چکیده شوید( anethom graveolens l.) یکی از گیاهان دارویی و ادویه ای مهم است که به خانواده چتریان تعلق دارد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی شوید بر اساس نشانگر های مورفولوژیکی و مولکولی بذر های 37 توده از نقاط مختلف ایران جمع آوری شد و همراه 1 رقم اروپایی در خرداد ماه 1386 کشت شدند.آزمایش در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی شیروان انجام شد و صفات مورفولوژیکی توده ها یاد داشت برداری شد. تنوع مولکولی این توده ها نیز با استفاده از نشانگر های aflp در پژوهشکده زیست فن آوری و کشاورزی دانشگاه زابل از آذر ماه 1386 آغاز شد. نتایج حاصل از بررسی های مورفولوژیکی نشان داد که عملکرد اسانس و ارتفاع تا اولین شاخه دارای بیشترین ضریب تغییرات و صفات فنولوژیکی دارای کمترین تنوع بودند. بیشترین ضریب همبستگی بین روز تا رسیدگی گل آذین اصلی و فرعی به میزان 98/0 و کمترین همبستگی بین در صد اسانس و وزن هزار دانه با 0059/0 به دست آمد. در تجزیه رگرسیون گام به گام برای عملکرد اسانس به عنوان تابع، عملکرد بذر، در صد اسانس و ارتفاع تا اولین شاخه 98% از تغییرات را توجیه کردند. در تجزیه مولفه های اصلی و تجزیه به عامل ها نیز چهار مولفه بزرگ تر از 1 به ترتیب 82% و 85% از تغییرات کل را توجیه کردند. تجزیه خوشه ای با استفاده از صفات مورفولوژیکی و مولکولی توده های شوید را به چهار گروه تقسیم کرد. تجزیه خوشه ای بر روی صفات مورفولوژیکی با استفاده از روش ward و ضریب تشابه دایس انجام گرفت. در تجزیه مولکولی از 5 ترکیب آغازگر aflp استفاده شد و میزان pic، به طور متوسط 47/54% برآورد شد. تجزیه خوشه ای داده های مولکولی بر مبنای روش upgma و ضریب تشابه جاکارد انجام گرفت. در تجزیه مختصات اصلی نیز 13 مولفه اول 69% از تغییرات کل را توجیه کردند. از تست مانتل برای تعیین میزان همبستگی بین ماتریس های تشابه و کوفنتیک استفاده شد و 8/0=r به دست آمد. گروه بندی داده ها در هر دو روش مورفولوژیکی و مولکولی با نواحی جغرافیایی مطابقت نداشت. انجام تست مانتل بر روی میزان همبستگی داده های مولکولی و مورفولوژیکی همبستگی ضعیفی را بین آن ها نشان داد.