در این مطالعه به منظور تعیین ساختار ژنتیک جمعیت تاس ماهی ایرانی (acipenser persicus) دریای خزر دو روش توالی یابی قطعه d-loop و هضم آنزیمی (pcr-rflp) ژن nd5 در dna میتوکندریایی به کار گرفته شد. در مجموع تعداد 225 نمونه باله تاس ماهی ایرانی از مناطق مختلف دریای خزر جمع آوری گردید. توالی یابی با استفاده از روش استاندارد انجام پذیرفت. هضم آنزیمی ژن nd5 با استفاده از 25 آنزیم برشگر انجام گرفت و الگوی هضم آنزیمی با استفاده از الکتروفورز ژل پلی اکریل آمید 6% و رنگ آمیزی نیترات نقره مشاهده شد. از بین آنزیم های برشگر 5 آنزیم الگوی برشی چند شکلی را نشان دادند. در مجموع بین 45 و 225 نمونه در روش توالی یابی و هضم آنزیمی مورد مطالعه به ترتیب 12 و 32 هاپلوتیپ متفاوت بدست آمد. تنوع هاپلوتایپی و نوکلئوتیدی در نمونه های کل مناطق دریای خزر در روش توالی یابی به ترتیب برابر با 037/0 ± 795/0 و 0046/0 ± 0062/0 و در روش هضم آنزیمی به ترتیب 046/0 ± 7610/0 و 00421/0 ± 008332/0 بدست آمد. در روش توالی یابی نتایج آنالیز fst بر اساس روش دوپارمتری و آنالیز واریانس مولکولی (amova) نشان داد در رودخانه سفیدرود از سواحل جنوبی دریای خزر و همچنین نمونه های مناطق روسیه و آذربایجان اختلاف معنی داری مشاهده گردید (001/0 > p) و در نهایت وجود سه جمعیت مشخص گردید. در روش هضم آنزیمی نتایج نشان داد که توزیع هاپلوتیپ ها در بین مناطق مختلف نمونه برداری اختلاف معنی داری دارد و دو جمعیت رودخانه سفیدرود و منطقه روسیه با دیگر مناطق اختلاف معنی داری را نشان دادند (?2= 126.62 ,d.f. = 215, p < 0.0001). با توجه به نتایج دو روش به کار گرفته شده مشخص می گردد که در دریای خزر جمعیت های مستقلی از تاسماهی ایرانی وجود دارد بطوریکه نمونه های رودخانه سفید رود و منطقه روسیه و آذربایجان جمعیت های مستقلی از تاس ماهی ایرانی معرفی می شوند و می تواند نتایج ارزشمندی را برای شناسایی جمعیت های تاس ماهی ایرانی و تعیین واحدهای حفاظتی و مدیریتی ذخایر جمعیت های احتمالی و همچنین اطلاعات مفیدی از کاربرد روشهای مولکولی را به منظور تعیین بیولوژی حفاظت گونه تاس ماهی ایرانی ارائه نماید.