دریای خزر و حوضه های آبی مرتبط با آن یکی از زیستگاه های طبیعی کپور معمولی وحشی است. با توجه به اهمیت مطالعه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت در مدیریت و حفاظت از گونه ها، تنوع ژنتیکی ذخایر وحشی کپور معمولی در تالاب انزلی، با استفاده از روش pcr-rflp مورد مطالعه قرار گرفت. در این بررسی 200 قطعه ماهی کپور معمولی وحشی cyprinus carpio بالغ ازپنج ناحیه، هر ناحیه 40 قطعه، شامل مناطق چهارگانه تالاب انزلی (منطقه حفاظت شده سیاه کشیم، پناهگاه حیات وحش سلکه، پناهگاه حیات وحش سرخانکل، منطقه آبکنار) و دهانه تالاب انزلی به دریای خزر صید شدند. استخراج dna به روش استات آمونیوم از بافت نرم باله دمی انجام گرفت. واکنش pcr با استفاده از یک جفت آغازگر از توالی نوکلئوتیدی ناحیه d-loop مولکول mtdna انجام گرفت و محصولی به طول 420 جفت باز در تمامی نمونه ها به دست آمد. به منظور شناسایی قطعه، دو نمونه متعلق به منطقه آبکنار و دریا توالی یابی و در بانک ژن جهانی به شماره های دسترسی gu225730 و gu320667 ثبت گردید. جهت هضم آنزیمی محصول pcr از 40 آنزیم اندونوکلئاز استفاده شد. الگوی هضم آنزیمی با استفاده از الکتروفورز ژل پلی اکریل آمید 6% و رنگ آمیزی نیترات نقره مشاهده گردید. 4 آنزیم (tasi, smai, sspi, apoi) الگوی باندی چند شکلی نشان دادند. نتایج این بررسی 7 ترکیب هاپلوتیپی مختلف را بین مناطق نمونه برداری نشان داد که هاپلوتیپ های abab و aaba تنها در ایستگاه آبکنار، هاپلوتیپ هایbaab و baaaدر ایستگاه سیاه کشیم و هاپلوتیپ های bbba و aaab فقط در ایستگاه سرخانکل مشاهده شد. فاصله ژنتیکی بین هاپلوتیپ ها از 35/0- 01335/0 متغیر بود. میانگین تنوع هاپلوتیپی و تنوع نوکلئوتیدی به ترتیب 1321/0و 014196/0 بود. درصد اختلاف نوکلئوتیدی در مناطق مختلف نمونه گیری 0216/0 محاسبه شد. جهت تعیین میزان ناهمگنی جغرافیایی در مناطق نمونه برداری، آنالیز آماری داده ها با استفاده از آزمون مربع کای (?2) انجام شد. این آنالیز نشان داد که اختلاف بین هاپلوتیپ ها در تمامی مناطق نمونه برداری به جز ایستگاه آبکنار با سیاه کشیم معنی دار است (p?0/05). همچنین در این آنالیز میزان مربع کای بین دو ایستگاه دریا و پناهگاه حیات وحش سلکه به دلیل مشاهده هاپلوتیپ همسان برابر با صفر بود. با توجه به نتایج می توان بیان نمود که روش pcr-rflp ناحیه d-loop ژنوم میتوکندریایی روش مناسبی به منظور جداسازی جمعیت های کپور معمولی وحشی در تالاب انزلی است و حداقل سه جمعیت مختلف از این گونه در مناطق آبکنار-سیاه کشیم، سرخانکل و سلکه-دریا وجود دارد.