به منظور بررسی مقاومت به خشکی ارقام کلزا در مرحله گیاهچه از لحاظ صفات مورفوفیزیولوژیک و بررسی ارتباط این صفات با نشانگرهای issr و نشانگرهای پروتئینی، 10 رقم کلزا در سه سطح آبیاری (آبیاری کامل (شاهد)، آبیاری بعد از تخلیه 60 درصد و 85 درصد آب قابل دسترس خاک) مورد مطالعه قرار گرفت. تجزیه واریانس صفات تنوع قابل ملاحظه ای را در بین ارقام نشان داد. تنش خشکی موجب کاهش کلیه صفات مورفولوژیک مورد ارزیابی بخصوص عملکرد بیولوژیک، وزن خشک اندام هوایی و وزن خشک و طول ریشه و موجب افزایش صفات محتوی کلروفیل و فلورسانس کلروفیل شد. رقم اپرا از نظر اکثر صفات برتر بود. تجزیه خوشه ای در هر سه سطح تنش آبی، ارقام را در گروه های مختلف قرار داد که رقم اپرا و slmo46 در هر سه شرایط در گروه هایی قرار گرفتند که میانگین صفات بیشتری نسبت به بقیه ارقام داشتند. همچنین، این ارقام از نظر صفات مورد بررسی بیشترین فواصل را با ارقام با میانگین کم و متوسط (اورینت و ابونیت) داشتند. تجزیه issr با استفاده از 11 آغازگر، 54 نوار چند شکل در ارقام مورد مطالعه تولید کرد. میانگین pic و mi برای کلیه آغازگرها به ترتیب 21/0 و 03/1 بدست آمد. تجزیه خوشه ای داده های مولکولی با استفاده از فاصله ژنتیکی دایس، ارقام را به 3 گروه متمایز منتسب کرد. رابطه بین نشانگرهای مولکولی و صفات مورد مطالعه در سطوح مختلف تنش از طریق تجزیه رگرسیون چندگانه بررسی شد. نتایج نشان داد که بیشترین تغییرات تبیین شده در شرایط شاهد مربوط به محتوی نسبی آب (78%) و در شرایط تنش متوسط مربوط به نسبت ریشه به ساقه (66%) و در تنش شدید مربوط طول ریشه (53%) بود. در تجزیه sds-page برای پروتئین های ذخیره ای بذر، بیشترین مقدار سطوح تنوع بر اساس شاخص تنوع ژنی نی در رقم slmo46 (399/0) مشاهده شد. نتایج گروه بندی بر اساس داده های مولکولی و پروتئینی نشان داد که بین این دو گروه بندی تطابق نسبی وجود دارد. بطوریکه، در هر دو گروه بندی ارقام لیکورد، اورینت و اکاپی در یک گروه و ارقام اپرا، ادر و slmo43 در گروه دیگر قرار گرفتند. همچنین این گروه بندی با گروه بندی داده های مورفوفیزیولوژیک نیز تا حدودی همسویی داشت.