مطالعه انتقال میکروب ها در خاک از جنبه های مختلفی مانند آلودگی آب های زیرزمینی و پالایش زیستی خاک و آب زیرزمینی اهمیّت دارد. هدف از این پژوهش بررسی کمّی اثر ریشه گیاه ذرّت بر حرکت یون کلرید و باکتری در شرایط جریان اشباع در خاک بوده اَست. بدین منظور آزمایشی در قالب طرح کاملاً تصادفی اجرا شد. تیمارها شامل ستون های خاک دست خورده به ترتیب شاهد (بدون ریشه گیاه ذرّت)، با ریشه گیاه ذرّت و با ریشه پوسیده شده گیاه ذرّت بودند. تعداد 9 ستون خاک با بافت شنی لومی (با جرم ویژه ظاهری 48/1 گرم بر سانتی متر مکعب) تهیّه گردید. منحنی های رخنه کلرید و باکتری(e.coli) در حالت اشباع و به روش بار ثابت اندازه گیری شد. از مدل جریان روان-انتشار (cde) برنامه کامپیوتریcxtfit برای شبیه سازی حرکت کلرید در خاک استفاده شد. مدل های تک مکانی و دو مکانی در برنامه کامپیوتریhydris-1d برای پیش بینی انتقال و نگهداشت باکتری در خاک استفاده شد. نتایج آزمایش ها نشان داد که تفاوت بین های هیدرولیکی (ks، و d) تیمارهای مختلف چشمگیر بود و این تفاوت در سطح 5 درصد معنی دار بود. نتایج نشان داد مدل جذب-واجذب سینتیک دو مکانی در مقایسه با تک مکانی برازش بهتری با داده های حاصل از انتقال باکتری داشت. کارایی این مدل (e) در برآورد منحنی رخنه باکتری از 97/0 تا 99/0 بود. جذب باکتری به مکان 1 سریع و واجذب آن کُند بود. در حالیکه جذب باکتری و واجذب آن از مکان 2 سریع بود. ویژگی جذب سریع و واجذب کند باکتری در مکان 1 به کانی هایی از خاک نسبت داده شد که دارای بار موافق برای جذب باکتری می باشند. نرخ واجذب باکتری در تیمارهای مورد مطالعه کمتر از001/0 تا 01/0 نرخ جذب آن بود که نشان دهنده جذب تقریباً غیر قابل برگشت باکتری گرم منفی به مکان های دارای بار مثبت اَست. بیشتر باکتری ها پالایش شده در لایه های سطحی خاک نگهداشته شدند. نرخ حذف باکتری در تیمارهای مورد مطالعه از 033/7 تا 605/2 متغیّر بود. کاهش نرخ حذف باکتری در تیمارهای با ریشه گیاه و با ریشه پوسیده شده بیانگر وجود منافذ درشت در خاک بوده که در نتیجه سیستم ریشه ای عمیق گیاه ذرّت در خاک ایجاد شده اند.