قارچهای بیماری زا بر روی غده و ریشه پیاز از اهمیت بسزایی برخوردارند. در دو سال زراعی 87-86 از مزارع پیاز, نمونه های مشکوک به پوسیدگی ریشه و غده ی در استان های خراسان رضوی و شمالی جمع آوری گردید. از نمونه های آلوده 115 جدایه ی قارچی جدا و خالص شد. از این تعداد52 جدایه به عنوان fuasrium oxysporum, 26 جدایه f. solani,20 جدایه f. proliferatum, 5 جدایه pyrenochaeta terestris , 6 جدایه rhizopycnis vagum و 6 جدایه alternaria sp. شناسایی گردیدند. پس از انجام آزمون بیماریزایی 29 جدایه f. oxysporum, 24 جدایه ی f. solani , 16 جدایه ی f. proliferatum و تمامی جدایه های p. terestris و r. vagum بیماریزا تشخیص داده شدند. در بررسی دامنه ی میزبانی f. oxysporum، هر 29 جدایه فقط بر روی پیاز بیماریزا بودند و به عنوان f. oxysporum fsp. cepea معرفی گردیدند. بر اساس این نتایج گونه p. terestris به عنوان عامل بیماری ریشه سرخی پیاز و گونه های فوزاریوم به عنوان عوامل اصلی پوسیدگی ریشه و غده ی پیاز شناسایی شدند. گونه ی r. vagum برای فلور قارچی ایران جدید بوده و پیاز نیز به عنوان میزبانی جدید برای این بیمارگر در دنیا معرفی گردید. در این تحقیق با استفاده از سه روش محیط کشت آگاردار , گلخانه ای و مولکولی مشخص شد که دو گونه ی f. oxysporum و f. proliferatum در پیاز بذرزاد می باشند. همچنین تیپ های آمیزشی گونه ی f. proliferatumدر استان های مذکور بررسی گردید و مشخص شد که هر دو تیپ آمیزشی 1و2 در این دو استان وجود دارند و تیپ آمیزشی 2 تیپ غالب است.