ویروئیدها کوچکترین عوامل بیماریزای شناخته شده هستند که تنها در گیاهان یافت شده اند. آنها rna های حلقوی، تک رشته ای، غیر کد کننده، برهنه و بیماریزایی هستند که برای همانند سازی وابسته به میزبان خود می باشند. ویروئید موزاییک نهفته هلو (plmvd) peach latent mosaic viroid از جنس pelamoviroid و خانواده avsunviroidae، در گونه های مختلف جنس prunus بیماریزا می باشد و دارای گسترش جهانی است. در این مطالعه جدایه های plmvd از باغهای هلو و آلو در ایران برای نخستین بار شرح داده شده و با جدایه های استرالیایی plmvd مقایسه شدند. استخراج rna با استفاده از روشهای trizol و یا به دام اندازی سلیکا (silica capture method) انجام گرفت. شناسایی ویروئید توسط آزمون rt-pcr صورت پذیرفت. محصول خالص شده pcr با استفاده از ناقلpgem®-t easy همسانه سازی شده و پلاسمید نوترکیب حاصل توالی یابی شد. 13 جدایه جدید که طولی بین 338-336 نوکلئوتید داشتند، بدست آمد. تنوع توالی خارج از نواحی سرچکشی، خود شکنندگی و حلقه اتصال این ویروئیدها اتفاق افتاده است. این جدایه ها با جدایه هایی از کشورها و میزبانهای مختلف از نظر فیلوژنتیکی گروه بندی شدند. یکی از 9 جدایه ایرانی دارای شباهت نزدیک با جدایه های استرالیایی بود. عصاره استخراجی اسید نوکلئیک، محصول pcr اندکی طولانی تر از واحد طول و پلاسمیدهای نوترکیب حاصل از یکی از جدایه های استرالیایی، همه آلوده کننده و در نهالهای هلوی مایه زنی شده دارای علایم بودند. مولکولهای ویروئیدی دو نتاج حاصل از کلون آلوده کننده هر کدام 10 جهش در مقایسه با کلون مادری که 30 روز قبل مایه زنی شده بود، نشان دادند که تکرار جهش 10 عدد در هر 338 نوکلئوتید می باشد. ویروئید پوست پینه ای سیب، (assvd) apple scar skin viroid از جنس apscavroid و خانواده pospiviroidae، یکی از مخربترین بیماریهای ویروئیدی در میان درختان میوه دانه دار بوده و می تواند خسارات اقتصادی چشمگیری ایجاد نماید. علایم این بیماری شامل شکاف خوردگی، بدشکلی و خال دار شدن میوه در باغات سیب و گلابی در استان خراسان رضوی مشاهده گردید. نمونه برداری از باغات سیب و گلابی صورت گرفته و rna از برگهای درختان با استفاده از روش به دام اندازی سلیکا استخراج گردید. assvd پس از انجام آزمون rt-pcr در نمونه های حاصل از این باغها شناسایی شد. محصول pcr خالص گردیده و با استفاده از ناقلpgem®-t easy همسانه سازی شده و پلاسمید نوترکیب حاصل توالی یابی شد. پس از انجام آنالیزهای لازم، 12 جدایه جدید این ویروئید از میزبانهای سیب و گلابی در بانک ژن (ncbi) ثبت گردید. این جدایه ها طولی بین 334 -329 نوکلئوتید داشتند. آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از روش neighbor joining نشان داد که جدایه های ایرانی از سایر جدایه های این ویروئید مشخص بوده و در گروه جداگانه ای قرار گرفتند. تنوع ژنتیکی از طریق نشان دادن جایگاه های جهش جدایه های ایرانی بر روی ساختار ثانویه مولکول مرجع assvd مورد بررسی قرار گرفت. این مطالعه اولین گزارش از شناسایی و بررسی صفات ویروئید پوست پینه ای سیب در ایران می باشد.