیت الله میلانی به مرکز نیروهای فعّال و جوانان مذهبی بدل شد. طرفداران آیت الله میلانی بیشتر از طبقه تحصیل کرده و روشنفکر و از اعضای انجمن های مختلف مذهبی از جمله کانون نشر حقایق اسلامی، جامعه تعلیمات اسلامی و انجمن اسلامی دانش آموزان و دانشجویان بودند. عموم وعاظ برجسته و علمای طراز اول شهر در هر خط و بینشی که بودند فضایل علمی و جایگاه بلند دین و دانش او را می ستودند و از حیث فقاهت او را از نوادر تاریخ فقه شیعه و از علمای طراز اول جهان تشیع می دانستند.آیت الله میلانی از دوره نهضت ملی که روشنفکران مذهبی به دنبال محملی شرعی برای رفتار سیاسی و اجتماعی خود بودند با برخی از چهره های سیاسی مرتبط بود و از حمایت معنوی خود به آنان دریغ نورزید. وی بارها با صدور اعلامیه و اقدامات مناسب و اعلام مخالفت ها در مقابل قوانین مغایر اسلام و مصالح مسلمین ایستاده و به دستگاه هیأت حاکمه ایران، هشدار داده بود.از جمله وی در جریان لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی با پیام ها و بیانیه های متعدد به افشاگری اهداف ضد اسلامی رژیم پرداخت و در بیانیه ای که در آبان 1341 خطاب به اسد الله علم منتشر نمود این لایحه را به شدت محکوم کرد. میلانی در فرایند رویداد های منتهی به قیام 15 خرداد و پس از دستگیری امام با مهاجرت به تهران به مبارزه علنی رونق بخشید. او از کسانی بود که مرجعیت امام خمینی را تاکید کرد تا مانع از صدور احکام سنگین از جمله اعدام بر ضد امام شود.آیت الله میلانی پس از بسته شدن فضای سیاسی کشور در چند سال پایانی عمر خود در عین رعایت احتیاطات لازم، تلاش هایی در جهت برقراری ارتباط با انقلابیون داشت و در مواقع لزوم آنها را یاری می کرد. وی در این مدت نامه نگاری هایی با آیت الله طالقانی داشته و از موقعیت خود برای تخفیف مجازات زندانیان سیاسی بهره می گرفت. همچنین او ارتباطات خود را با امام خمینی که به نجف تبعید شده بود، قطع نکرد و مکاتباتی با وی داشته است. در خرداد 1346 با انتشار اعلامیه ای درباره جنگ شش روزه اعراب و اسرائیل با اعراب مسلمان اظهار همدردی کرد و به همین دلیل از سوی ساواک تهدید شد. در همین سال در جریان جشن تاجگذاری به خاطر تبریک نگفتن به شاه، گذرنامه ایشان صادر و دستور خروج وی از ایران داده شد ولی به خاطر ملاحظه نفوذ معنوی اش، رژیم از تصمیم خود منصرف شد. همچنین آیت الله میلانی پس از شهادت آیت الله سعیدی در 24 خرداد 1349 به منظور تجلیل از وی درس خود را تعطیل کرد و به عزاداری پرداخت. اما با این وجود رادیکالیسم موجود در فضای آن روزگار سبب می شد که سطح انتظارات از مراجع تقلید فراتر رود. انقلابیون انتظار داشتند که مرجعیت شیعه حضور فعال تری در صحنه داشته باشد و از میانه روی بپرهیزد. این مسأله باعث شد در مقاطع مختلف تاریخی شاهد بروز چالش میان بخش هایی از جامعه با میلانی شویم. اما بررسی اسناد ساواک و خاطرات شفاهی فعالان سیاسی و حوزوی آن روزگار نشان می دهد که آیت الله العظمی میلانی علی رغم منش محتاطانه ای که در ظاهر داشت، در مبارزات علیه رژیم شاه نقش ایفا می کرده است و همین رویه آیت الله میلانی سبب شده بود که وی به شدت زیرنظر باشد و حتی گاهی نیز از سختگیری های شدید دستگاه های امنیتی شاکی شود.اما باید تاکید کرد که منش مبارزاتی میلانی به طور کلی منش مسالمت آمیز بود و از رادیکال شدن مبارزه رضایت نداشت. در هر صورت بعد از رحلت آیت الله میلانی، حوزه مشهد نیز دچار کمبودهایی شد. اسناد ساواک نشان می دهد که برخی از طلاب مشهد نیز پس از میلانی تصمیم به مهاجرت به قم گرفتند. از این رو شاید بتوان میلانی را از واپسین مراجع تقلید بزرگ شیعه مستقر در مشهد دانست که در حیات سیاسی اجتماعی این حوزه نقش چشمگیری داشت