نام پژوهشگر: سیدحسن حافظیان

چندشکلی آللی درجایگاه های ژنی، دی آسیل گلیسرول آسیل کوآنزیم آ ترانسفراز و استروئیل کوآ دی استراز در گاوهای هلشتاین و سیمنتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه مازندران 1389
  مصطفی رضایی آدریانی   قدرت رحیمی میانجی

تنظیم فیزیولوژیکی تولید شیر تحت کنترل چندین ژن می باشد که ممکن است از ژن های مهم کاندیدا در تبیین تنوع ژنتیکی صفات اقتصادی مرتبط در حیوانات مزرعه ای به حساب آیند. وجود چند شکلی در این ژن های کاندید که با صفاتی خاص همبستگی نشان می دهند به عنوان جایگاه های کمی (qtl) در انتخاب به کمک نشانگر (mas) مفید خواهند بود. در گاو شیری دو ژن کاندید مهم برای تولید و ترکیبات چربی شیر، جایگاه ژن های دی آسیل گلیسرول آسیل کوآنزیم آ ترانسفراز و استروئیل کوآ دی استراز می باشند. نمونه های خون از دو گله سیمنتال و هلشتاین به طور تصادفی جمع آوری و استخراج dnaبا روش نمکی بهینه یافته انجام گرفت. در مطالعه حاضر برای شناسایی چند شکلی در این دو نشانگر از جفت پرایمرهای اختصاصی برای تکثیر دو قطعه از اگزون 5 در جایگاه استروئیل کوآ دی استراز و یک قطعه از اگزون 8 برای جایگاه دی آسیل گلیسرول آسیل کوآنزیم آ ترانسفراز و برای تعیین ژنوتیپ در هر یک از این جایگاه ها به ترتیب از روش های pcr-rflpو pcr-sscpاستفاده شد. در روش pcr-rflp هضم با استفاده از دو آنزیم nco1وalu1 و شناسایی ژنوتیپ ها برای هر نمونه روی ژل آگارز 2% و رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید انجام گرفت. در روش pcr-sscpاز ژل پلی اکریل آمید 12% و رنگ آمیزی روش نیترات نقره استفاده شد. هضم محصولات pcr با آنزیم alu1در جایگاه 725 جفت بازی در جایگاه استروئیل کوآ دی استراز دو آلل v وa با فراوانی (79 و 21 درصد) و (92 و 8 درصد) به ترتیب در نژادهای هلشتاین و سیمنتال را نشان دادند. وفور ژنوتیپ های aa ,av ,vv در هر یک از جمعیت های هلشتاین و سیمنتال به ترتیب (34 و 43 و 23) و (84 و 16 و 0) درصد برآورد شد. در برش قطعه 395 جفت بازی از این جایگاه با آنزیم nco1 دو آلل c و t هر یک با فراوانی به ترتیب 40 و 60 درصد در نژاد هلشتاین و 45 و 55 درصد در سیمنتال مشاهد شد. وفور ژنوتیپی tt ,ct ,cc در هر یک از جمعیت های هلشتاین(20 و 40 و 40) و سیمنتال (34 و 43 و 34) درصد برآورد شد. از تکثیر یک قطعه 176 جفت بازی در اگزون 8 جایگاه دی آسیل گلیسرول آسیل کوآنزیم آ ترانسفراز دو آلل a و k با فراوانی (60 و 40 درصد) در جمعیت هلشتاین و (57و 43 درصد) در جمعیت سیمنتال شناسایی شد. وفور ژنوتیپی kk ,ak ,aa در هر یک از جمعیت های هلشتاین (48 و 34 و 18) و سیمنتال (35 و 44 و 21) درصد برآورد گردید. مطالعات همبستگی بین چند شکلی های مشاهده شده و صفات مهم اقتصادی از جمله تولید و ترکیب شیر در مطالعات بعدی ضرووری به نظر می رسد.

مقایسه چند شکلی های تک نوکلئوتیدی جایگاه ژنی mx در سویه های مختلف مرغ
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده علوم کشاورزی 1390
  صدیقه ملک شاهدهی   سیدحسن حافظیان

بیماری آنفلوانزای طیور یکی از بیماری های واگیر دار ویروسی موثر بر دستگاه تنفسی، گوارشی و عصبی گونه های متعدد پرندگان می باشدکه دارای قدرت انتشار سریع و از خانواده اورتومیکسوویروس ها می باشد. اینترفرون نوع 1 اولین خط دفاعی قوی و تحریک کننده قوی برای بیان پروتئین های آنتی ویروسی می باشد که اثرات حفاظتی خود را با بیان ژن mx نشان می دهند. یک جابجایی نوکلئوتیدی در جایگاه 2032، موجب تنوع پروتئین در جایگاه 631 می شود که فعالیت مثبت و منفی پروتئین های mx را تعیین می کند، به طوری که آلل a و g در جایگاه 2032 به ترتیب موجب فعالیت آنتی ویروسی مثبت و منفی می شود. برای شناسایی چند شکلی های آللی در جایگاه ژنی mx در سویه های مرغ تجاری گوشتی، تخم گذار و مرغ های مولد از ایستگاه اصلاح نژاد مرغ بومی مازندران، فارس و خراسان ( 50 نمونه به ازای هر جمعیت) انجام گرفته است. نمونه های خون به طور تصادفی از 250 قطعه مرغ از این سه جمعیت جمع آوری و استخراج dna با روش نمکی بهینه یافته انجام شد. با استفاده از pcr و آغازگرهای ویژه mx قطعه ای به طول 299 جفت باز تکثیر شد. از روش pcr-rflp برای شناسایی چند شکلی استفاده شد و محصولات pcr به دست آمده از اگزون 13 ژن mx تحت تیمار آنزیم های محدودگر hpy8i قرار گرفتند. در جمعیت مرغ های بومی ساری سه ژنوتیپ aa، ag و gg به ترتیب با فراوانی 18/0، 423/0و 97/0، مرغ بومی مشهد با فراوانی 437/0، 33/0و 23/0و در مرغ بومی شیراز با فراوانی 347/0، 461/0و 192/0 درصد محاسبه شد. همچنین در مرغ تخم گذار فراوانی ژنوتیپی aa و ag به ترتیب، 72/0 و 28/0 و در جمعیت مرغ گوشتی فراوانی ژنوتیپ های aa، ag و gg به ترتیب 32/0، 48/0 و 4/0 برآورد شد. فراوانی آللی در جمعیت مرغ های بومی ساری (692/0) a و (308/0) b، مرغ بومی شیراز (577/0) a و (423/0) b، مرغ بومی مشهد (604/0) a و (396/0) b، جمعیت مرغ گوشتی (46/0) a و (54/0) b و در جمعیت مرغ تخم گذار (86) a و (14) b محاسبه شد. برای مقایسه فراوانی ژنوتیپی و ژنی به ترتیب از آزمون کای اسکور و فیشر استفاده شد. در مقایسه فراوانی ژنوتیپی بین جمعیت های مورد مطالعه اختلاف معنی دار وجود داشت )001/0>p ). بین سویه مرغ گوشتی و مرغ بومی ساری نیز اختلاف معنی داری وجود داشت. در مقایسه فراوانی ژنی جمعیت های مورد مطالعه، بین جمعیت های مرغ بومی ساری و مرغ تخم گذار، همچنین مرغ بومی مشهد و مرغ گوشتی اختلاف معنی داری وجود داشت )005/0>p ). در این تحقیق به دلیل مشاهده چند شکلی در موقعیت 631 پروتئین mx و نقش مهم آن در برابر حساسیت بیماری آنفلوانزا و آبسه مخاط دهانی می توان در در برنامه های اصلاح نژاد نقش مهمی ایفا کند. کلمات کلیدی: آنفلوانزا، چندشکلی، ژن mx، مرغ بومی، مرغ گوشتی، مرغ تخمگذار

ارزیابی جایگا ژنی بتا کازئین گاوی به منظور شناسایی واریانت های a1 و a2 توسط pcr با مارکر اختصاصی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده کشاورزی 1391
  مجید غلامی   سیدحسن حافظیان

فرم های متفاوت آللیک در جایگاه ژنی بتا کازئین شامل آلل a1 و a2 در میان بسیاری از نژادهای گاو شیری گزارش شده است. بر خلاف بتا کازئین نوع a2، در شرایط آزمایشگاهی پپتید بیواکتیو بتاکازومورفین 7 از هضم پروتئولیتیک بتاکازئین گاوی نوع a1تولید می شود که فعالیت شبه مورفینی دارد که منجر به بسیاری از بیماری ها ازجمله دیابت نوع 1، بیماری های قلبی عروقی، سندروم مرگ ناگهانی و جنون می شود. هدف از این تحقیق شناسایی پلی مورفیسم ژن بتا کازئین در جمعیتگاو های نژاد هلشتاین، سیمنتال و گاو های بومی ایران به منظور ردیابی واریانت هایa1 و a2 بوده است. در این مطالعه از 119 رأس گاو هلشتاین، 32 رأس گاو سیمنتال و 243 رأس گاو بومی ایران (سیستانی 59، گیلانی 81، مازندرانی 103 رأس) خون گیری به عمل آمد. برای استخراج dna از روش نمکی بهینه و از واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) جهت تکثیر یک قطعه 854 جفت بازی از بخشی از اگزون 7 و ناحیه ای از اینترون 6 ژن بتا کازئین استفاده شد. محصول pcr روی ژل آگارز 1 درصد الکتروفورز و جهت تعیین پلی مورفیسم ژن مورد نظر در این تحقیق از تکنیک pcr با مارکر اختصاصیاستفاده شد. فراوانی آلل های a1 و a2برای گاو های هلشتاین به ترتیب (50%، 50%)، سیستانی (5/45%، 5/54%) مازندرانی (6/46%،4/53%)، گیلانی (4/49%، 6/50%) و سیمنتال (57/51%، 43/48%) برآورد شده است. بررسی تعادل هاردی واینبرگ به وسیله آزمون کای مربع، بیانگر عدم وجود تعادل در این جایگاه در همه جمعیت های مورد مطالعه بوده است.همچنین مقایسه فراوانی آللی و ژنوتیپی مشاهده شده بین نژاد های مورد مطالعه به ترتیب با استفاده از روش دقیق فیشر و روش آزمون مربع کای با استفاده از نرم افزار sas نسخه 1/9 انجام شد. نتایج آنالیز مقایسه فراوانی آللی تفاوت معنی داری )05/0 (p>را نشان نداد. و همچنین فراوانی ژنوتیپی بین نژادهای مورد مطالعه به جز تالشی و هلشتاین که تفاوت معنی دار بود، بقیه مقایسات تفاوت معنی داری )05/0 (p>را نشان نداد.