تنوع ژنتیکی گیاهان زراعی با گذشت زمان کاهش پیدا کرده است. ارزیابی تنوع ژنتیکی در کارایی حفاظت از ژرم پلاسم وکاربرد آن حائز اهمیت می باشد (رشیدی و همکاران , 1386) . آگاهی دقیق از تنوع ژنتیکی مجموعه های ژنتیکی ضمن حفظ ذخایر ژنتیکی، قابلیت استفاده از آنها را در برنامه های اصلاحی تسهیل می نماید(mohamadi and prasna,2003 ). مطالعه تنوع ژنتیکی فرایندی است که تفاوت بین افراد، جمعیتها و یا گروهها با استفاده از روشهای آماری خاص براساس داده های حاصل از ارزیابی صفات مختلف بررسی می شود. تنوع ژنتیکی می تواند براساس صفات مورفولوژیکی(کیفی و کمی)،شجره افراد و یا خصوصیات مولکولی افراد بیان گردد. هر چند که صفات مورفولوژیکی و روابط شجره ای به عنوان معیارهایی در مطالعه تنوع ژنتیکی در جمعیتهای گیاهی و جانوری مورد استفاده قرار گرفته اند ولی در سالهای اخیر با پیشرفت در زمینه ژنتیک مولکولی و تکنولوژی نشانگرهای مولکولی،استفاده از نشانگرهای مولکولی به عنوان ابزارهای مکمل و کارا به منظور بررسی تنوع ژنتیکی و روابط بین افراد به طور چشمگیری افزایش یافته است. اخیرا از نشانگرهای ملکولی مبتنی بر رتروترنسپوزونها استفاده زیادی در مطالعه تنوع ژنتیکی بعمل می آید. رتروترنسپوزونها عناصر اصلی متحرک در ژنوم گیاهان هستند و از طریق یک rna حدواسط در ژنوم جابجا می شوند(flavell et al,1992 ). این عناصر ژنتیکی متحرک هم در نواحی هتروکروماتینی و هم در نواحی یوکروماتینی جابجا شده و با ادغام متفاوت در نواحی مختلف باعث ایجاد چندشکلی می شوند. (flavell et al,2000 ; kalendar et al. 1999). در ذرت 50-80 درصد و در گندم به 40-60 درصد ژنوم از رتروترنسپوزونهای مختلف تشکیل شده است (flavell, 1986 ; son miguel , 1996). به خاطر گستردگی و فراوانی آنها در ژنومهای گیاهی و چند شکلی درجی زیاد آنها در ژنوم می توان از آنها به عنوان نشانگرهای مولکولی استفاده کرد.