به نظر می رسد روش فلسفی امام، مبتنی بر برداشت انسان شناسان? ایشان از عقل می باشد و بر اساس آن ایشان سه روش عرفانی، برهانی و نقلی را به رسمیت می شناسند. البته وی از این سه روش به صورت مکمل یکدیگر استفاده می کنند، به این ترتیب که نقل را برتر از عقل و کشف می داند، اما اگر ظواهر نقل با براهین مسلم عقلی ناسازگاری داشت، ظواهر شرع را به کناری می نهد، و ضمن آنکه معتقد است عرفان به مناطقی راه دارد که عقل از راه یافتن به آن وادی معذور است، یافته های سره عرفانی و عقلانی را قبول دارد و بر این باور است که نباید در فلسفه "کشف" را به جای "عقل" نشاند. در مقابل، روش فلسفی علامه طباطبایی، مبتنی بر برداشت وجود شناسانه است، لذا ایشان فقط از روش عقلی در فلسفه استفاده می کند. به عبارت دیگر می توان گفت که معرفت شناسی امام مبتنی بر انسان شناسی است و حال آنکه معرفت شناسی علامه طباطبایی مبتنی بر هستی شناسی است.