بیماری ریشه گنایی چغندر قند (ریزومونیا)، یکی از مهمترین بیماری های ویروسی در چغندر قند می باشد. عـامـل این بیماری ویــروس زردی نکروتیک رگبـرگ چغنـدر قنــد است. قارچ polymyxa betae در ریشه گیاهان آلوده به صورت پارازیت اجباری رشد می کند و به عنوان تنها ناقل طبیعی این ویروس شناخته شده است. شناسائی گیاهان آلوده به قارچ عمدتا بر اساس مشاهده مستقیم اسپور های استراحتی درون بافت ریشه گیاه می باشد. علی رغم سهولت اجرای این روش در شناسائی گیاهان آلوده، انجام مطالعات تکمیلی و کمی جهت مقایسه گیاهان مختلف از نظر میزان آلودگی همواره با مشکلاتی همراه بوده است. در این خصوص روش های مولکولی، از قبیل real time-pcr، و یا روش های سرولوژیکی مانند das-elisa، می تواند مورد استفاده قرار گیرد. با وجود سهولت و قابلیت بالای استفاده از روش های سرولوژیکی در شناسائی بیمارگر های گیاهی، تهیه آنتی بادی های اختصاصی با کارآیی بالا همواره از مهمترین موانع در استفاده از آن بوده است. در این تحقیق تولید آنتی بادی های اختصاصی علیه قارچ p. betae جهت استفاده درآزمون تشخیصی الیزا صورت پذیرفته است. برای شناسائی و انجام مراحل ایمنی زائی از پروتئین gst که در تمام حالات رویشی قارچ موجود است، استفاده گردیده است. بدین منظور ژن gst اختصاصی p. betae با استفاده از آغازگرهای اختصاصی جداسازی و در پلاسمید ptz57r/t همسانه سازی شد و تعیین توالی انجام گرفت. جهت تولید پروتئین gst نوترکیب، ژن مورد نظر در پلاسمید بیانی pet28a همسانه سازی گردید و در باکتری bl21-de3 بیان شد. خالص سازی پروتئین در شرایط طبیعی با روش کروماتوگرافی تمایلی انجام گرفت. پروتئین نو ترکیب جهت تولید آنتی بادی چند همسانه ای به خرگوش تزریق شد. خالص سازی و جداسازی ایمنوگلوبولین ها از سرم خون خرگوش با استفاده از ستون پروتئین a انجام گرفت .آنتی بادی های خالص سازی شده با آلکالین فسفاتاز نشان دار گردیدند. نتایج حاصله از آزمون سرولوژیکی الیزا اختصاصی بودن آنتی بادی های تولیدی را علیه قارچ p. betae تایید نمودند

درختان جنس prunus از مهمترین میوه های مناطق معتدله می باشند. بیماریهای ویروسی بویژه ویروس آبلهای آلو (ppv)، ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته داران (pnrsv)، ویروس کوتولگی شلیل (pdv) و ویروس لکه حلقوی گوجه فرنگی (torsv) عامل ایجاد خسارات جدی در اغلب میوه های هسته دار از جمله هلو و شلیل هستند. استفاده از سیستم کشت بافت برای عاری از ویروس کردن و تولید هسته های اولیه و همچنین بکارگیری یک روش حساس برای بررسی عاری از ویروس بودن مواد گیاهی تکثیر شده، می تواند منجر به تولید گیاهان مادری سالم برای احداث باغات مادری شلیل گردد. در این تحقیق با استفاده از جوانه های رویشی سرشاخه های جوان درختان بالغ دو رقم شلیل گیوتا و ردگلد پس از ضد عفونی مواد گیاهی به وسیله اتانول 70 درصد به مدت 30 ثانیه، و در ادامه ضد عفونی با هیپوکلریت سدیم 5/2 درصد به مدت 10 دقیقه و کشت در محیط استقرار (wpm حاوی 5/0 میلی گرم در لیترbap ) در شرایط درون شیشه ای اقدام به بهینه سازی پروتکل ریزازدیادی برای پرآوری شاخساره و ریشه زایی گردید. گیاهان مادری و شاخساره های تکثیر شده اولیه درون شیشه ای برای تشخیص ویروس های ذکر شده ابتدا به وسیله تست الایزاelisa) -das) و در ادامه برای اطمینان بیشتر به روش rt-pcr نیز تشخیص ویروسی شدند نتایج حاصل از تست الایزا در تمامی ویروس های مورد ازمایش به جز ویروس pdv، نتایج قابل اطمینانی را برای تشخیص ویروس نشان دادند. نمونه های عاری از ویروس برای پرآوری شاخساره به 2 محیط کشت dkw و wpmحاوی 2 میلی گرم در لیترbap و 05/0 میلی گرم در لیترiba منتقل شدند که نتایج حاصل نشان دهنده ی بالاترین تعداد شاخه و تعداد برگ در محیط dkw بودند. پس از یک دوره 6 هفته ای ریزشاخه های تولید شده به محیط های dkw حاوی 5/2 میلی گرم در لیتر iba به همراه 5/0 میلی گرم در لیتر naa و یا 5/2 میلی گرم در لیتر naa به همراه 5/0 میلی گرم در لیتر iba منتقل گردیدند در نمونه هایی که در محیط حاوی 5/2 mg/l iba به همراه mg/l 5/0 در لیتر naa قرار گرفته بودند ریشه ها به صورت نازک وبلند نمایان گردیدند در حالی که نمونه هایی که در محیط حاوی mg/l5/2 در لیتر naa به همراه mg/l 5/0 در لیتر iba قرار گرفته بودند ریشه هایی کوتاهتر و ضخیم تر تشکیل گردیدند.

امروزه تولید فراورده های دارویی به صورت نوترکیب در سیستم های یوکاریوتیک از اهمیت به سزایی برخوردار گردیده است. ریز جلبک های سبز به عنوان کوچک ترین واحد های یوکاریوتیک که قابلیت فتوسنتز دارند و در محیط های کشت ساده رشد می کنند، برای کشاورزی مولکولی قابل استفاده می باشند. دراین تحقیق قابلیت استفاده از ریز جلبک های دونالیلا و کلورلا برای تولید و بیان آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت b مورد بررسی قرار می گیرد. برای این منظور از سازه بیانی گیاهی pcambia3300، که حاوی ناحیه کد کننده زیرواحد کوچک آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت b با پروموتور پرقدرت 35s ویروس موزاییک کلم و ژن غربالگر bar است، استفاده گردید. انتقال ژن به ریزجلبک با استفاده از روشهای همزدن با ذرات شیشه، بمباران با تفنگ ژنی و همکشتی با اگروباکتریوم صورت پذیرفت. جلبک های تراریخته بر روی محیط انتخابی حاوی علفکش باستا قرار داده شدند و پس از تکثیر سلول های تراریخته مقاوم به علف کش آزمون های تکمیلی مولکولی صورت پذیرفت. نتایج بررسی تراریزش به کمک آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز، حاکی از حضور ژن آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت b در ریزجلبک بود.

شانکر باکتریایی مرکبات از بیماری های شایع مرکبات است عامل این بیماری باکتری گرم منفی xanthomonas citri subsp. citri می باشد. باتوجه به قرنطینه بودن این بیماری ضرورت دارد که با استفاده از اصول مدیریت تلفیقی بیماری ها از ورود آن به مناطق غیر آلوده جلوگیری شود. روش های شناسایی می تواند قبل از گسترش بیماری به تشخیص آن کمک نماید. آنتی بادی ها از وسایل تشخیص سرولوژیک معمول بیماری ها می باشند. در این مطالعه، آنتی بادی تولیدی علیه باکتری عامل شانکر به خصوص در آنالیز وسترن بلات بخش لیپوپلی ساکارید آن بسیار اختصاصی عمل نمود به گونه ای که امکان جداسازی تیپ های a از a* را فراهم می آورد. همچنین در رقت های 1/1000 تا 1/2000 توانایی تشخیص قوی پیکره کشته شده باکتری به عنوان آنتی ژن را از خود نشان داد.

تعداد 436 نمونه مشکوک به آلودگی ویروسی در طول ماه های اسفند 89 و فروردین 90 از مزارع کلزا جمع‎آوری و با آزمون الایزا و آنتی سرم‎های اختصاصی tumv، tcv و tymv مورد سنجش قرار گرفت که از میان آن ها 117 نمونه به tumv و هفت نمونه به tcv آلودگی داشتند. خالص سازی بیولوژیکی یکی از نمونه‏های آلوده (جدایه گوارشک) انجام شد و پس از استخراج rnaی کل گیاه، ژن پوشش پروتئینی ویروس با آزمون rt-pcr تکثیر (bp 986) و تعیین ترادف گردید. بررسی‎های فیلوژنتیکی جدایه گوارشک نشان داد که این جدایه به همراه دو جدایه دیگر ایرانی (irn tra6 و irn ss5) در گروه based-b قرار دارد. جدایه گوارشک (irn gsk) در سطح آمینواسیدی بیشترین تشابه (65/99 درصد) را با جدایه‎ای از ایران ( irn tra6) داشت. در فروردین 1391 علایم یک بیماری مشکوک ویروسی در خردل کاذب مشاهده و آلودگی آن به tumv با آزمون rt-pcr به اثبات رسید. آنالیزهای فیلوژنتیکی مربوط به توالی ژن پروتئین پوششی جدایه خردل کاذب نیز نشان داد که این جدایه (irn hfi) به همراه سه جدایه ایرانی (irn tra6، irn ss5 و irn gsk) در گروه basal-b قرار دارد و درصد تشابه آن در سطح آمینواسیدی 73/93 (با irn gsk)، 08/94 (با irn tra6) و 38/93 (با irn ss5) است. همچنین در بررسی توالی اسیدآمینه جدایه‎های مورد بررسی، جایگاه برشی گلوتامین-آلانین (gln-ala) نیز به عنوان جایگاههای برش برای پروتئاز nia شناسایی شد که باعث جدا شدن پروتئین پوششی از nib می‎شود. با توجه به اینکه tumv از شیوع بالایی در منطقه برخوردار بود لذا این ویروس جهت مطالعات پروتئومیکس انتخاب شد. آلوده سازی گیاه مدل n. benthamiana با سازه عفونت‎زای این ویروس (p35tunos) انجام گردید و پس از حدود 28 روز از زمان آلودگی و مشاهده علایم، صحت آلودگی گیاهان با آزمون rt-pcr تأیید و استخراج پروتئین کل گیاه از دو گیاه آلوده و غیرآلوده انجام شد. در آزمون الکتروفورز دوبعدی پروفایل پروتئینی دو گیاه آلوده و غیرآلوده با هم مقایسه و با وجود بیش از 200 لکه پروتئینی تکرار پذیر، حداقل 96 لکه تغییر بیان داشتند که از این میان تعداد 15 لکه جهت بررسی طیف سنجی جرمی انتخاب شدند. مقایسه دو ژل مربوط به گیاه غیرآلوده و آلوده نشان داد که تولید بسیاری از پروتئین‎هایی که در گیاه غیرآلوده وجود داشت، در گیاه آلوده در اثر آلودگی به ویروس کم شده بود. در این بین آنزیم های رابیسکو از پروتئین هایی بود که در پروفایل پروتئینی گیاه آلوده تولید آن کاهش یافته بود. با توجه به اینکه آنزیم رابیسکو در فتوسنتز نقش به سزایی دارد و عمل فتوسنتز در گیاه آلوده مختل شده بود، بنابراین می‎توان این مهم را با علایم کم رشدی گیاه نسبت داد. تولید آنزیم‎های کیتیناز، اندوکیتیناز و اسموتین نیز که در دفاع گیاه در برابر ویروس نقش دارند کم شده بود که این می تواند باعث حساس تر شدن گیاه به ویروس و یا سایر پاتوژن ها شود. از دیگر پروتئین هایی که تولید آنها در گیاهان آلوده کاهش یافته بود می توان به عامل رونویسی myb و زیرواحد بتای آنزیم atp سینتاز اشاره کرد که با ظهور علایم گیاه مرتبط بود. آنالیز پروتئومیکی ثابت کرد که فعالیت گیاه در واکنش به tumv بسیار کاهش می یابد. این اولین آنالیز پروتئوم سلول آلوده به یک ویروس گیاهی در مقایسه با سلول غیرآلوده در ایران می باشد.

درختان جنس prunus از مهمترین میوه های مناطق معتدله می باشند. بیماری های ویروسی به ویژه ویروس آبله آلو (ppv)، ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته داران (pnrsv) و ویروس کوتولگی شلیل (pdv) عامل ایجاد خسارت جدی در اغلب میوه های هسته دار از جمله هلو و شلیل هستند. در این تحقیق به منظور تکثیر و بهینه سازی کشت درون شیشه ای شلیل کشت جوانه های جانبی و کشت مریستم صورت گرفت