آنچه که همواره به عنوان مهمترین عامل شکست درمانهای اندودتیک مطرح بوده ، آلودگیهای باکتریال کانال ریشه دندان می باشد. جهت کاهش حضور احتمالی میکروبها به همراه شکل دادن و تمیز کردن و پرکردن کانال می توان از عوامل ضد میکروبی همچون مواد شستشو دهنده و داروهای داخل کانال بهره برد. دراین زمینه یکی از مباحث مورد توجه، استریل بودن کونهای گوتا-پرکا می باشد که بعنوان مواد جامد پرکننده کانالهای ریشه عموما مورد استفاده قرار می گیرد.