coli تولید کننده توکسین شیگا) stec) ، می تواند موجب اسهال خونی شود که در %15-2 موارد، به خصوص در کودکان ، موجب ایجاد سندرم (hus) می شود و می تواند موجبات نارسایی کلیوی و حتی مرگ را فراهم آورد . در % 90 موارد اسهال خونی که به hus منجر شده، stec نقش داشته است. در کشور ما ،گوشت گاو به عنوان اصلی ترین منبع برای stec مطرح شده است(salmanzadeh .a.s.2009). در این مطالعه از روش های مولکولی (pcr) استفاده شده تا تعیین شود آیا سبزیجات تازه را می توان به عنوان منبع بالقوه stec در تهران در نظر گرفت یا خیر .طبق داده های این پژوهش ، میزان شیوع stec در سبزیجات تازه تهران شامل جعفری و تره %8/12 می باشد. طبق این تحقیق24 % سویه ها stx2، 24 % سویه ها stx1 ، 36 % سویه ها دارای هر دو ژنstx1 و stx2، 15% موارد دارای ژن o157 و vt2 را بودند. همه سویه ها فاقد h7 و eae بوده اند. تست حساسیت به آنتی بیوتیک ها ، بر روی همه ایزوله های غیر o157 صورت گرفت . در نهایت همه سویه ها برای دو آنتی بیوتیک آمپی سیلین و تتراسیکلین مقاوم بودند. mic برای سویه های stec-o157 با استفاده از 4 آنتی بیوتیک انجام شد . همه سویه ها به آمپی سیلین و تتراسیکلین مقاوم بودند. در نهایت بر اساس این مطالعه ، سبزیجات تازه تهران را می توان به عنوان منبع بالقوه stec در تهران درنظرگرفت.

بررسی تنوع و جمعیت میکروبی اکوسیستم های بومی و بررسی توانایی های خاص میکروارگانیسم های این نواحی در حفظ ذخایر میکروبی و غربالگری جدایه های جدید بومی برای کاربرد در صنایع مختلف بسیار مفید می باشد. آب و خاک شالیزارهای برنج به دلیل ایجاد شرایط کم اکسیژن و هوازی، زیستگاه های میکروسکوپی متعددی را برای یک جامعه بزرگ از اعضای میکروبی فراهم می آورد که فعالانه به تولید آنزیم های کاتابولیک می پردازند. این پژوهش بر مخمرهای ساکن این زیستگاه میکروبی تمرکز یافته است. مجموعه 46 جدایه مورد بررسی، در طی دو مرحله نمونه برداری و پس از غنی سازی در محیط مایع ypg براث و کشت بر روی محیط ypg آگار دارای آنتی بیوتیک جدا شدند. حضور آنزیم های آمیلاز، پروتئاز، استراز، فیتاز و لاکاز از طریق بررسی تولید هاله بر روی محیط جامد واجد سوبسترای آنزیم و ترشحی بودن آن ها با استفاده از روش چاهک پلیت انجام شد. در میان 11 جدایه مولد آنزیم، 100% جدایه ها آنزیم استراز تولید می کردند که هیچ یک ترشحی نبود. 18% جدایه ها آنزیم آمیلاز تولید می کردند که نیمی از آن ها ترشحی بود و 18% جدایه ها مولد آنزیم پروتئاز ترشحی بودند. تولید آنزیم فیتاز در هیچ یک از جدایه ها مشاهده نشد و آنزیم لاکاز که توسط 9% جدایه ها تولید می شد غیر ترشحی بود. در میان جدایه های مولد آنزیم، 36% بازیدیومیست و 64% آسکومیست بودند که تنوع آنزیمی نیز در بازیدیومیست ها بیش تر از آسکومیست ها بود. دو جدایه sa006 و sa044 که بیشترین تنوع آنزیمی را داشتند، از نظر حضور آنزیم های بیشتر و ترشحی و القایی بودن آن ها نیز بررسی شدند. شناسایی بیوشیمیایی، مورفولوژیک و ژنتیکی دو جدایه نیز به دقت انجام شد. دو جدایه sa006 و sa044 به ترتیب به گونه های pseudozyma antarctica و pseudozyma aphidis شبیه بودند.

بیماری های عفونی اسهالی یک مشکل مهم و عامل مرگ و میرهای چشمگیر در جهان هستند. سوش های esherichia coli بیماری زای روده ای عامل مهمی در ایجاد اسهال اپیدمیک و اندمیک در سراسر جهان هستند. اطلاع از شیوع (stec) shiga toxin – producing e. coli در منابع مختلف می تواند در مدیریت و کنترل بیماری های ایجاد شده توسط این باکتری ها مفید باشد. حیوانات مزرعه مانند گاو مخزن اصلی stec در کشور ما هستند. به علاوه سبزیجات تازه آلوده می توانند یک منبع بالقوه برای stec در تهران است. اهداف این مطالعه تعیین فراوانی stec در سبزیجات و نیز تعیین الگوی حساسیت آنها به آنتی بیوتیک های مختلف توسط روش استاندارد انتشار دیسک بود. در این مطالعه 100 نمونه کاهو در طی 6 ماه از شهر تهران جمع آوری شد. شناسایی سوش ها با روش مولکولی pcr و تست های بیوشیمیایی انجام شد. این سوش ها برای ژن های stx1 ، stx2، eaea ، flich7 و rfbo157 ، ژنهای اختصاصی stec، بررسی شدند. تست حساسیت ضد میکروبی بر اساس روش انتشار دیسک انجام شد. در این مطالعه آمار ایزوله های stec در کاهو 8 درصد بود. سه ایزوله حامل ژن stx1، 3 ایزوله حامل ژن stx2 و یکی از ایزوله ها ژنهای stx2و flich7 و rfbo157را حمل می کرد به احتمال 90 درصد o157:h7 می باشد. برای تایید نیاز به آزمایش های سرولوژی است. در تست مقاومت آنتی بیوتیکی، همه ایزوله ها به سفتازیدیم، سفپیم، ایمی پنم، کلرآمفنیکل، آمیکاسین، استرپتومایسین، کانامایسین، سفالوتین، نورفلوکساسین، سفترآکسون، جنتامایسین و سیپروفلوکساسین حساس و به تتراسایکلین و آمپی سیلین مقاوم بودند. نتایج مطالعه حاضر نقش احتمالی کاهو به عنوان یک منبع آلودگی به سوش های stec را نشان داد.

چکیده جنس xanthomonas حاوی گونه های باکتریایی بیماری زای گیاهی است که سبب ایجاد بیماری در گیاهان مختلف می شود. هر گونه طیف میزبانی ویژه ای دارد. علاوه بر ایجاد بیماری در گیاهان می شود، اغلب گونه های این جنس صمغ زانتان را از طریق فرایند هوازی تولید می کنند. صمغ زانتان بیوپلیمر مهمی است و در صنایع غذایی، نفت و آرایشی کاربرد دارد. در مطالعات بسیاری با استفاده از روش های زیست شناسی مولکولی سعی شده است که سطوح بالایی از تنوع ژنتیکی را در میان گونه های این جنس و نیز درون گونه ها نشان دهند، از طرف دیگر پاتووار ها از گونه های مختلف این جنس شباهت های بسیار زیادی را از خود نشان می دهند که این مسئله منجر به طبقه بندی مجدد این جنس شده است. در این مطالعه به شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی در میان سویه های xanthomonas پرداخته شد. شناسایی آن ها با کمک توالی یابی ژن 16s rrna انجام شد. در این روش از پرایمر های یونیورسال27f و 1492r استفاده شد. نتیجه ی توالی یابی با نرم افزار bio editبررسی شد و توالی ها همتراز شدند و سپس با برنامه ی blast با سایر توالی های موجود در پایگاه ncbi مقایسه شدند و درصد شباهت آن ها بررسی شد. در این پژوهش 15 سویه مورد بررسی قرار گرفت که 13 سویه دارای 100-99 درصد شباهت به گونه ی xanthomonas campestris بودند، یک سویه با 99 درصد شباهت به xanthomonas arboricola و xanthomonas campestrisشبیه بود و یک سویه هم 99 درصد شباهت را به گونه ی xanthomonas translucens نشان داد .به منظور بررسی بیشتر پلی مورفیسم از تکنیک های مولکولی دیگر مثلpcr- rflp و rep-pcr استفاده شد. در روشpcr-rflp دو ناحیه ی ژنی به طور مجزا بررسی شد. یکی ناحیه ی internal transcribed sequence (its) و دیگری ژن atpd. ناحیه ی its با 8 آنزیم محدود کننده و ژن atpd با سه آنزیم محدود کننده بررسی شد. نتایج its نشان داد که این ناحیه در بین سویه های xanthomonas تقریبا حفاظت شده است و لذا فقط یک سویه در اکثر بررسی ها با آنزیم های مختلف متفاوت بود و سه سویه هم با یکی از آنزیم ها متفاوت شدند. ولی سایر سویه ها تنوعی را با یکدیگر نشان ندادند. در بررسی ژن atpd سویه شماره ی 1 نتوانست با پرایمری که برای این ژن مورد استفاده قرار گرفت تکثیر شود و سایر سویه ها هم در هضم آنزیمی تفاوتی را نشان ندادند به جز سویه ی شماره ی 12 که با یکی از آنزیم ها یک الگوی متفاوت را نشان داد. برای بررسی های دقیق تر از تکنیک های rep-pcr و eric-pcr استفاده شد. از آنجا که این تکنیک ها به بررسی تنوع ژنتیکی در کل ژنوم می پردازند لذا برای بررسی پلی مورفیسم مناسب تر می باشند. الگوی eric-pcr حتی تنوع بالاتری را نسبت به الگوی rep-pcr نشان داد و در واقع توانست الگوی بهتری را از تنوع جمعیتی سویه های مورد مطالعه به ما نشان دهد و از طرفی روشی است که هم از نظر زمانی و هم از نظر هزینه مقرون به صرفه است و برای انجام مطالعات بعدی نیز توصیه می شود

به دنبال افزایش مصرف میوه جات و سبزیجات در سراسر جهان، تعداد شیوع های ناشی از مصرف مواد غذایی آلوده با بیماری زا ها از جمله پاتوتایپ های مولد اسهال اشرشیاکلی نیز افزایش یافته است. سویه های اشرشیاکلی بیماری زای روده ای (epec)enteropathogenic escherichia coli عامل مهمی در ایجاد اسهال حاد و مزمن در انسان ها هستند. شیوع هایی از آن در ارتباط با مصرف آب و غذای آلوده بوده است. این مطالعه به منظور ارزیابی فراوانی epec در 100 نمونه سبزی شامل 72 نمونه ریحان، 25 نمونه اسفناج و 15 نمونه گشنیز با تکنیک pcr در تهران انجام گرفته است. pcrبا 4 جفت پرایمر برای ژن های eaea، stx1، stx2 و bfpa انجام گرفت و سویه هایی از اشرشیاکلی که برای ژن eaea مثبت و برای ژن های stx1 و stx2 منفی بودند به عنوانepec معرفی شدند. سویه های epec در 2 نمونه اسفناج (8%) و 5 نمونه ریحان (95/6%) شناسایی شدند و نمونههای گشنیز آلودگی با epec نشان ندادند. علاوه براین هیچ کدام از نمونه ها دارای ژن bfpa نبودند که آلودگی با سویه های غیرتیپیک epec را پیشنهاد می کند. این جدایه های epec برای حساسیت ضد میکروبی خود با روش انتشار در آگار(kirby-bauer) مورد بررسی قرار گرفتند. آنتی بیوتیک های مورد استفاده آموکسی سیلین، تتراسایکلین، سفتازیدیم، سفالوتین، سفکسیم، سفپیم، آمیکاسین، ایمیپنم، جنتامیسین، کلرامفنیکل، کانامایسین، سفتیزوکسیم، استرپتومایسین، سیپروفلوکساسین، نالیدیکسیک اسید و تری متوپریم-سولفومتوکسازول بودند. 100% سویه های جداشده از سبزیجات به کلرامفنیکل، استرپتومایسین و تتراسایکلین مقاوم بودند و 29% نیز به تری متوپریم- سولفومتوکسازول و سفتازیدیم و 42.85% به آموکسی سیلین مقاومت نشان دادند. جدایه های epec به سایر آنتی بیوتیک ها حساس بودند. نتایج این مطالعه نشان می دهد که سبزیجات می تواند منبعی از عفونت های روده ای ناشی از epec در تهران باشد.

تعیین زود هنگام حساسیت آنتی بیوتیکی استفاده گسترده از عوامل ضد باکتریایی و عوارض جانبی ناشی از آن را به خصوص در موارد مننژیت، باکتریمی و سبسیس کاهش می دهد.علاوه بر این موفقیت درمانی را افزایش داده و هزینه های کلی را کاهش می دهد. هدف از این مطالعه بهینه سازی محیط کلریمتریک برای تست حساسیت ضد باکتریایی در مراحل اولیه انکوباسیون باکتریایی می باشد.بروتکل تجربی محیط کلریمتریک مورد استفاده(بر طبق متابولیسم باکتریایی) برای تعیین زود هنگام حساسیت باکتریایی تعیین شد. به منظور جست و جوی تغییر رنگ قبل از رشد باکتری محیط مورد آزمایش برای اعضای متنوعی از انتروباکتریاسه بررسی شد. تغییری در رنگ محیط مورد آزمایش بعد از 4 تا 6 ساعتبراب اعضای متنوعی از خانواده انتروباکتریاسه مشاهده شد. نتایج بیشنهاد می کند که محیطه بهینه سازی شده در تعیین حساسیت زودهنگام اعضای متنوعی از خانواده انتروباکتریاسه مفید است زیرا هنگامی که با روش رایج انتشار دیسک مقایسه می کنیم نتایج 97.625% مقبولیت و 93.75% هم خوانی کلی با روش کربی بائر دارد و دارای 2.375% نا هم خوانی عمده برای خانواده انتروباکتریاسه می باشد.

چکیده بررسی الگوی مقاومت ضد میکروبی پاتوگروپ های e-coli بوسیله روش انتشار دیسک و کلریمتریک پیش زمینه و هدف انتخاب آنتی بیوتیک اولیه و مناسب در درمان عفونت های باکتریایی بخصوص در مورد مننژیت، باکترمی و سپسیس حیاتی است. تشخیص سریع مقاومت ضد میکروبی باکتری ها برای بیماران مفید است. هدف ما در این مطالعه الگوی مقاومت ضد میکروبی ایزوله های بالینی پاتوگروپ های e-coli را با روش سریع کلریمتریک که در دانشگاه الزهرا توسعه یافته است، می باشد. این گروه ها شامل، اشرشیا انتروپاتوژنیک(epec) ، اشرشیا انتروتوکسیژنیک (etec)، اشرشیا انترواگرگیتیو(eaec) می باشند. مواد و روش ها این مطالعه شامل 104 نمونه بالینی از e-coli بود. سوسپانسیون باکتری از کشت یک شبه فراهم و نرمال سالین مطابق با کدورت 0.5 مک فارلند تهیه شد. سپس در سطح محیط مولر هینتون آگار و کلریمتریک کشت چمنی داده شد. دیسک های حاوی آنتی بیوتیک بر روی پلیت ها قرار داده شدند و در دمای 37 درجه سانتی گراد انکوبه شدند. رنگ اولیه محیط کلریمتریک قرمز است. در اثر فعالیت متابولیکی رنگ محیط به جز اطراف دیسک های آنتی بیوتیک به رنگ زرد تغییر می کند.قطر هاله عدم رشد در عرض 5-3.5 قابل اندازه گیری بود. هاله عدم رشد در محیط مولر هینتون آگار بعد از 24 ساعت اندازه گیری شد. نتایج در این روش انتخابی، نتایج اولیه تست حساسیت قابل مشاهده است.در مقایسه با روش های انتشار دیسک متعارف (clsi)، تست حساسیت ضد میکروبی %95 همخوانی با نتایج تست انتشار دیسک کربی بوئر و ناهمخوانی عمده %1.32 نشان داد. نتیجه گیری روش کلریمتریک به عنوان یک روش سریع برای ارزیابی الگوی مقاومت پاتوگروپ های e-coli قابل ارزیابی است. از آنجا که نتایج آزمون درعرض 5-3.5 ساعت به دست می آید، می تواند رژیم درمانی مناسب در همان روز انجام تست حساسیت، برای عامل عفونی ارائه کند.

چکیده مقدمه تست حساسیت باکتریایی، به روش انتشار دیسک به خصوص در رابطه با باکتری های بیماری زای انسانی نقش عمده ایی در درمان آنتی بیوتیکی ایفا می کند. یکی از مهمترین عوامل تأثیر گذار بر نتیجه ی حاصل از آزمایش انتشار دیسک، نوع، ساختار وکیفیت دیسک مورد استفاده می باشد. هدف این پژوهش مقایسه ی کیفیت و میزان توافق دیسک های آنتی بیوتیکی سه شرکت mast، rosco و padtan teb با تاکید بر بدست آوردن میزان توافق دیسک های آنتی بیوتیکی ساخت داخل در مقایسه با انواع خارجی آن است. مواد و روش ها این مقایسه روی دو نوع محیطquicolor و مولر هینتون اگار به روش انتشار دیسک انجام شد، پس از بدست آوردن داده های خام، با نرم افزار spss و stata، آماره ی kappa را برای داده های مربوطه محاسبه کردیم. cv (coefficient of variation) نیز برای دیسک های آنتی بیوتیکی محاسبه شد. یافته ها و بحث میزان توافق دیسک های تولید داخل در رابطه با آنتی بیوتیک های سیپروفلوکساسین و سفازولین در محیط quicolor یک گزارش شد؛ و آنتی بیوتیک مروپنم دراین میان کمترین توافق را نشان داد. توافق ها در محیط quicolor بیشتر بودند، دیسک های تولید داخل به غیر از مروپنم نشان دهنده ی توافق های خوب وعالی بودند. از 30 مورد cv بدست آمده، به جز در9 مورد بقیه ی موارد کوچکتر یا مساوی 5 درصد گزارش شد که مورد تایید بود. واژگان کلیدی: دیسک آنتی بیوتیکی، انتشار دیسک، محیط کشت quicolor، توافق، آماره kappa، cv

مقدمه: با توجه به رشد روبه افزایش باکتری های تولید کننده esbl، در میان اعضای خانواده enterobacteriaceae، ردیابی و درمان عفونت های بیمارستانی ناشی از ایزوله های بالینی تولید کنندگان esblمتعلق به این خانواده، دارای اهمیت است. هدف از این پژوهش، ارزیابی یک روش سریع، با به کار گیری محیط کشت (کلریمتریک) جدید ساخته شده در دانشگاه الزهرا(تهران،ایران)، می باشد. برای تشخیص انتروباکتریاسه های تولید کننده esbl، این محیط، قادر به ردیابی این نوع از باکتری ها بوده و به دلیل فعالیت متابولیکی ناشی از رشد باکتری، محیط کشت در مدت زمان 6- 5 ساعت تغییر رنگ می دهد. روش استفاده شده برای ردیابی esbls، مبتنی بر روش انتشار دیسک بر اساس استاندارد clsi ، بر روی محیط کلریمتریک بوده و نتایج حاصل از آن، با روش انتشار در مولر- هینتون آگار، مقایسه می گردد. مواد وروش ها: صد وسه ایزوله کلینیکی جدا شده از بیماران که متعلق به خانواده انتروباکتریاسه می باشند، مورد ارزیابی قرار گرفت؛ این ایزوله های بالینی از دانشگاه علوم پزشکی ایران و انستیتو پاستور ایران تهیه گردیده اند. از تعداد 103 ایزوله بالینی استفاده شده در پژوهش،56 عدد متعلق به klebsiella pneumoniae، 45 عدد متعلق به e.coli و 2 عدد متعلق به خانواده enterobacter spp می باشند. دیسک های مورد استفاده نیز عبارت بودند از: ceftazidim (caz), ceftazidime + clavulanate (cza), cefotaxime (ctx), cefotaxime +clavulanate (ctc). دو محیط مولر- هینتون آگار و محیط کلریمتریک در این پژوهش مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج: در روش انتشار در محیط کلریمتریک، یک تغییر رنگی در محیط کشت رخ داده و محیط از رنگ زرد به رنگ قرمز تغییر می کند ودر اطراف دیسک ها هاله های مهاری قرمز رنگ ایجاد می گردد. این امر در مدت زمان 6-5 ساعت رخ می دهد. با استفاده از استاندارد روش انتشار دیسک مشخص شده توسط clsi، 55 ایزوله به عنوان esbl مثبت، و 48 ایزوله به عنوان esblمنفی، تشخیص داده شد. نتایج به دست آمده با روش کلریمتریک در توافق کامل با نتایج به دست آمده از روش استاندارد انتشار ویک شبانه روز انکوباسیون درمحیط مولر- هینتون آگار، می باشد. بحث: این محیط کشت جدید می تواند برای تشخیص آسان وسریع ایزوله های بالینی اعضای خانواده enterobacteriaceae، که تولید esbls می نمایند، درمدت زمان 6-5 ساعت، مورد استفاده قرارگیرد. کلمات کلیدی: محیط کشت کلریمتریک، esbls، تشخیص سریع وآسان، آزمون انتشار دیسکclsi

در این مطالعه، محیط کلریمتریک آنتی بیوگرام که در دانشگاه الزهرا طراحی گردیده است با محیط quicolor شرکت سالوبریس آمریکا و محیط مولر هینتون آگار مقایسه گردید. الگوی حساسیت صد جدایه انترو باکتریاسه با شش آنتی بیوتیک مختلف مشخص گردید. توافق هر سه روش با آنالیزکاپا بررسی گردید. با ده بار تکرار تست حساسیت آنتی بیو تیکی دو سوش استاندارد و دو جدایه بالینی از خانواده انتروباکتریاسه، در هر سه محیط مقادیر coefficient of variation (cv) (ضریب تغییرات) محاسبه گردید. مقادیر کاپا در همه موارد بالای نیم و نشان دهنده توافق خوب و یا عالی هر سه روش بودند. مقادیرcv در اغلب موارد زیر 05/0 و نشان دهنده تکرارپذیری مناسب آزمایش ها بودند. بر اساس یافته های این مطالعه محیط کلریمتریک آنتی بیوگرام برای تعیین سریع الگوی حساسیت انتروباکتریاسه کاربردی می باشد.