نام پژوهشگر: مهدی فروزنده مقدم

طراحی و توسعه تکنیک nasba-elisa برای تشخیص عفونت ویروس نقص ایمنی انسان در خون
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1387
  مریم شهرابی فراهانی   مهدی فروزنده مقدم

چکیده طی دو دهه اخیر روشهای تشخیص hiv نقش مهمی را در حفظ سلامت در جهان ایفا کرده اند. روشهای مولکولی با حساسیت بالا نیز که اخیرا توسعه یافته اند قادرند عفونت را در مراحل بسیار ابتدایی نیز تشخیص دهند ؛ اما بسیاری از این تکنولوژی ها در کشور های در حال توسعه به دلایل اقتصادی قابل اجرا نیستند ؛ ولی چنانچه از هزینه های مربوط به این روشها کاسته شود استفاده از انها میسر می شود . با شروع عفونت hiv-1 اولین مارکر خونی که نشانه ای ازوجود عفونت است rna ویروسی می باشد. از میان روشهای موجود که شناسایی rna را هدف قرار می دهند متداول ترین تکنیک ها nasba و rt-pcr می باشند . nasba یک روش تکثیر هموژن و تکدماست که از عملکرد هم زمان سه انزیم و دو پرایمر برای تکثیر توالی هدف استفاده می کند. nasba مزیتهای متعددی نسبت به rt-pcr ارائه می کند. nasba یک روش تکدما است که نیاز به استفاده از انزیم های مقاوم حساس به حرارت و دستگاه ترمال سایکلر را برطرف می سازد. بنابراین سنجشی مبتنی بر nasba برای تشخیص hiv-1 rna بنا نهاده شد و روش اشکارسازی محصولات نیز elisa قرار داده شد . با وارد کردن نوکلئوتید 11-dig-utp در مخلوط واکنش rna های تولیدی نشاندار شد. محصولات nasba وارد فرایند elisa شد که در ان یک کاوشگر متصل به بیوتین به محصولات در فاز مایع متصل می شود . هیبرید ها rna-dna به یک پلیت میکروتیتر پوشانده شده با اویدین منتقل شدند و اشکارسازی نهایی به روش رنگ سنجی با اضافه کردن کونژوگه انتی دیگوکسی ژنین- پراکسیداز و سوبسترای 2و2 ازینو دی 3 اتیل بنز تیازولین سولفونات صورت گرفت . روشی که تشریح شد قابل انطباق بر ازمایشگاههای تشخیصی می باشد .

طراحی و توسعه روش nasba-elisa جهت شناسایی و سنجش تعداد انگل لیشمانیا در زخم پوستی قبل و بعد از درمان با گلوکانتیم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1389
  شهناز شیربازو   عبدالحسین دلیمی اصل

چکیده هدف:انگل لیشمانیاماژور انگل تک یاخته ای تاژکدار ، با تنوع بیش از 20 گونه دارای گسترش جهانی می باشد. این انگل عامل بیماری لیشمانیازیس پوستی (cl) در انسان است. برای تشخیص این بیماری استفاده از روش های مولکولی حساس تر از روش های میکروسکپی است. استفاده از روش nasba بدلیل شناسائی انگل زنده دارای ویژگی بالائی است. هدف از این مطالعه استفاده ازتکنیک مولکولی ایزوترمال nasba (nucleic acid sequence-based amplification) در تشخیص انگل زنده لیشمانیاماژور در شرایط محیط کشت و از زخم موشهای آلوده به لیشمانیا ماژور بوده است. مواد و روش ها: پس از تکثیر انگل در محیط اختصاصی nnn و rpmi تخلیص rna از مرحله پروماستیگوت و همچنین از زخم پوستی موشهای آلوده به لیشمانیاماژور به عمل آمد واز تکثیر ژن 18s rrna برای ارزیابی روش nasba در تشخیص انگل زنده قبل و بعد از درمان با گلوکانتیم استفاده گردید. باند حاصل از تکثیر ژن اختصاصی 18s rrna ، بر روی ژل آگاروز و همجنین با تکنیک الیزا مورد ارزیابی قرار گرفت. علاوه بر این از تکنیکهای real time pcr و rt-pcr برای شناسائی انگل در زخم پوستی موشهای آلوده به لیشمانیا ماژور قبل و بعد از درمان با گلوکانتیم استفاده شد. نتایج: نتایج نشان داد که rnaی تخلیص شده از پروماستیگوت، دارای قطعه bp 1200 با سه باند ] s? 24، 28s rrnas [ 24 s?و 18s rrna می باشد. ژن اختصاصی 18s rrna انگل لیشمانیا در ناحیه 200 جفت بازی برای شناسایی پروماستیگوت انگل لیشمانیاماژور در روش nasba، قابل استفاده بودو اما این روش در شناسائی انگل زنده در زخم پوستی موشهای الوده به لیشمانیا ماژور قبل و بعد از درمان با گلوکانتیم از کارائی لازم بر خوردار نبوددر صورتیکه تکنیکهای real time pcr و rt-pcr در شناسائی انگل کارائی بهتری داشتند. نتیجه گیری: گرچه nasba روشی ایده آل در تشخیص سلول زنده توصیف شده است ولی این روش فقط برای شناسائی انگل زنده در مرحله پروماستیگوت حاصل از کشت کارائی دارد. استفاده از این تکنیک برای شناسائی انگل زنده در زخمهای پوستی ناشی از لیشمانیا ماژور بعلت کم بودن تعداد انگل از حساسیت لازم بر خوردار نیست در این رابطه می توان از تکنیکهای real time pcr و rt-pcr با کارائی بیشتر استفاده کرد. واژگان کلیدی: لیشمانیا ماژور، روش nabsa، ژنrna r 18s، real time pcr ، rt-pcr

تولید و بهینه سازی سنجش سریع جهت بررسی بیان ژنpsa با استفاده از نانوذرات طلا کونژوگه با الیگو نوکلئوتید به عنوان پروب
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  مریم احمدی   مهدی فروزنده مقدم

. تست فوق بر روی یک نوار یا استریپ و بدون نیاز به ابزار خاصی انجام می شود. با استفاده از پرایمر بیوتینیله ناحیه ژنی مورد نظر تکثیر می گردد، سپس با پروب ویژه حاوی da-tailed هیبرید می شود. مخلوط حاصل بر روی نوار اعمال می شود، با حرکت بافر در طول استریپ با فعالیت کاپیلاری نانو ذرات طلا کونژوگه با الیگوdt متصل به سطح نوار رهیدراته شده و در نهایت منجر به اتصال dna هدف به نانوذرات طلا از طریق هیبریداسیون می گردد. هیبرید در ناحیه تست نوار بوسیله استرپتاویدین به دام می افتد و یک خط قرمز مشخص ایجاد می کند. نانوذرات طلا اتصال نیافته بوسیله رشته الیگوda که در ناحیه کنترل نوار فیکس شده به دام می افتد و خط قرمز دوم را ایجاد می کنند که نشانه کارکرد درست تست می باشد. در این پروژه خطوط کنترل و تست با نانوذرات طلا 40 و 17 نانومتری بهینه شد، که حساسیت حاصل از دو نانوذره طلا مشابه بود. این تست بر روی محصول pcr که به دنبال واکنش rt-pcr بر روی mrna ژن psa حاصل گردید، انجام و حساسیت آن با الکتروفورز مقایسه شد که در نهایت حساسیتی بیش از 8 برابر نسبت به ژل الکتروفورز و رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید نشان داد. این تست در زمان کمتر از 1:30 ساعت با احتساب بیشترین زمان جهت pcr انجام گردید.

مهار فعالیت انکوژنیک wwp1 در رده سلولی سرطانی mcf-7 با باستفاده از micrornaسنتز شده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1388
  فاطمه نعمت پور   مهدی فروزنده مقدم

microrna ها rna های کوچکی به طول25 -18 نوکلئوتید می باشند که با فعال کردن مسیر rnai در تنظیم بیان ژن ها شرکت می کنند. همانطور که می دانیم در این مسیر microrna پس از اتصال به mrna کمپلکس risc شده و منجر به تخریب mrna و یا مهار ترجمه اش می شود. این مولکول ها در تنظیم فرایند های مختلفی از جمله؛ تکثیر، تمایز و آپوپتوز نقش ایفا می کنند. بنابراین نقش مهمی در شروع و پیشبرد سرطانها دارند. microrna های مرتبط با سرطان ها انکومیر نام دارند و به دو گروه تقسیم می شوند: 1- انکومیر های مهارکننده تومور؛ که منجر به مهار بیان انکوژن ها می شوند و بنابراین کاهش آنها منجر به مهار کاهش بیان انکوژن شده و در نتیجه با افزایش بیان انکوژن احتمال بروز سرطان افزایش خواهد یافت.2- انکومیر ها انکوژنیک؛ که منجر به مهار بیان مهارکننده های تومور می شوند و بنابراین افزایش بیان این دسته منجر کاهش فعالیت مهار کننده تومور شده و این امر خود منجر به بروز سرطان می شود. بنابراین ما نیز می توانیم از این سیستم کنترلی دقیق سلولی استفاده کرده و بیان ژن هدف را کنترل کنیم. مثلا در این تحقیق به منظور مهار بیان انکوژن wwp1 که در سرطان سینه افزایش می یابد ، از این سیستم استفاده شد و microrna را علیه این ژن طراحی و سنتز کرده و پس از الحاق به وکتور بیانی mir-155-based block-it pol ii mir rnai سازه مورد تایید را به سلول های سرطانی سینه mcf-7 وارد کرده و سپس کاهش بیان این ژن را با تکنیک real time pcr سنجش کردیم، ضمنا برای کنترل رشد و تکثیر سلولی تستmtt انجام شد. نتیجه اینکه microrna منجر به کاهش بیان این انکوژن تا 90% گشت و بنابراین فعالیت انکوژنیک آن نیز کاهش یافت چرا که رشد و تکثیر سلولی کاهش یافت. همانطور که از نتایج این تحقیق بر می آید microrna ها ابزار مفیدی برای کنترل بیان ژن ها می باشند.

بررسی سرکوب ژن هایnanog و rex-1 در سلول های بنیادی مزانشیمی با استفاده از فناوری rna تداخلی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1388
  لیدا لنگرودی   مهدی فروزنده مقدم

امروزه طب ترمیمی امکان درمان بسیاری از امراض پزشکی را فراهم نموده است. سلول های بنیادی که اساس این طب نوین را تشکیل می دهد، به علت توانایی بالا در تکثیر و ترمیم بافت ها امکان استفاده در ژن درمانی، درمان سلولی، و مهندسی بافت را فراهم نموده اند. بنابراین با شناخت هر چه بهتر این پتانسیل ذاتی ، امکان استفاده آنها به صورت کاربردی در سطح بالینی فراهم می گردد. سلولهای بنیادی مزانشیمی به علت منشاء تامین آسان ، پتانسیل ترمیمی بالا و دور ماندن از مسائل اخلاق زیستی، بر خلاف سلول های بنیادی جنینی از استقبال بالایی در سطح بالینی برخوردار شده است. هدف ما شناخت هر چه بهتر این سلول ها جهت اهداف درمانی می باشد. در این مطالعه به نقش دو فاکتور رونویسی در تکثیر و تمایز این سلول ها پرداخته شد. طبق مطالعات به عمل آمده دو فاکتور nanog و rex1 در تکثیر و حفظ خود تجدیدی سلول های بنیادی موثر شناخته شده است. با استفاده از فناوری نوین rna تداخلی سعی در شناخت تاثیر این دو فاکتور بر تمایز سلولی شد. در این راستا از سلول های بنیادی مزانشیمی خون بند ناف که از پتانسیل تکثیری و تمایزی بالاتری نسبت به سلول های بنیادی مغز استخوان دارد، استفاده گشت. پس از کشت و تکثیر سلولها به میزان لازم، سلول ها را باsirna های بر علیه nanog و rex1 همچنین بصورت توام ترنسفکت و مسیر تمایزی را با استفاده از روش real time pcr و رنگ آمیزی اختصاصی بررسی شد. نتایج حاصل سرکوب 60-70% ژن های هدف را اثبات نمود. سرکوب ژن nanog منجربه افزایش بیان ژن osteocalcin و osteopontin در نمونه ها گشت که با توجه به رنگ آمیزی مثبت alizarin red تمایز مشهود استخوانی را نشان می دهد. این سلول ها با رنگ آمیزی oil red که جهت تشخیص تمایز چربی بکار می رود نیز مثبت شدند. اما سرکوب ژن rex1 منجر به افزایش بیان دو ژن map2 و nestin گردید، که مشخصه تمایز به رده های عصبی را نشان می دهد. همچنین قابل ذکر است ، تیمار سلول ها با هر دو sirna منجر به تغییر بیان قابل توجهی از شاخص های مورد بررسی نگردید. نتایج حاصل حاکی از تمایز مزودرمی در سرکوب nanog ولی اکتودرمی در جهت سرکوب rex1 را نشان می دهد. احتمالا علت عدم تمایز سلول های تیمار شده با هر دو sirna را می توان به شبکه پشتیبانی سیستمیک تکثیری آنها نسبت داد لیکن بررسی های کاملتری بایستی در تایید آن صورت گردد. ژنهای دیگری که در تکثیر سلولهای بنیادی نقش دارند همچون oct4,sox2 از سیستم تنظیمی خاصی تبعیت می نمایند که پیش بینی نهایی را مشکل می نماید.

بررسی پاسخ هپاتوسیت های تمایز یافته از سلول های بنیادی مزانشیمی و سلولهای بنیادی cd34+ حاصل از خون بندناف به آسیب dna ناشی از افلاتوکسین b1
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1389
  معصومه قادری   عبدالامیر علامه

بن یاخته های cd34+ و مزانشیمی از خون بندناف انسان جدا شدند. این یاخته ها بعد از تعیین ویژگی به یاخته های شبه هپاتوسیتی تمایز داده شدند و به دنبال آن تأیید تمایز با روش های ایمونوسیتوشیمی و rt-pcr انجام شد. به منظور مقایسه حیات و آسیب dna، یاخته های شبه هپاتوسیتی، بن یاخته های مزانشیمی و cd34+ در معرض افلاتوکسین b1 (afb1) قرار گرفتند. تیمار با afb1 در روز 15 تمایز اثراتی وابسته به دوز و زمان بر حیات یاخته ها و آسیب dna نشان داد. مقدار ic50 افلاتوکسین b1 در هپاتوسیت های تمایز یافته از cd34+ و mscs به ترتیب برابر با 8/46 و 7/44 میکرومولار بود. در یاخته های شبه هپاتوسیتی مزانشیمی درصد dna اندازه گیری شده در دنباله ها 1 تا 2 برابر بیشتر از یاخته های غیرتمایزی مزانشیمی بود. درصد dna اندازه گیری شده در دنباله های هپاتوسیت های مزانشیمی تیمار شده با افلاتوکسین b1 (0، 5/2، 10، 20 میکرومولار) به مدت 24 ساعت تقریباً برتبر با 15، 55، 65 و 70 درصد بود. تحت شرایط مورد مطالعه هپاتوسیت های حاصل از cd34+ها در مقایسه با همتای مزانشیمی خود مقاومتر بودند. از روش pcr کمّی (qpcr) برای اندازه گیری آسیب های dna در ژن های هسته ای خاص استفاده شد (hprt، p53 و ?-globin). نتایج به دست آمده نشان داد که ژن p53 در مقایسه به سایر ژن ها نسبت به آسیب dna ناشی از afb1 حساستر می باشد. بیشترین مقدار آسیب (03/0±84/0 آسیب به ازای 10 کیلوباز) در ژن p53 هپاتوسیت های مزانشیمی اندازه گیری شد. ترتیب حساسیت این یاخته ها به آسیب dna ناشی از afb1 به این قرار می باشد: هپاتوسیت های مزانشیمی > بن یاخته های cd34+ > بن یاخته های مزانشیمی > هپاتوسیت های cd34+ و ترتیب حساسیت ژن های مورد مطالعه نیز به این صورت می باشد: p53> hprt> ?-globin. با توجه داده های به دست آمده پیشنهاد می شود که هپاتوسیت های تمایز یافته براساس منبع و منشأ در حساسیت یا مقاومت نسبت به ترکیبات آسیب رسان به dna با هم فرق می کنند. نتایج حاصله نشان می دهد که ژن های مختلف در یاخته های مختلف پاسخ های متنوعی را به آسیب ناشی از afb1 نشان می دهند که این تنوع رفتاری می تواند به ساختار کروماتین و نیز میزان دردسترس بودن آنها برای متابولیت فعال afb1 مرتبط باشد.

تعیین آلودگی و شناسایی مولکولی گونه های کریپتوسپوریدیوم جدا شده از رتهای وحشی مناطق مختلف تهران با استفاده از روش pcr-rflp برای ژن 18s rrna
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1389
  فارس بهرامی خودلان   جاوید صدرایی

جنس کریپتوسپوریدیوم ترکیبی از انگلهای تک یاخته ای است که لبه میکروویلی های سلولهای پوششی مجرای گوارشی تمام رده های مهره داران را آلوده می سازد. این انگلها در سراسر جهان یافت می شوند. اثرات عفونت ناشی از این انگل در گونه های مختلف کریپتوسپوریدیوم متغیر می باشد. برخی از گونه های کریپتوسپوریدیوم بسیاری از گونه های میزبانی را آلوده ساخته درحالیکه تعدادی در گروه محدودی از قبیل جوندگان یا نشخوارکنندگان یافت شده و حتی گونه هایی هم شناخته شده که تنها یک گونه میزبانی را آلوده می کنند. در این مطالعه به تعیین آلودگی و شناسایی مولکولی گونه های کریپتوسپوریدیوم در رتهای وحشی در سطح شهر تهران پرداخته شد ، که با صید تعداد 77 رت وحشی و انتقال به آزمایشگاه و آزمایش بر روی محتویات روده به دو روش میکروسکوپی و مولکولی موارد مثبت شناسایی شدند که تعداد موارد مثبت در روش میکروسکوپی که با استفاده ازتکنیک ذیل نلسون ( رنگ آمیزی اسید فست ) بود ،10 مورد ( 13 % ) شناسایی شد و این در حالی است که در روش مولکولی که با استفاده از nested pcr بود تعداد موارد مثبت 21 مورد ( 27 % ) بود تمام موارد مثبت در روش فوق را جهت شناسایی گونه های آلوده کننده با روشrflp مورد آزمایش قرار دادیم. از لحاظ الگوی rflp تمامی نمونه ها کریپتوسپوریدیوم با گونه پارووم شناسایی شدند، که جهت تایید مطالعه rflp اقدام به تعیین توالی گردید که موارد مورد نظر از لحاظ گونه تایید شدند ، و در نتیجه آزمایش rflp و تعیین توالی همان گونه کریپتوسپوریدیوم پارووم را نشان داد. نتایج بدست آمده حاصل از این مطالعه نشان می دهد ، که رتهای وحشی آلوده به گونه ای از کریپتوسپوریدیوم هستند که توانایی ایجاد آلودگی در انسان را داشته و این خود نشانی از اهمیت بهداشتی رتهای آزاد در سطح شهرهاست ، که احتمالا گونه کریپتوسپوریدیوم آلوده کننده انسان که بیشتر همان گونه پارووم است می تواند از رتهای وحشی به انسان منتقل شود.

مقایسه ایزوله های ژیاردیا لامبلیا شهرهای تهران و اهواز با روش pcr و تعیین توالی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  روح الله ولی پور نوروزی   جاوید صدرایی

ژیاردیا لامبلیا اصلی ترین تک یاخته روده ای قابل انتقال توسط آب در سراسر جهان به دلیل آلوده شدن آب با منابع آلوده مانند فاضلاب می باشد. ژیاردیازیس معمول ترین عفونت انگلی انسان در جهان است که باعث اسهال طولانی مدت می شود. انتقال انگل به صورت دهانی – مدفوعی می باشد. در بین گونه های شناسایی شده ژیاردیا، تنها ژیاردیا لامبلیا انسان را آلوده می کند. این تحقیق به منظور بررسی ایزوله های ژیاردیا لامبلیا شهر های اهواز و تهران با استفاده از ژن گلوتامات دهیدروژناز با روش pcr و تعیین توالی صورت گرفته است. در این تحقیق 1115 نمونه مدفوع انسانی از شهر های اهواز و تهران (375 نمونه از اهواز و 740 نمونه از تهران) جمع آوری و با روش میکروسکوپی بررسی شد و برای نمونه های مثبت استخراج dna با روش فنل/ کلروفورم و کیت استخراج dna از مدفوع انجام شد، به منظور تمایز بین نمونه ها از pcr و تعیین توالی ژن گلوتامات دهیدروژناز استفاده شد. تکثیر ناحیه gdh با استفاده از یک مرحله pcr با پرایمرهای gdhr و gdhf انجام شد. از نمونه های جمع آوری شده 37 نمونه (22 نمونه از اهواز و 15 نمونه از تهران) کیست یا تروفوزوئیت ژیاردیا لامبلیا را نشان دادند. ژن gdh هر 37 نمونه با موفقیت تکثیر شد. توالی نوکلئوتیدی 458 جفت بازی ناحیه gdh ده ایزوله ژیاردیا لامبلیا (از هر شهر 5 مورد) مشخص شد. بر اساس این مطالعه، ژنوتیپ ایزوله های ژیاردیا لامبلیای مورد بررسی را می توان در دو گروه متفاوت قرار داد. ایزوله های ژیاردیا لامبلیا شهر های اهواز و تهران بر اساس توالی نوکلئوتیدی ناحیه gdh با یکدیگر مقایسه شدند. نتایج این تحقیق نشان داد که ایزوله های a14, a6 a1, t4, t2 متعلق به گروه b و ایزوله های t8, t11, t14, a8, a13 متعلق به گروه a می باشند (ایزوله های اهواز با حرف a و ایزوله های تهران با حرف t نشان داده شده اند)، همچنین نمونه ها ی بررسی شده از این دو شهر با استفاده از ژن گلوتامات دهیدروژناز از نظر پراکندگی از الگوی خاصی پیروی نمی کنند.

بررسی تفاوت های ژنتیکی ژیاردیا لامبلیا در شهرستان خرم آباد و روستاهای اطراف آن با استفاده از pcr و تعیین توالی بازی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  امین اکبریان   جاوید صدرایی

ژیاردیا لامبلیا تک یاخته انگلی آلوده کننده روده کوچک است، که در سراسر جهان انسان را آلوده می کند. ژیاردیا لامبلیا در انسان معمولاً به وسیله نوشیدن آب های آلوده با کیست انتقال می یابد. نشانه های بیماری شامل اسهال چرب، نفخ شکم، اسهال و دل پیچه است. اما در بیشتر موارد در افراد با دستگاه ایمنی سالم، بیماری بدون نشانه است یا دارای علائم بیماری خفیف می باشد. از میان شش گونه شناخته شده ژیاردیا، فقط ژیاردیا لامبلیا انسان را آلوده می کند؛ این گونه همچنین تعداد زیادی از دیگر پستانداران را آلوده می کند. ایزوله های ژیاردیا لامبلیا در هفت گروه ژنتیکی کلاس بندی شده اند، که این کلاس بندی بیشتر بر اساس شناسایی اختلافات ژن های گلوتامات دهیدروژناز، زیر واحد کوچک rna ریبوزومی و تریوز فسفات ایزومراز بوده است. ژنوتایپ های a وb انسان و طیف وسیعی از سایر میزبانان، شامل: حیوانات اهلی، گربه، سگ و حیوانات وحشی را آلوده می کنند. ایزوله های ژنوتایپ a خود به زیر ژنوتایپ های i و ii و ژنوتایپ b به زیر ژنوتایپ های iii و iv گروه بندی شده اند. گروه های ژنتیکی c، d، e، f و g محدود به حیوانات خانگی، احشام و حیوانات هستند. در این تحقیق، 30 نمونه مثبت ژیاردیا لامبلیا از شهرستان خرم آباد و روستاهای اطراف جمع آوری گردید. بعد از استخراج dna تکثیر ژن gdh، با استفاده از pcr انجام شد که از 30 نمونه 24 نمونه مثبت شدند. برای تعیین اختلافات ژنتیکی بر روی 5 نمونه (2 نمونه از مناطق روستایی و 3 نمونه از مناطق شهری) تعیین توالی انجام شد. هم ردیفی چندگانه توالی ژن gdh نشان داد که توالی ها همه از یک ژنوتایپ بودند، 5 نمونه همه از ژنوتایپ a بودند. در این مطالعه ژنوتایپ a، ژنوتایپ غالب در خرم آباد و روستاهای اطراف بود. این یافته ها نشان داد که ایزوله های شهرستان خرم آباد از لحاظ ژنوتایپ شبیه هستند.

تولید سلولهای رده هماتوپوئتیک انسانی ازفیبروبلاست های القا شده با وکتور آدنوویروسی حامل ژنهای فعال دوره رویانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  غلامرضا خمیسی پور   علی اکبر پورفتح اله

در سال های اخیر ، دانشمندان سلولهای سوماتیک را به سلولهای شبه جنینی بنام سلولهای پرتوان القایی(ips) بازبرنامه ریزی کرده اند.با توجه به ادغام ژنومی وکتورهای لنتی یا رتروویروسی،و عوارض زیان آور متعاقب این ویروسها،تحقیقات فعلی بر بکارگیری ابزارهای بی خطر تر انتقال ژن معطوف شده است.آدنوویروسها ابزارهای مطمئنی برای انتقال وبیان ژن در سلولهای یوکاریوتی بشمار میروند.در این مطالعه، ما آدنووکتورهای حامل ژنهای انسانی فعال در دوره رویانی را ساخته واین آدنووکتورهای نوترکیب را با هدف تولید وکتورهای انتقال دهنده مطمئن تر بعنوان ویروسهای غیر ادغام شونده برای انجام بازبرنامه ریزی تولید کردیم.cdna های چهار ژن cmyc، klf4،oct4، و sox2 تکثیر یافته و سپس بطور جداگانه در وکتور انتقالی cmv-ires-gfpکلون شدند.وکتور انتقالی خطی شده با pme1 بطور همزمان با وکتور padenovator ?e1/e3در سلولهای rec+ bj5183 ترانسفورم شدند.تولید آدنوویروسها با ترانس فکت کردن آدنووکتورهای خطی شده با pac1 در رده سلولی 293a صورت گرفت.بازدهی ترانس فکشن از طریق مشاهده بیان gfp در زیر میکروسکپ فلورسانس تعیین شد.با توجه به پاره ای محدودیت ها در بکارگیری لنتی یا رتروویروسها وبازدهی پایین بازبرنامه ریزی سلولهای انسانی با وکتورهای حامل ژنهای موشی، اعتقاد داریم آدنووکتورهای حامل ژنهای انسانی بهترین گزینه برای بازبرنامه ریزی سلولهای سوماتیک و تولید سلولهای بنیادی پرتوان القایی هستند.بمنظور تولید سلولهای بنیادی هماتوپوئتیک،در ابتدا،فیبروبلاست های جداشده از پوست ختنه گاه تکثیر وآدنوویروسهای نوترکیب حامل ژنهای رویانی به محیط کشت اضافه گردید.پس از تشکیل کلون های شبه جنینی(adeno-ips) ،و تکثیر سلولی، سلولها به محیط کشت بدون bfgf منتقل شدند تا اجسام شبه جنینی تشکیل شوند.سپس به محیط تمایزی با وبدون سلولهای استرومایی بمدت 14 روز کشت داده شدند.یافته های حاصل از بررسی بیان ژن cd34 و شاخص های آنتی ژنی cd34,cd38 و cd133 نشان دادند که میزان تمایز هماتوپوئتیک سلولهای ips در محیط استرومایی وبدون استفاده از سایتوکاین موفق به تمایز سلولهای ips به سولهای تمایزیافته هماتوپوئتیک شدیم.

مهار بیان ژن tpd52 به وسیله microrna سنتتیک در سلولهای رده سرطان سینه mcf-7 به منظور کاهش رشد و تکثیر آنها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  مهرنوش یزدان بخش   مهدی فروزنده مقدم

سرطان، نتیجه ی عملکرد نادرست ژنوم و تغییر الگوی بیان ژنی در سلول هاست. در بیشتر سرطان های سینه، یکی از ژن هایی که افزایش بیان نشان می دهد، ژن tpd52 (tumor protein d52) است. این افزایش بیان، باعث افزایش رشد مستقل از سطح سلول ها می شود. بنابراین، شاید با کاهش بیان این ژن، بتوان به درمان این سرطان ها کمک کرد. یکی از روش های کاهش بیان ژن ها، مهار پس از رونویسی آن ها و یک روش نوین این کار، استفاده از microrna های شبیه سازی شده ی سنتتیک می باشد که با الگوبرداری از microrna ها که به طور طبیعی در سلول ها موجود بوده و بیان ژن ها را تنظیم می کنند، ساخته شده اند. چون در این روش، از مسیرهای اندوژن سلولی استفاده می شود، انتظار می رود که کارآیی بالایی داشته باشد. در این تحقیق، از یک سازه ی بیان کننده ی یک microrna ی سنتتیک طراحی شده علیه tpd52، استفاده شد تا بیان این ژن را در سلول های رده سرطان سینه mcf-7 که این ژن را بیشتر از حد طبیعی بیان می کنند، کاهش دهد و نتیجه در این سلول ها بررسی شود. با اندازه گیری بیان tpd52 در سلول های تیمار شده با سازه ی بیان کننده ی microrna و سلول های تیمار شده با وکتور خالی به وسیله ی real-time pcr و مقایسه ی آن ها، تا حدود 80% کاهش بیان نسبی در سلول های تیمار شده با سازه ی بیان کننده ی microrna مشاهده شد. نتایج تست mtt انجام شده نیزحدود 20% کاهش در سلول های زنده ی این گروه را نشان داد. بنابراین، می توان نتیجه گرفت که microrna ی طراحی شده، موجب کاهش بیان tpd52 شده است و کاهش بیان این ژن، موجب افزایش مرگ سلول ها شده است.

شناسایی مولکولی و مقایسه ژنتیکی ایزوله های انتروسایتوزون و انسفالیتوزون از انسان (hiv مثبت)، گوساله، کبوتر و رتهای آزاد با استفاده از ژن rna ریبوزومی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  مجید پیرستانی   جاوید صدرایی

عفونت های میکروسپوریدیایی در تمام میزبانان مهره دار و بی مهره اعم از پستانداران رخ می دهد. در انسان این ارگانیسم های تک سلولی یوکاریوتی کوچک بعنوان عوامل بیماریزای فرصت طلب و نوظهور شناخته می شوند که با طیف وسیعی از علائم بالینی در افراد hiv/aids، مسافران، کودکان، گیرندگان پیوند و افراد کهن سال همراه می باشد. شایعترین میکروسپوریدیاهای آلوده کننده انسان انتروسایتوزون بینئوسی و اعضای جنس انسفالیتوزون می باشد. هدف از این مطالعه شناسایی و مقایسه ژنتیکی ایزوله های انتروسایتوزون و انسفالیتوزون از انسان (hiv+)، گوساله، کبوتر و رت های آزاد زی با استفاده از ژن rna ریبوزومی می باشد. در این مطالعه بطور کلی نمونه مدفوع از 131 بیمار hiv+ (cd4<300 cell/mm3)، 126 گوساله، 147 کبوتر و 102 رت بطور تصادفی از تهران جمع آوری و بمنظور بررسی حضور میکروسپوریدیاهای آلوده کننده انسان از روش رنگ آمیزی (تریکروم اصلاح شده) و تکنیک های multiplex/nested-pcr و rflp استفاده شد. 17 نمونه انسانی (9/16%) بوسیله آزمایش میکروسکوپی و 25 ایزوله (35/25%) با پرایمرهای اختصاصی شناسایی شد. به ترتیب، چهارده (11/11%) و بیست و هشت (22/22%) نمونه گاوی با آزمایش میکروسکوپی و pcr مثبت شد. 19 ایزوله (9/12%) و 31 نمونه کبوتری (1/21%) به ترتیب با روش رنگ آمیزی و مولکولی شناسایی شد. 16 نمونه رتی (68/15%) با استفاده از روش رنگ آمیزی و 25 نمونه (5/24%) با روش مولکولی شناسایی شد. در نمونه های انسانی، 13 ایزوله انتروسایتوزون بینئوسی (52%)، 10 مورد انسفالیتوزون اینتستینالیس (40%) و 2 مورد عفونت مشترک (8%) شناسایی شد. در نمونه های گاوی، 19 ایزوله انتروسایتوزون بینئوسی (37/70%)، 3 مورد انسفالیتوزون اینتستینالیس (64/17%) و 6 مورد عفونت مشترک (22/22%) شناسایی شد. 13 کبوتر (93/41%) به انتروسایتوزون بینئوسی، 4 مورد به انسفالیتوزون اینتسینالیس (90/12%)، 6 مورد انسفالیتوزون هلم (35/19%) و 2 مورد (45/6%) انسفالیتوزون کانیکولی آلوده بودند. عفونت مشترک در 6 کبوتر دیگر مشاهده شد. از میان رت های آزادزی، 12 مورد انتروسایتوزون بینئوسی (48%)، 4 مورد انسفالیتوزون اینتستینالیس (16%)، یک مورد انسفالیتوزون هلم (4%)، 5 مورد انسفالیتوزون کانیکولی (20%) و 3 مورد عفونت مشترک (12%) شناسایی شد. براساس اطلاعات ما، این اولین باری است که انسفالیتوزون کانیکولی و انسفالیتوزون هلم به ترتیب در کبوتر و رت شناسایی شده است. با استفاده از نواحی its ژن rna ریبوزومی ژنوتیپ انتروسایتوزون بینئوسی، انسفالیتوزون هلم، انسفالیتوزون کانیکولی مشخص شد. 28 توالی انتروسایتوزون بینئوسی در 10 ژنوتیپ طبقه بندی شدند که شامل ژنوتیپ های c، d، j، m و l که پیش از این گزارش شده بود و 6 ژنوتیپ جدید (به نام ireb1 تا ireb6) می شد. ژنوتیپ j که در ابتدا از گاو شناسایی شده بود، از نمونه های کبوتر و رت این مطالعه جدا شد. ژنوتیپ d در 2 بیمار hiv+، یک گاو، 3 کبوتر و 3 رت شناسایی شد. ژنوتیپ j از 2 نمونه کبوتری و 1 نمونه رتی جدا شد. ژنوتیپ m در 2 نمونه کبوتر و 3 نمونه گاو شناسایی شد. ژنوتیپ l نیز تنها در یک نمونه رت یافت شد. از ژنوتیپ های جدید ireb1-3 در انسان، ireb4-5 در گاو و ireb6 در رت یافت شد. ژنوتیپ های انسفالیتوزون هلم با ژنوتیپ های 1 و 3 در کبوتر و ژنوتیپ 1 در رت شباهت داشت. ایزوله های کبوتری انسفالیتوزون کانیکولی با ژنوتیپ i و ii و در رت با ii و iii برابر بود که پیش از این در منابع حیوانی و انسانی شناسایی شده بود. آنالیزهای مولکولی و فیلوژنتیکی نشان داد که هیچ سدی در انتقال میکروسپوریدیاها بین انسان و حیوانات این مطالعه وجود ندارد. این مطالعه دارای اهمیت بهداشی و محیطی است زیرا عوامل بیماریزای میکروسپوریدیایی با خاستگاه حیوانی توان آلوده ساختن انسان را داشته و از طرفی دیگر محیط پیرامون انسان را آلوده می سازند. این اطلاعات دلیلی بر اهمیت کنترل همه گیر شناسانه و پیشگیری در بخش های پزشکی و کشاورزی می باشد.

دستورزی ژنتیکی سلول های بنیادی خونساز بند ناف با افزایش بیان ژن zfx در جهت بالابردن فعالیت خودتکثیری این سلول ها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  سما شاملو   مهدی فروزنده مقدم

با بیش از 12000 مورد پیوند خون بندناف که از سال 1988 برای درمان بدخیمی های خونی و برخی بیماری های مشخص غیر بدخیم انجام گرفته، خون بندناف به عنوان منبع جایگزینی برای سلول های بنیادی خونی تبدیل شده است. خون بندناف می تواند بدون ایجاد خطر از بندناف استخراج شده و ذخیره گردد و می تواند سیستم خون ساز را بعد از پیوند آلوژنیک بازسازی کند. با این حال، در مقایسه با سلول های بنیادی مغز استخوان و خون محیطی، تعداد سلول های بنیادی دریک واحد خون بندناف محدود بوده، لذا پیوند موفق آن در بیماران بزرگسال به آسانی قابل انجام نیست. برای بهبود پیوند این سلول ها، راهکار های گوناگونی، از قبیل ازدیاد سلول های بنیادی خونساز بندناف در شرایط ex vivo، ارائه شده است. zfx یک فاکتور رونویسی است که در سلول های بنیادی جنینی و خون ساز بیان افزایش یافته ای دارد. به تازگی مشخص شده است که این پروتئین در ازدیاد سلول های بنیادی موشی در شرایط in vitro نقش مهمی دارد. در این تحقیق ژن zfx با استفاده از rt-pcr از سلول های بنیادی cd34? جدا شده از خون بندناف، تکثیر و در وکتور لنتی ویروسی plex-msc کلون شد تا سازه ی plex-msc-zfx به دست آید. پارتیکل های ویروسی حامل ژن zfx با استفاده از سازه ی plex-msc-zfx و پلاسمید های کمکی در سلول های hek293t تولید شدند. سپس سلول های بنیادی خون ساز بندناف جدا شده با ستون macs، با این ویروس ها ترنسدیوس شده و طی کشت میزان افزایش بیان ژن zfx با استفاده از real-time pcr به صورت کمی بررسی شد. پس از اتمام دوره ی 10 روزه ی کشت، سلول ها از نظر نشانگر سطحی cd34 با استفاده از فلوسایتومتری ارزیابی شدند. نتایج نشان داد، افزایش بیان ژن zfx با استفاده از وکتور لنتی ویروسی در سلول هایucb cd34?، به طور موثر اتفاق می افتد و این افزایش بیان، منجر به ازدیاد سلول های cd34? در مقایسه با سلول های دستورزی نشده می شود.

بررسی مهار بیان ژن tgf-beta در سلولهای بنیادی خون بند ناف بر روی داربست سه بعدی mba جهت افزایش خودتکثیری این سلولها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1390
  زهراالسادات هاشمی   مهدی فروزنده مقدم

برای غلبه بر مشکل محدودیت تعداد سلولهایcd34+ در پیوند آلوژنیک مغز استخوان بالغین، می بایست این سلولها مورد تزاید قرار گیرند. برای این منظور همزمان از کشت سه بعدی (روی داربست mba) و دستورزی ژنتیکی (مهار مسیرtgf-?) سلولها استفاده شد. این مهار با کمک تکنیک sirna علیه گیرنده نوع2 در مسیر انتقال پیام انجام گشت. در بدن تماس و ارتباط بین سلول استرومال و sc، به دلیل وضعیت آشیانه سلولی، بصورت سه بعدی است و می توان از این مدل برای شبیه سازی سیستم تحویل rnai در حالت in vivo استفاده کرد. در ابتدا سلولهای پروژنیتور مزانشیمی یعنی سلولهای بنیادی سوماتیک غیرمحدودشده (ussc)، از خون بندناف جداشده و از نظر مورفولوژی و ایمونولوژیکی تایید شدند. سپس روی داربستmba به عنوان لایه مغذی فیدر کوت شدند. سلولهایcd34+ با روشmacs ازجفت انسانی تخلیص و در سه حالت: دوبعدی ساده، دوبعدی به همراه فیدر و سه بعدی با sirna تیمارشدند. پس از شمارش سلولی، rnaکل سلولی تخلیص، cdna سنتز و real time pcr کمی انجام گشت. درنهایت آنالیز فلوسایتومتری برای مارکر سطحی cd34انجام شد. نتایج نشان داد که در هر سه حالت، گروه تیمار شده نسبت به کنترل: تعداد بیشتری سلول، بیان کمتری از ژن tgfbr2 و درصدبیشتری مارکر سطحی cd34 را دارند. ولی مقایسه کلی بین سه گروه تیمار شده در سه حالت کشت شده نشان داد که بیشترین میزان تزاید، بیشترین کاهش بیانtgfbr2 و بالاترین میزان بیان مارکرcd34 متعلق به گروه تیمار شده در کشت دوبعدی ساده است که نشان از تاثیر بیشترsirna روی تکثیر و کاهش تمایز sc داشته است. می توان گفت سیستم تحویلrnai نیاز به آزادی سلول هدف در سه بعد دارد بنابراین سلولها در کشت سه بعدی با سلولهای فیدر درگیر و کمتر در دسترس sirna هستند که منجر به کاهش کارایی ترانسفکشن در محیط ex vivo (شبیه سازی شده ی in vivo) است.

بررسی مرفولوژیکی و مولکولی ایزوله های گوسفندی وبزی دیکروسلیوم دندریتیکوم با استفاده ازمارکرits2(rdna)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده پزشکی 1391
  محسن اربابی   عبدالحسین دلیمی اصل

دیکروسلیازیس یک بیماری انگلی کبدی است که توسط گونه های دیکروسلیوم ایجاد می شود و دارای اهمیت بالینی برای انسان و علف خواران دربسیاری از نقاط جهان است. با توجه به اهمیت پزشکی، دام پزشکی و اقتصادی بیماری درایران، مطالعه حاضر باهدف شناسائی مولکولی ایزوله های گوسفندی و بزی دیکروسلیوم در مقایسه با شاخص های مرفومتریک انجام شد. در مجموع 800 ترماتود از کبد گوسفندان و بزهائی که به طور طبیعی آلوده شده بودند، از کشتارگاه های استان-های آذربایجان شرقی، خراسان رضوی، مازندران، فارس، مرکزی، خوزستان و تهران جمع آوری گردید. 18 شاخص و نسبت استاندارد مرفومتریک در انگل های بالغ دیکروسلیوم اندازه گیری و محاسبه و با استفاده از نرم افزار spss و آزمون های one-way anova و t-test مورد تجزیه و تحلیل قرارگرفت. برای انجام مطالعه مولکولی dna انگل با استفاده ازکیت استخراج و واکنش pcr برای تکثیر نواحیrdna(963bp) 28s وits2 rdna(236bp) از 196 ایزوله دیکروسلیوم انجام شد. تکنیک pcr-rflp برای تعیین گونه دیکروسلیوم با استفاده ازآنزیم های محدودالاثر tru1i و bfa1 طراحی واجرا گردید. تعداد 37 نمونه دیکروسلیوم پس ازتعیین توالی مورد آنالیز فیلوژنی قرارگرفت. نتایج نشان داد درمجموع 93/0 % از دام ها آلوده بودند. شیوع عفونت دیکروسلیوم درگوسفند و بز به ترتیب 85/0% و29/1% بود. طول و عرض دیکروسلیوم در 8 استان ایران درگوسفند به ترتیب 758/0±263/6 و 979/0±582/1 میلی متر و در بز 169/0±579/5 و 051/0±509/1 میلی متر بود (p<0.001).شاخص مهم مرفومتریک موقعیت بیضه نشان داد درتمامی ایزوله ها، بیضه ها پشت سرهم بودند. مقایسه همولوژیک توالی ها نشان داد، ناحیه 28s و its2 درتمامی ایزوله ها قطعه هایی به ترتیب به طول bp963 وbp236 تشکیل داده بودند که مشابه موارد ثبت شده در بانک ژن بود. الگوی rflp برای ناحیه 28s، 3 جایگاه برش وبرای ناحیه its2یک ناحیه برش نشان داد. بررسی آنالیزهای فیلوژنیک براساس هر دو ناحیه 28s و its2 نشان داد که ایزوله های دیکروسلیوم گوسفندی و بزی تعیین توالی شده ، یک شاخه اصلی بر روی درخت فیلوژنی تشکیل می دهند. روش های مرفومتریک در تشخیص و شناسائی اولیه دیکروسلیوم کاربرد دارد ولی تفکیک دقیق گونه، مستلزم بررسی های فیلوژنتیک با استفاده ازروش های مولکولی است. تحقیق حاضر برای اولین بار درمورد تعیین شاخص های مرفومتریک و تعیین فیلوژنی ایزوله های ایرانی دیکروسلیوم درمیزبانان و مناطق مختلف جغرافیائی ایران می باشد. نتایج حاصل از تعیین توالی و الگوهای rflp نشان داد که تنها گونه دیکروسلیوم که باعث آلودگی درگوسفندان و بزهای ایرانی می شود، دیکروسلیوم دندریتیکوم می باشد.

بررسی ژنوتیپ پنوموسیستیس ایرووتسی در بیماران مبتلا به عفونت های ریوی و تعیین شیوع پلی مورفیسم های ایجاد کننده مقاومت دارویی در سویه های جدا شده از بیماران hiv+ شهر تهران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده پزشکی 1391
  فاطمه-مریم شیخ الاسلامی   پریسا فرنیا

پنوموسیستیس ایرووتزی یکی از عوامل بیماریزای فرصت طلب می باشد که قادر به ایجاد بیماری کشنده در افراد مبتلا به نقص سیستم ایمنی می باشد. مطالعه حاضر اولین مطالعه مولکولار اپیدمیولوژی ارگانیسم فوق در بیماران مبتلا به نقص ایمنی در ایران می باشد. در این مطالعه از سه گروه بیمار مبتلا به نقص ایمنی مراجعه کننده به مرکز رفرانس سل و بیماریهای ریوی و مرکز رفرانس hiv/aids تعداد 372 نمونه جمع آوری شد. جهت تشخیص وجود dna ارگانیسم یک قطعه از ژن mt lsu rrna با استفاده از nested pcr تکثیر گردید. به منظور تشخیص موارد مقاوم به دارو، موتاسیون در دو کدون 55 و 57 از ژن dhps با استفاده از روش pcr-rflp بررسی شد. و به منظور تعیین ژنوتیپ سوش جدا شده از بیمار یک قطعه از ژن its1-its2 تکثیر و تعیین توالی گردید. در این مطالعه، dna ارگانیسم از نمونه 130/16 بیمارhiv مثبت (3/12%)،89/7 بیمار (8/7%) مبتلا به aecopd و 153/11 بیمار (2/7%) مبتلا به انواع بدخیمی جدا گردید. 34/5 نمونه (7/14%) جدا شده از بیماران مثبت موتاسیون در کدون های 55 و 57 را نشان دادند. نتایج این تحقیق نشان داد که هاپلوتایپ غالب در نمونه های جدا شده از بیماران ایرانی تایپ eg با فرکانس 25% می باشد. آنالیزها نشان داد که هاپلوتایپ eg سرمنشاء تایپ های جدا شده از بیماران ایرانی می باشد. دو هاپلوتایپ جدید hb و hi که تا کنون از هیچ نقطه ایی از دنیا گزارش نشده است و یک ژنوتایپ جدید (edelt) در این مطالعه مشاهده گردید. ارتباطی بین موتاسیون در ژن dhps و تایپ های جدا شده از بیماران ایرانی مشاهده نشد. آنالیز فیلوژنتیک بر اساس پلی مرفیسم قطعه ژنی mt lsu rrna نشان داد که سوش های جدا شده از بیماران ایرانی با 99% تشابه، شبیه به سوشهای جدا شده از بیماران هندی می باشد.

بررسی بیان mir-21 در سلول های بنیادی سرطان سینه در انسان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1391
  عطیه غمناک   مهدی فروزنده مقدم

سلول های آغازگر سرطان سینه اخیراً با فنوتیپ cd44?cd24¯ مشخص شده اند که منحصراً فعالیت تومورزایی را حفظ کرده و خواص شبه سلول بنیادی را نشان می دهند. این سلول ها زیرمجموعه ی کوچکی از سلول های توموری را تشکیل می دهند و مسئول آغاز تومور، پیشرفت و عود آن هستند. علاوه بر این نسبت به درمان های رایج سرطان مانند شیمی درمانی و رادیودرمانی مقاوند. اگر بتوان ویژگی این سلول ها را به طور کامل مشخص کرد، شاید بشود راه های درمانی دائمی برای سرطان پیدا کرد. به همین منظور تلاش می شود که مارکرهای بیشتری برای سلول های بنیادی سرطانی یافت شود. در این مطالعه بیان mir-21 در این سلول ها بررسی می شود که تنظیم کننده ی اصلی متاستاز است و بیان آن در بسیاری از سرطان ها از جمله سرطان سینه افزایش می یابد. ابتدا سلول های cd44?cd24¯ از توده ی توموری سرطان سینه توسط روش های facs و macs جدا شدند. سپس در محیط اختصاصی بدون سرم و پلیت های کشت سلولی غیرچسبنده کشت داده شدند و هر هفته پاساژ داده شدند تا مَموسفیِرها تشکیل شوند. بعد از تشکیل، rna کل و mirna این سلول ها استخراج شد تا از روی آن ها cdna استخراج شود. بررسی بیان ژن های survivin و oct-4 توسط real-time pcr تأیید بیشتری بر این بود که این سلول ها خاصیت سلول های بنیادی سرطانی را دارند. سپس بیان mir-21 در آن ها سنجیده شد. با توجه به بررسی های انجام شده مشخص شده که سلول های cd44?cd24¯ جدا شده از تومور می توانند تا 3 هفته در شرایط اختصاصی رشد صعودی داشته باشند. وقتی میزان بیان ژن های survivin و oct-4 در آن ها سنجیده شد، مشخص شد که بیان این ژن ها در این سلول ها نسبت به گروه های کنترل افزایش چشم گیری داشته است. سپس توسط real-time pcr بیان mir-21 سنجیده شد که نسبت به گروه های کنترل بیشتر بود. با توجه به این نتایج شاید بتوان در آینده این مولکول را به عنوان مارکری برای سلول های بنیادی سرطان سینه در ا نسان معرفی کرد.

بررسی ساب تایپ های بلاستوسیستیس در انسان، گاو و پرندگان و رابطه ژنی آن ها با هم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1391
  ابراهیم بادپروا   جاوید صدرایی

چکیده: بلاستوسیستیس از شایعترین انگل های تک یاخته ای زئونوز است که به صورت بی هوازی در دستگاه گوارش انسان و بسیاری از مهره داران یافت می شود. با وجود اطلاعات زیادی که از آن کسب شده ولی بسیاری از مجهولات بیولوژیکی و حتی بیماری زایی آن همچنان باقی مانده است. هدف از این مطالعه بررسی ساب تایپ های بلاستوسیستیس در انسان، گاو و پرندگان و رابطه ژنی آنها در شهر خرم آباد بود که به طورکلی بر روی 1445 نمونه مدفوع (511 نمونه انسانی، 196 نمونه گاوی و 748 نمونه از پرندگان) بعد از استخراج dna به وسیله کیتهای تجاری و با استفاده از پرایمرهای تعیین جنس و تحت نوع، میزان شیوع جنس و ساب تایپ ها در هر کدام از موارد انسانی، گاوی و پرندگان مشخص شد. با استفاده از روش های تشخیص ملکولی به روش pcr، از 511 نمونه مدفوع انسانی تعداد 33 مورد (5/6 درصد) و از 186 نمونه گاوی تعداد 19 مورد (8/9 درصد) و از 748 نمونه پرندگان فقط یک مورد مبتلا به انگل بلاستوسیستیس تشخیص داده شدند. در مرحله بعد که جهت تعین هفت ساب تایپ از انگل فوق، بر روی موارد مثبت انجام گرفت، از 33 مورد مثبت انسانی، ساب تایپ سه مورد مشخص نشد و در سی مورد باقی مانده، سه ساب تایپ به ترتیب st1 (57%)، st5 (20%)، st2 (13%) و آلودگی های مخلوط (10%) در انسان مشخص شدند، و از 19 مورد مثبت گاوی، ساب تایپ چهار مورد مشخص نشد و در پانزده مورد باقی مانده، سه ساب تایپ به ترتیب st5 (60%) و st3 و st6 و مخلوط هر کدام 3/13% مشخص شدند و ساب تایپ تنها نمونه پرندگان هم st2 تشخیص داده شد. غالب بودن st3 انسانی مشابه اکثر مطالعات انجام شده در دنیا می باشد، ولی شیوع بالای st5 انسانی از یک طرف و گاوی از طرف دیگر و تشابه 98 درصدی سکانس آن ها گویای این واقعیت است که گاو می تواند مخزن اصلی انگل و منشا آلودگی های انسانی باشد و st5 هم یک ساب تایپ زئونوز است و وجود st2 در پرندگان غیر معمول است ولی با توجه به تشابه 99 درصد آن با موارد انسانی، می توان ادعا کرد که منشا انسانی دارد که به مطالعات بیشتری نیاز دارند. واژگان کلیدی: شیوع، بلاستوسیستیس، ساب تایپ، انسان، گاو، پرندگان

مهار بیان ژن cxcr1 توسط وکتور لنتی ویروسی حامل microrna در سلول های بنیادی سرطانی سینه به منظور القای مرگ سلولی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده پزشکی 1391
  فاطمه سلیمی   مهدی فروزنده مقدم

سرطان سینه با وقوع بیش از 5000 مرگ در سال، هنوز از عوامل مهم مرگ ومیر است. با پیدایش فرضیه سلول های بنیادی سرطانی، محققان همواره به دنبال بررسی هدف های ممکن برای از بین بردن آنها بوده اند. این سلول ها، سلول های تمایز نیافته داخل بافت توموری هستند که دارای ویژگی خودتکثیری و توانایی ایجاد تومور جدید می باشند. همچنین این سلول ها به شیمی درمانی و رادیودرمانی مقاومند. ویژگی اخیر دلیل بازگشت تومور پس از این گونه درمان های رایج می باشد. برای ازبین بردن کامل تومور نیاز است که این سلول ها مورد هدف قرار گیرند. مسیرهای پیام دهی التهابی نقش مهمی در برهم کنش بین سلول های بنیادی سرطانی و محیط اطراف آن ها دارند. فعالیت مولکول های دخیل در این مسیرها باعث افزایش قدرت رشد و تکثیر این سلول ها می شود. به عنوان یک عامل التهابی مهم، اینترلوکین 8 پس از اتصال به گیرنده اش cxcr1، سبب افزایش رگ زایی و تکثیر سلولی و نیز بدخیمی در سلول های بنیادی سرطانی سینه می شود. علاوه بر این افزایش بیان ژن cxcr1 در سلول های بنیادی سرطانی سینه با شاخص cd44+/cd24و نیز سلول های با فنوتیپ aldh+ دیده شده است. بنابراین کاهش بیان این ژن می تواند اثر il-8 را روی این سلول ها کاهش دهد و سبب القای مرگ سلولی در آن ها شود. در این مطالعه به منظور ;کاهش بیان ژن cxcr1، microrna ساختگی که دارای توالی های لازم برای پردازش در سلول هدف بود، ابتدا در وکتور pcdna 6.2 کلون شد. سپس قطعه emgfp/microrna به وکتور لنتی ویروسی plex/mcs lentiorf منتقل شد. سلول های hek293t برای تولید ذرات ویروسی حامل قطعه مورد نظر مورد استفاده قرار گرفتند. سلول های رده سلولی mda-mb231 که دارای درصد بالایی سلول های cd44+/cd24- هستند، با ویروس حامل microrna آلوده شدند. روش real-time pcr، کاهش بیان ژن cxcr1 را نسبت به سلول های تیمار نشده نشان داد. کاهش قدرت زنده ماندن سلول ها در اثر این مهار نیز توسط تست mtt تأیید گردید.

القای مرگ سلولی در سلولهای بنیادی سرطان سینه از طریق مهار ژنstat3 به وسیله وکتور لنتی ویروس حامل microrna
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1391
  سارا نورانی   مهدی فروزنده مقدم

سرطان سینه یکی از بدخیمی های شایع در میان زنان در جهان است. تومورهای سینه شامل جمعیت های سلولی هستند که به صورت ناهمگن بوده و بر اساس حالت نسبی تمایزشان با یکدیگر تفاوت دارند. تنها بخشی کوچکی از سلول های توموری توانایی ایجاد تومور ثانویه را دارند که به این گروه سلول های بنیادی سرطانی می گویند. سلول های بنیادی سرطانی هم از لحاظ ساختاری و هم از لحاظ عملکردی با دیگر سلول های موجود در توده توموری متفاوت هستند. در سرطان سینه انسانی، جمعیت سلولی با فنوتیپ cd24 ? /low /cd44 + /esa+ غنی از سلول های آغاز کننده تومورند. امروزه درمان هایی که برای مقابله با سرطان استفاده می شود سبب کاهش اندازه تومور می گردد، اما از آنجایی که سلول های بنیادی سرطانی نسبت به شیمی درمانی و پرتودرمانی مقاوم و غیرحساس می باشند، این درمان بهبود کامل را به همراه ندارند. در بیشتر از 50% از سرطان های سینه stat3 به طور دائمی فعال شده است. از آنجاییکه ژن های هدف stat3 بسیاری از فرایندهای سلولی مانند تکثیر و آپپتوز را تنظیم می کنند فعالیت دائمی stat3 سبب افزایش تکثیر سلولی و جلوگیری از آپپتوز می شود. در نتیجه، این فاکتور نقش مهمی در ایجاد، پیشرفت تومورزایی دارد. همچنین stat3برای خودتکثیری سلول های بنیادی و بقا حالت چندتوانی و تکثیر سلول های بنیادی سرطانی نیاز است. این مطالعه به منظور استفاده ازrnai و بلوکه کردن بیان و فعالیت stat3 و بررسی اثر آن بر روی رشد سلول های بنیادی سرطانی سینه طراحی شده است. نتایج به دست آمده نشان داده است که سرکوب بیان stat3 به وسیله microrna رشد و تکثیر سلولی را کاهش می دهد. از آنجاییکه رده سلولیmda-mb231 غنی از سلول های بنیادی سرطانی این است این رده به عنوان منبع سلول های بنیادی سرطانی استفاده شد. تنیجه تستmtt درحدود 50% کاهش زنده ماندن سلول های پس از تاثیر stat3 microrna را نشان می دهد.

توسعه یک تست نواری حساس با استفاده از بیوسنسور dna مبتنی بر نانوذرات طلا برای شناسایی hbv، hcv
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1391
  مونا اردکانیان   مهدی فروزنده مقدم

از آن جایی که عفونت های hcv و hbv از طریق خون قابل انتقال می باشند لذا تشخیص سریع این عفونتها برای پیشگیری و درمان آنها امری ضروری به حساب میآید.از جمله تست های مرسوم برای شناسایی این دو ویروس آزمایشهای سرولوژیکی می باشند. اماعفونت های hcv و hbvدر دوره پنجره(window period)با تستهای سرولوژیکی قابل تشخیص نمیباشند در حالی که ژنوم ویروس در خون موجود می باشد. به همین علت امروزه روشهای تکثیر اسید نوکلئیک جایگاه ویژهای یافتهاند.اما روشهای آنالیز بعد از تکثیر اسید نوکلئیک مانند ژل الکتروفورز غالبا وقت گیر و پر هزینه میباشند و یا مستلزم استفاده از عوامل سرطانزا می باشند لذا در سالهای اخیر بیوسنسورها dna به عنوان یکی از ابزارهای تشخیصی کارآمد مطرح شدهاند. در این تحقیق تستی ساده و ارزان با ترکیب دو خاصیت هیبریداسیون الیگونوکلئوتیدها و اپتیک نانوذرات طلا مورد بررسی قرار گرفته است. ابتدا نواحی مورد نظر در ژنوم hcvو hbv با استفاده از پرایمرهای بیوتینیله و دیگوکسوژنیله به ترتیب تکثیر میشوند. سپس هر محصول pcr با پروب اختصاصی خود هیبرید میگردد. هیبرید حاصل بر روی نوار تشخیصی قرار داده میشود و با حرکت بافر به سمت بالا نانوذرات طلای کونژوگه با الیگوdt به توالی daموجود در پروب متصل میشوند. در نهایت در نوار تشخیص hcv با اتصال بیوتین به استرپتاویدین و در نوار تشخیص hbv با اتصال دیگوکسوژنین به آنتی دیگوسوژنین، dna هدف در خط تست به دام میافتد و خط قرمزی ظاهر میگردد. نانو ذرات طلایی که متصل نشدهاند در خط کنترل توسط الیگوda به دام میافتند. در این تحقیق بعد از بهینه سازی خط کنترل و خط تست برای هر دو نوار تشخیصی، حساسیت این نوارها در مقایسه با روش الکتروفورز با استفاده از رقت سازی محصول pcr و templateبررسی شده است . به طوری که با رقت های مختلف محصول pcr نوار تشخیصی hcv 4 برابر و نوار تشخیصی hbv 2 برابر حساستر از روش ژل الکتروفورز با اتیدیوم بروماید است. در مقایسه دیگری با رقت های مختلف template نوار hcv تا 4 برابر و نوار hbv تا 10 برابر نسبت به ژل الکتروفورز حساسیت نشان دادند. لذا در صورت بهینه سازی،این استریپ های تشخیصی جایگزین مناسبی برای روش الکتروفورز میباشند.

ارزیابی عملکرد سلول های مزانشیمال حاصل از بافت چربی حامل ژن ifn-beta در مدل تجربی آنسفالومیلیت اتوایمیون
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1393
  عادل محمد زاده   علی اکبر پور فتح اله

همان طور که رایج است، ifn-β به عنوان یک عامل تعدیل کننده سیستم ایمنی در درمان بیماری مولتیپل اسکلروزیس استفاده می شود. اگرچه بعد از مدتی اثر بخشی درمانی آن به واسطه تولید آنتی بادی های خنثی کننده در بدن فرد بیمار محدود می شود. اخیراً سلول های مزانکایمال حاصل از بافت چربی(ad-mscs) به عنوان یک روش درمانی امید بخش در درمان بیماری های خود ایمن مخصوصاً مولتیپل اسکلروزیس و مدل حیوانی آن یعنی انسفالومیلیت خود ایمن (eae) مطرح شده است. در این مطالعه سلول های ad-mscs به واسطه یک وکتور لنتی ویروسی تغییر ژنتیک یافته و به عنوان حامل، برای انتقال ژن ifn-β در درمان بیماری eae مورد ارزیابی قرار گرفت. در این مطالعه ابتدا سلول های مزانکایمال را از بافت چربی موش های c57bl/6 استخراج و سپس خاصیت تمایزی آنها را از نظر تبدیل شدن به رده های استخوانی، چربی و غضروفی بررسی کرده و با استفاده از فلوسیتومتری آنها را تایید کردیم. نتایج ما نشان داد که در گروه تیمار شده با msc-vp/ifn-β القای سلول های treg در مقایسه با دیگر گروه ها به طور چشمگیری بالا بود .(p-value<0.001) در مجموع نتایج ما نشان داد که به کار بردن ifn-β به صورت msc-vp/ifn-β باعث بالا بردن کیفیت درمان در مدل eae می شود و نقش مهمی در فروتنظیمی پاسخ های ایمنی مانند تکثیر سلولی، کاهش تولید سایتوکایین های التهابی و فاکتور های رونویسی مربوط با التهاب دارد. افزایش بیان foxp3 در گروه تیمار شده باmscs-vp/ifn-β را می توان به عنوان یک شاهد ارزشمند برای حمایت از درمان با این سلولها دانست. با در نظر گرفتن امنیت استفاده از سلول های بنیادی حاصل از بافت چربی که دارای عامل تعدیل کننده سیستم ایمنی یعنی ‍‍‍ژن ifn-β هستند، می توان در آینده آنها را به عنوان وسیله ای مطمئن برای سلول درمانی در نظر گرفت.

بررسی اثر محافظتی و درمانی واکسن نانوذره فاژی نوترکیب نمایش دهنده پپتید تکرار شونده می موتوپی گیرنده فاکتور رشد اپیدرمی در مدل حیوانی تیمار شده با سلول های رده ll/2
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1393
  مسعود جوانمردی   محمد جواد رسایی

گیرنده فاکتور رشد اپیدرمی (egfr) نشان داده شده است که نقش اساسی در رشد سلول توموری دارد و افزایش بیان آن در درصد قابل توجهی از تومورهای انسانی مشاهده شده است. تا به امروز روش های متعددی در درمان سرطان بر اساس هدف قرار دادن egfr گسترش یافته است. در زمینه واکسن سرطان یکی از استراتژی ها ایمنی درمانی فعال علیه گیرنده می باشد بدین منظور که افزایش فعالیت آن مهار گردد. از طرف دیگر از آنجاییکه ذرات فاژی بسیار ایمونوژنیک می¬باشند در مطالعات سرطان به طور گسترده¬ای در واکسیناسیون علیه تومور استفاده شده¬اند. این ذرات می توانند به عنوان یک وسیله انتقال برای عرضه موثر آنتی ژن به سیستم ایمنی عمل کنند. همچنین نشان داده شده است که پپتید نمایش داده شده در سطح فاژ می تواند موجب القای پاسخ ایمنی در موش ایمن شده گردد. در این مطالعه اثرات درمانی و پیش گیری کنندگی دو واکسن می موتوپی egfr بر پایه فاژ رشته¬ای m13 بررسی شد، به نحوی که یکی از این واکسن ها یک کپی از می موتوپ egfr را در سطح پروتئین viii، و دیگری تکرار سه تایی پشت سر هم از می موتوپ فوق را در سطح پروتئین viii نمایش می دهند. برای این بررسی موش های c57bl/6 مدل توموری egfr مثبت با استفاده از سلول های ll/2 ایجاد شدند. ذرات فاژی نوترکیب نمایش دهنده می موتوپ egfr تکثیر، تخلیص و تیتر سنجی گردیدند. در گروه درمانی ابتدا مدل توموری ایجاد شد و سپس موش ها با واکسن ایمنی زایی شدند در حالیکه در گروه پیش گیری، موش ها ابتدا ایمن گردیده و سپس تومور در آن¬ها ایجاد شد. در هر دو گروه درمانی و پیش گیری از فاژ کمکی و pbs برای ایمنی زایی در گروه¬های کنترل استفاده شد. در گروه درمانی تفاوت معنادار در روند رشد تومور بین گروه¬های 3m-t و 1m-t در مقایسه با گروه کنترل p-t مشاهده گردید، در حالیکه در گروه پیش گیری تنها تفاوت معنادار بین گروه 3m-p با گروه کنترل p-p مشاهده گردید. می توان نتیجه گرفت ایمنی زایی با ذرات فاژی نمایش دهنده می موتوپ باعث ایجاد پاسخ ایمنی علیه تومور در موش مدل تومور egfr می شود که این ممکن است در مطالعات بعدی در زمینه ایمنی درمانی سرطان مفید واقع شود.

بارگذاری سلولهای دندریتیک با mrna توموری به همراه mrna اختصاصی مولکولهای کمک تحریکی cd40 & icosl و انتقال پلاسمید ژنها با نانوذرات چیتوزان به عنوان واکسن توموری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1392
  سعید دانشمندی   علی اکبر پورفتح اله

با توجه به مشکلات متعدد و عوامل مختلف در غیر فعالسازی سلول های دندریتیک و پاسخ های ایمنی، در ریزمحیط تومور و ایمونوتراپی ها، نیاز به روشی مطمئن، موثر و کاربردی در روندهای ایمونوتراپی می باشد. بدین منظور در این تحقیق تلاش گردید میزان بیان cd40 و icosl را بر روی سلول های دندریتیک افزایش داده شوند که این کار با استفاده از انتقال mrna این مولکلول ها انجام گرفت و در عین حال سلول ها با mrna تام توموری بارگذاری گردیدند. روش تحقیق: سلول های دندریتیک از مغز استخوان موش تولید شد. mrna اختصاصی cd40 و icosl در in vitro رونویسی گردید و mrna تام سلول های توموری 4t1 استخراج شد. انتقال به سلول های دندریتیک با استفاده از دو روش لیپوفکتامین و نانوذارت چیتوزان انجام شد. میزان تولید tnf-?، il-6 و il-12 تولیدی از سلول های دندریتیک و مارکرهای بلوغ آنها بررسی شد. میزان تکثیر و تولید سایتوکاین های il-4، ifn-?، tgf-? و il-10 در همکشتی با سلول های t آلوژن بررسی شد. پس از ایجاد مدل توموری 4t1 و تزریق داخل توموری سلول های دندریتیک، میزان رشد تومور، بقاء موش ها و همچنین تکثیر و تولید سایتوکاین های سلول های طحالی موش ها مورد ارزیابی قرار گرفت. یافته‏ها: بطور خلاصه، افزایش 15-10 درصدی در بیان cd40 و icosl انتقالی دیده شد. افزایش در همه مارکرهای بلوغ بررسی شده cd40، cd86، mhc-ii، pdl-1 و pdl-2 در گروه های تیمار شده به صورت آماری معنی دار بود (05/0p<). میزان ترشح tnf-?، il-6 و il-12 سلول های دندریتیک تیمار شده گروه ها در مقایسه با gfp mrna در هر دو روش انتقالی تفاوتی نداشت، لیکن میزان ترشح در سری تیمار شده با نانوذرات بالاتر بود (05/0p<). در همکشتی، سلول های t میزان بالاتر تکثیر و همچنین افزایش تولید ifn-? و کاهش در تولید il-4 را نشان دادند (05/0p<). در موش های تیمار شده، افزایش تکثیر سلول های طحالی و تولید ifn-? و کاهش در تولید il-4 و همچنین کاهش در روند رشد تومور مشاهده شد (05/0p<). در این موش ها میزان تولید سایتوکاین های il-6، tgf-? و il-10 طحالی و بقاء موش ها از نظر آماری معنی دار نبود (05/0<p). نتیجه‏گیری: نتایج این مطالعه حاکی از توانایی سلول های دندریتیک دستکاری شده به صورت افزایش cd40 و icosl در القاء پاسخ های مشخص ضد توموری بود، لیکن این پاسخ ها توانایی از بین بردن تومور را به تنهای دارا نمی باشند.

بررسی بیان rnaهای کوچک، ژنهای بیوفیلم و توانایی اتصال در ایزوله های استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به متی سیلین و دارای مقاومت حدواسط به و نکومایسین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1393
  محسن میرزائی   شهین نجار پیرایه

عفونت های ناشی از استافیلوکوکوس اورئوس مرتبط با بیوفیلم همچنان به عنوان یک نگرانی بالینی جدی در بیماران استفاده کننده از ابزارهای پزشکی مطرح می باشد. از روش real-time pcr می توان به منظور بررسی نقش عوامل دخیل در بیماریزایی از جمله بیوفیلم استفاده نمود. rna های کوچک (srnas) در تنظیم بعد از رونویسی مسیرهای متابولیکی و پاسخ به استرس ها و ویرولانس باکتری نقش دارند. در این مطالعه به بررسی میزان بیان ژنهای مرتبط با بیوفیلم و srnasو بررسی توانایی اتصال و پتانسیل تولید بیوفیلم در جدایه های بالینی mrsa و visa پرداخته شده است. ابتدا همه جدایه های استافیلوکوکوس اورئوس با روش های بیوشیمیایی معمول تعیین هویت شدند. سپس جدایه های visa و mrsa با روش های توصیه شده توسط clsi شناسایی شدند. در این مطالعه با استفاده از روش میکروتیتر (mpa) توانایی تشکیل بیوفیلم بررسی شد. سپس با استفاده از روش pcrسیزده ژن مرتبط با بیوفیلم مورد ارزیابی قرار گرفتند. جدایه هایی که واجد بیشترین ژنها بودند، از نظر تغییرات رونویسی این ژنها و srna های منتخب مورد بررسی قرار گرفتند. فراوانی ژنهای mscrammsو ژنهای لوکوس ica بسیار متغیر بوده و در جدایه های مورد بررسی به یک میزان انتشار نیافته بود. ژن های کد کننده پنج srna مورد بررسی در تمامی جدایه های بالینی بیان شدند. ژنهای دخیل در تشکیل بیوفیلم و srnas در جدایه های mrsa به صورت بسیار متغیر و در جدایه های visa تقریبا به صورت یکسان بیان شدند. علاوه براین، نتایج تغییر در بیان ژنهای دخیل در تشکیل بیوفیلم و srna ها در جدایه های mrsa و visa نشان داد که عوامل متعددی در تنظیم بیان ژنهای دخیل در تشکیل بیوفیلم دخالت دارند. اگرچه در این مطالعه بیشتر به بررسی بیان ژنهای دخیل در تشکیل بیوفیلم و srna ها پرداخته شد، بررسی های توالی ها با استفاده از میکرواری ژنهای بیشتر دخیل در تشکیل بیوفیلم می تواند اطلاعات بیشتر و دقیق تری در خصوص مکانیسم های مولکولی دخیل در شکل گیری بیوفیلم و تنظیم بیان عوامل ویرولانس در استافیلوکوکوس اورئوس را فراهم نماید.

طراحی و ساخت بیوسنسور ( dna elisa) جهت شناسایی باکتری e.coli atcc 25922 با استفاده مستقیم از dna ژنومی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1393
  الهه هاشمی   مهدی فروزنده مقدم

شناسایی باکتریهای پاتوژن کلید جلوگیری از بسیاری مشکلات مربوط به سلامتی است با توجه به زمانبر بودن روشهای مرسوم محققان به دنبال روشهای سریعتر با هزینه کمتر هستند. pcr ، کشت و شمارش کلنی و متدهای مبتنی بر ایمونولوژی رایجترین روشهای شناسایی باکتریها هستند. تاکنون باکتریهای بیماریزای مختلفی بر اساس روشهای نامبرده شناسایی شدند از میان آنها باکتری ایکلای شایعترین باکتری عفونت ادراری است و شناسایی آن اهمیت زیادی دارد. هدف از این پژوهش ساخت بیوسنسوری کم هزینه و در عین حال ساده به منظور شناسایی پاتوژنها با استفاده مستقیم از dna ژنومی بدون تکثیر با روش کالریمتری میباشد. در این آزمایش از دو پروب اختصاصی، به عنوان پروب نگهدارنده (نشاندار شده با بیوتین) و پروب شناساگر (نشاندار شده با dig )، مکمل ناحیه اختصاصی از ژن 16srrna و dna ژنومی باکتری ecoli atcc25922 استفاده شد. بعد از انجام فرایند هیبریداسیون و اضافه کردن آنزیم hrp متصل به آنتی دیگ و سپس سوبسترای مخصوص به آن (abts)، جذب نوری در 405 نانومتر خوانده شد. برای تعیین حساسیت تست از رقت های dna ژنومی باکتری استفاده شده و حداقل dnaی مورد نیاز برای تشخیص ارگانیسم 40هزار سلول تعیین گردید. همچنین آزمایشهای مشابه، به منظور مقایسه، با روش pcr-elisa نیز در ادامه پژوهش انجام شد و حساسیتی در حدود چهارصد سلول برای روش pcr- elisa بدست آمد. در نهایت مشخص گردید که اگرچه روشdna-elisa، در مقایسه با pcr-elisa از حساسیت کمتری برخوردار است اما، روش ارائه شده توانایی شناسایی باکتری بدون نیاز به تکثیر dna دارد و میتواند dna ژنومی را به طور مستقیم در مدت زمان کمتری در حدود 3 ساعت شناسایی کند. در حال حاضر تلاشهایی برای بهبود حساسیت تست در حال انجام است.

بررسی حضور آسپرژیلوس در نمونه های لاواژ در بیماران گیرنده عضو با روش گالاکتومانان اسی و real-time taq man pcr وارزیابی ژنهایpksp, glip بعد از تیمار با وریکونازول
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 0
  علیرضا سلیمی خراشاد   شهلا رودبارمحمدی

آسپرژیلوزیس تهاجمی ( ia ) بیماری شدید و کشنده ناشی از گونه های مختلف قارچ فرصت طلب آسپرژیلوس می باشد .این عوامل بطور وسیع در محیط اطراف ما پراکنده می باشد. عدم تشخیص به موقع، انتشار سریع عفونت و تاخیر در درمان بیماری منجر به عودهای مکرر، افزایش هزینه های درمانی و در نهایت مرگ بیمار می گردد. از بین گونه های آسپرژیلوس، آسپرژیلوس فومیگاتوس و آسپرژیلوس فلاووس از شایعترین گونه هایی است که از موارد این بیماری جداشده است. اهداف این مطالعه بررسی حضور آسپرژیلوس فومیگاتوس وفلاووس با دو روش گالاکتو مانان اسی و real-time pcr و ارزیابی میزان بیان ژن های pksp ، و glip پس از تیمار با داروی وریکو نازول بود. این مطالعه از نوع کاربردی و روش انجام آن مقطعی (cross sectional) می باشد.

ردیابی ژن انتروتوکسین a,b استافیلوکوکوس اورئوس در نمونه های بالینی با روش مولکولی pcr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1386
  شقایق انوری   مرتضی ستاری

چکیده ندارد.

تشخیص ژنتیکی پیش کاشت جنسیت رویان انسان با استفاده از تکنیک real- time pcr به منظور پیشگیری از بیماریهای وراثتی مرتبط با جنسیت
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1384
  عباسعلی راز   مهدی فروزنده مقدم

چکیده ندارد.

بررسی حساسیت و ویژگی روش pcr-elisa برای تشخیص هلیکوباکترپیلوری و مقایسه نتایج نمونه ای بیوبسی معده و مدفوع
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1384
  علی علمی   مهدی فروزنده مقدم

چکیده ندارد.

تشخیص همزمان ویروس hiv-1 و ویروس hcv با استفاده از تکنیک real-time nasba
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1386
  مهدی پریان نوغانی   مهدی فروزنده مقدم

چکیده ندارد.

ردیابی لیستریا مونوسیتوژنز در ترشحات واژن به روش pcr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1386
  راحله شایان   مرتضی ستاری

چکیده ندارد.

بررسی اثر خاموش سازی ژن بتا کاتنین در سلولهای سرطان کولن ht-29 از طریق rnai
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید بهشتی - دانشکده علوم 1387
  خشایار فرخ زاد   مهدی فروزنده مقدم

چکیده ندارد.

مطالعه بیان ژن های تنظیم کننده self-renewal سلول بنیادی در سرطان مثانه و بررسی اثرات مداخله در بیان با استفاده از تکنیک rnai
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  پروانه نیک پور   جواد مولی

چکیده ندارد.

طراحی روشی جدید با نام (cma (chimeric primer–mediated amplification برای تکثیر dna در دمای ثابت
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1387
  وحید جاجرمی   مهدی فروزنده مقدم

متدهای تکثیر اسیدهای نوکلئیک، نقش مهمی در بیولوژی مولکولی دارند. در این بین تعدادی از تکنیک ها به صورت تک دمایی و بدون نیاز به سیکل حرارتی ارائه شده اند که علاوه بر داشتن سرعت بالا در تکثیر، به سادگی قابل انجام هستند و در تشخیص های مولکولی مورد استفاده قرار می گیرند. تکنیک حاضر، با عنوان cma ، از جمله تکنیک هایی به شمار می رود که قادر است، باعث تکثیر dna در دمای ثابت گردد. دو نوع آنزیم در این روش استفاده می گردد که عبارتند از rbst large fragment dna polymerase و آنزیم tli rnase h. پرایمرهای مورد استفاده در این روش، بصورت کایمریک می باشند و هر پرایمر از سه قسمت تشکیل یافته است. در ناحیه 5 آن، یک قطعه 5-4 نوکلئوتیدی dna قرار می گیرد، قطعه rna به طول 5-4 نوکلئوتید، در وسط و نهایتا در قسمت 3 آن، قطعه ای از جنس dna به طول تقریبی 20-17 نوکلئوتید قرار دارد. در اثر اتصال پرایمر به تک رشته الگو، در ناحیه rna پرایمر، یک هیبرید rna/dna ایجاد می شود. این هیبرید، مورد شناسائی و حمله آنزیم rnase h قرار می گیرد و روی رشتــه rna برشهــایی ایجاد می کند. بدین ترتیب، در محـل برش،oh 3 آزاد ایجاد می شود. آنزیم dna پلی مراز، این شکاف ها را مورد شناسایی قرار می دهد و از ناحیه شکاف شروع به فعالیت پلی مریزاسیون می کند. یکی از خواص آنزیم این است که در هنگام پیشروی، اگر به ناحیه دو رشته ای برخورد کند، رشته متصل به رشته الگو را کنار می زند. با کنار زدن رشته، یک تک رشته ایجاد می شود. قسمت dna ناحیه 3 پرایمر backward، به این تک رشته، اتصال می یابد و توسط آنزیم dna پلی مراز گسترش می یابد. انتهای 3 رشته الکو نیز توسط آنزیم گسترش می یابد و ناحیه مکمل پرایمر ساخته می شود. بدین ترتیب یک دورشته ای ایجاد می گردد که در ناحیه ای از طول خود دارای هیبرید rna/dna است و مجددا مورد حمله آنزیم rnase h قرار می گیرد. این تکنیک قادر است، در مدت کمتر از یک ساعت باعث تکثیر dna الگو گردد. دمای واکنش در محدوده بین 60 الی 65 درجه سانتی گراد است ولی آنزیم ها تا دمای 70 درجه سانتی گراد را نیز تحمل می کنند و تا این حد از دما، تکثیر انجام پذیر است. از جمله خصوصیات دیگر این تکنیک، توانایی تکثیر dna ژنومی است و میزان تکثیر، با افزایش غلظت پرایمرها افزایش می یابد. همچنین، در این تکنیک، الگوی باندها روی ژل، به صورت چند باندی است که ماحصلاتصال قطعات تکثیر شده و ایجاد قطعات بزرگتراست. ما احتمال می دهیم این حالت، در اثر پدیده template switching آنزیم dna پلی مراز انجام می گیرد.

توسعه یک real-time pcr چندگانه جهت تشخیص همزمان ویروسهای لوسمی سلولهای tانسانی و ویروس هپاتیت b با استفاده از پروب های molecular beacon
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1387
  وحید کیا   مهدی فروزنده مقدم

یکی از مشکلات قابل توجه در زمینه انتقال خون و فرآورده های خونی، می توان به خطر انتقال عوامل عفونی از جمله ویروس هپاتیت b و ویروس لوسمی سلول های t انسان (htlv) و … اشاره کرد. از راهکارهای قابل توجهی که تاکنون برای رفع این مشکل ارائه شده است و به کاهش میزان انتقال این عوامل عفونی کمک کرده است، می توان به طراحی آزمایش های سرولوژیکی حساس برای غربالگری آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت b (hbs ag) و آنتی بادیهای تولید شده htlv اشاره کرد. با این حال باز مواردی از ابتلای افراد به این عوامل گزارش شد که از جمله علل آن می توان به تغییرات آنتی ژنیک ویروس، آلودگی با سروتیپ های مختلف ویروسی، ناقلان خاموش از نظر ایمونولوژیکی یا ناقلین پنهان و یا نبود آنتی بادی در مراحل اولیه بیماری اشاره کرد.در دهه اخیر، به منظور رفع این مشکل، روشهای مبتنی بر اسیدنوکلئیک (nucleic acid testing: nat) برای شناسایی نوکلئیک اسید ویروسها (dna یا rna) توسعه یافته اند. از مزایای nat می توان به بررسی مستقیم و اختصاصیت بسیار زیاد آن برای ژنوم یک عامل عفونی و تعیین میزان بار گیری ویروس در خون، نسبت به روشهای سرولوژیک یا روشهای جداسازی ویروس (به منظور شناسایی آن عامل عفونی) اشاره کرد.اگرچه امکان انجام و کارآیی بالای nat برای غربالگری خونهای اهدایی به اثبات رسیده است، با اینحال استفاده از آن در مقیاس وسیع به صورت محدود بوده که از دلایل آن به هزینه زیاد و وقتگیر بودن می توان اشاره کرد. در این تحقیق با استفاده از روش multiplex real-time pcr و با استفاده از پروب های molecular beacon که هر یک مختص توالیهای کاملاً حفاظت شده هر ویروس بوده و هر کدام با رنگ فلورسنت خاصی نشاندار شده، این دو ویروس را تشخیص داده و همچنین توانستیم با تهیه استانداردهای پلاسمیدی و رسم منحنی استاندارد،روشی را برای تعیین میزان بار گیری این ویروس ها در خون اندازه گیری کنیم

مقایسه وقوع آپوپتوز، بقا و بلوغ در فولیکول های پره آنترال موش بعد از slow freezing و cryotop vitrification
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  عبدالوهاب تقوی   مجتبی رضازاده ولوجردی

این پژوهش به منظور ارزیابی اثر انجماد شیشه ای کرایوتاپ و انجماد آهسته بر میزان بقا، بلوغ و بیان ژنهای آپوپتوز در فولیکول های پره آنترال جداشده از تخمدان موش انجام گرفت. مطالعه به روش تجربی بر روی موش های نابالغ 12- 14 روزه نژاد nmri انجام شد. فولیکول های پره آنترال جدا شده به گروه های غیرانجمادی، انجماد شیشه ای و انجماد آهسته تقسیم شدند. میزان بقا در فولیکول های گروه های غیرانجمادی، انجماد شیشه ای و انجماد آهسته به ترتیب 100%، 2/35±97/56% و 2/47±49/68% بود آنالیز آماری حاکی از عدم وجود تفاوت معنی دار بین گروه های غیرانجمادی و انجماد شیشه ای بود. در صورتی که گروه انجماد آهسته تفاوت معنی دار با این گروه ها داشت (p=0.00). ارزیابی بلوغ در روز چهارده کشت نشان داد میزان بلوغ در گروه غیر انجمادی 3/92 ±82/54%، گروه انجماد شیشه ای 2/91 ±71/51 % و در گروه انجماد آهسته 1/43± 30/1% بود. آنالیز آماری حاکی از وجود تفاوت معنی دار بین هر سه گروه بود(p=0.00). ارزیابی بیان ژن هایbax،bcl2 ،p53 ،fas و survivin در فولیکول های پره آنترال غیر انجمادی، انجماد شیشه ای و انجماد آهسته نشان داد بیان bcl2 در گروه انجماد آهسته به طور معنی داری نسبت به گروه انجماد شیشه ای و غیرانجمادی کاهش یافته ولی دو گروه انجماد شیشه ای و غیرانجمادی تفاوت معنی داری نداشتند. میزان بیان ژن های bax و p53 در گروه انجماد آهسته بطور معنی داری بیشتر از گروه های غیرانجمادی و انجماد شیشه ای بوده ولی بیان این ژنها در این دو گروه تفاوت معنی دار نداشت. ژن fas فقط در گروه انجماد آهسته بیان شده است. بیان survivin در سه گروه اختلاف معنی داری نداشت. نسبت بیان نیمه کمی رونوشت bax به bcl2 در گروه انجماد آهسته بطور معنی داری بیشتر از گروه های انجماد شیشه ای و غیر انجمادی بود. اما تفاوت معنی داری بین گروه های انجماد شیشه ای و غیر انجمادی مشاهده نشد (p<0.05). در مجموع می توان نتیجه گرفت انجماد شیشه ای کرایوتاپ نسبت به انجماد آهسته روش مناسب تری برای انجماد فولیکول های پره آنترال می باشد. همچنین انجماد آهسته نسبت به انجماد شیشه ای بطور معنی داری بیان ژن های آغازگر آپوپتوز را افزایش می دهد.

ایمونیزاسیون با میموتوپ های صناعی علیه آنتی بادی مونوکلونال icr62 و بررسی اثر مهاری آنتی بادی های تولید شده بر روی رشد سلول های a431
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1388
  محسن نواری   محمدجواد رسایی

گیرنده فاکتور رشد اپیدرمی (egfr) متعلق به خانواده گیرنده های تیروزین کینازی بوده و از دهه 80 به عنوان یک هدف برای درمان سرطان مطرح شده است. تعداد قابل توجهی آنتی بادی های مونوکلونال بر علیه egfr تولید شده اند که یکی از این آنتی بادی ها icr62 می باشد. با توجه به مشکلات آنتی بادی های مونوکلونال –که بیشتر آن ها اساسا موشی هستند- از قبیل هزینه بالا و برهمکنش با سیستم ایمنی، ایمونیزاسیون بر علیه egfr می تواند جایگزین مناسبی برای آنتی بادی های مونوکلونال باشد. در این راستا، قبلا نقشه اپی توپی آنتی بادی مونوکلونال icr62 با استفاده از یک کتابخانه نمایش فاژی پپتیدهای تصادفی تعیین شده است. در تحقیق حاضر، توالی مورد نظر که یک می موتوپ (مقلد اپی توپ) می باشد سنتز شده و به مولکول bsa متصل شد. تمایل پپتید به آنتی بادی مونوکلونال icr62 بررسی و تایید شد. بررسی سرم موش های balb/c ایمن شده با این مولکول در یک آزمون الایزا بر روی egfr تخلیص شده از رده سلولی a431، نشاندهنده حضور آنتی بادی بر علیه egfr تا تیتر 1:2000 بود. این امر در مورد حیوانات ایمن شده با پپتید خالص مشاهده نشد. سرم های مذکور توانایی ممانعت از رشد سلول های بیان کننده egfr (رده سلولیa431) در شرایط in vitro را نداشتند. بنابراین، igg خرگوشی بر علیه پپتید متصل به bsa تولید، تخلیص و تیتر آنتی بادی بر علیه egfr تا 12/5 میکروگرم در میلی لیتر تعیین شد. آنتی بادی های مذکور توانایی ممانعت از رشد رده سلولی a431 را تا میزان 15% داشتند. بنابراین از پپتید به دست آمده می توان به عنوان یک عامل ایمنی زا بر علیه egfr استفاده نمود. این عامل قطعا می تواند سیستم ایمنی را برای تولید آنتی بادی بر علیه egfr تحریک نموده که اثرات مثبت در مهار رشد سلول های بیان کننده egfr داشته و دارای کاربرد در مهار رشد سلول های سرطانی می باشد.

راه اندازی و به کارگیری تکنیک pcr-elisa با استفاده از ژن re در تشخیص توکسوپلاسموز تجربی در رت (rattus norvegicus)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1387
  رقیه نوروزی   عبدالحسین دلیمی اصل

در این پژوهش از روش pcr-elisa با استفاده از ژن re، برای تشخیص حساسیت و اختصاصی بودن و نیز سنجش کمی بار انگلی در خون 15 رت آلوده شده با توکسوپلاسما گونده ای سویه rh استفاده گردید. در این روش پرایمرهای اولیگونوکلئوتیدی برای هدف گیری ژن re مربوط به تاکی زوئیت به طول bp138 انتخاب شده و برای تکثیر dna توکسوپلاسما گونده ای، از فرایند pcr و نشاندار کردن هم زمان محصول بدست آمده از آن با دیگوکسی ژنین استفاده شد. با استفاده از سیستم pcr-elisa، ژن re توکسوپلاسما گونده ای در مدت 4 ساعت و با حساسیت بالا در مقایسه با سایر روش ها مورد شناسایی قرار گرفت. در ضمن آزمایش هایی برای بررسی حساسیت روش به کار برده شده، انجام گرفت و منحنی استاندارد مربوط به حساسیت روش نیز رسم گردید.

خاموش کردن ژن اکتیواتور rna گیرنده استروئیدی(sra) با استفاده از تکنیک تداخلrna (rnai) و بررسی اثر آن بر ژن گیرنده پروژسترون(pr) در رده سلولی mcf7
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  سعیده عسکریان   مهدی فروزنده مقدم

چکیده کمک فعال کننده گیرنده استروئیدی (sra ) یکی از تنظیم کننده های گیرنده استروئیدی از جمله گیرنده استروژنی er است و به صورت یک مولکول rna عمل خود را انجام می دهد. بافت های پروستات ، رحم و سینه بیان پایینی از sra دارند، درحالیکه افزایش بیان sra طی تومور زایی آنها وجود دارد، بنابراین امکان شرکت sra در تومور زایی یا پیشروی توموری وجود دارد.این مطالعه به منظور فهمیدن نقش sra در درون سلول صورت گرفت. با در نظر گرفتن اینکه گیرنده پروژسترون pr به عنوان مارکر طلایی برای بررسی فعالیت er مطرح شده بود ، ما بررسی کردیم که خاموش کردن sra چه تاثیری می تواند بر بیان pr داشته باشد. ما از تکنیک rnai برای خاموش نمودن ژن sra استفاده نمودیم .سازه خاموشگر sra طراحی و توسط soe-pcr ساخته شد و در pegfpc1 که یک وکتور بیانی است کلون شد.ما از rna سنجاق سری شبه microrna (shrnamir) استفاده نمودیم این سازه خاموشگر رفتاری مشابه یک microrna طبیعی را درون سلول تقلید می کند.رده سلولی انسانی سرطان سینه (mcf7) با پلاسمید حاصله ترانسفکت شد و بیان sra در زمان های 24 ،72 ساعت و 10روز بعد با pcr real time بررسی شد. در نتایج کاهش 60 درصدی در بیان نسبی sra مشاهده گردید که نشان می دهد sra –shrnamir با موفقیت توانسته است بیان ژن مورد هدف ما را خاموش کند و برای کابردهای مختلفی در آینده مناسب به نظر می رسد؛ همچنین رشد سلول های سرطانی نیز کاهشی نشان داد. اما کاهش بیان sra سبب تغییر بیان ژن pr در تیمار های 24ساعت و 10روز نشد درحالیکه کاهش 40درصدی بیان این ژن را در زمان 72 ساعت مشاهده نمودیم. این امر ممکن است به دلیل فقدان اثرات rna sra بر تنظیم فعالیت استروژن برروی این ژن خاص یا واکنش های خنثی سازی متقابل باشد.این مطالعه تایید می کند که ژن های هدف گیرنده استروژنی دارای کمک فعال کننده ها و مکانیسم های تنظیمی مجزایی هستند و ممکن است پاسخ های متفاوتی به تغییرات آنها بدهند.