نام پژوهشگر: بدرالدین ابراهیم سید طباطبایی

تنوع ژنتیکی بین 60 ژنوتیپ پایه گیلاس با استفاده از مارکرهای ssr و issr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده کشاورزی 1389
  حمیدرضا گل محمّدی   بدرالدین ابراهیم سید طباطبایی

گیلاس متعلق به خانواده رزاسه و جزء میوه های هسته دار مناطق معتدله است که اهمیت آن بدلیل میوه خوراکی این گیاه است. ایران یکی از سه کشور بزرگ تولیدکننده گیلاس بعد از امریکا و ترکیه است. طبق گزارشات fao مقدار تولید انواع گیلاس‍ در ایران حدود 225000 تن است. در سال های اخیر برای اصلاح گیلاس، آلبالو و بخصوص اصلاح پایه های پاکوتاه این دوگونه تحقیقات زیادی صورت گرفته است و از جمله اهداف اصلاحی برای گیلاس معرفی ارقام پاکوتاه و خود سازگار است.ارقام تجاری گیلاس بر رو ی پایه پیوند می شوند. پایه تاثیر زیادی بر اندازه میوه کیفیت میوه، اندازه درخت و شکل درخت دارد. از پایه های مورد استفاده برای گیلاس می توان به مازارد (prunus avium)، کلت (colt)، آلبالو (prunus cerasus) و محلب (prunus mahaleb) اشاره کرد. گیلاس محلب با دارا بودن ریشه های نیمه نفوذی در خاک های ضعیف و خشک به خوبی رشد می کند، تحمل نسبتا بالایی به کمبود روی درخاک وکمبود آهن در خاک های آهکی دارد. همچنین می تواند دماهای پایین تا 20- درجه سانتی گراد را تحمل کند. بنابراین می تواند یک پایه مناسب برای گیلاس در شرایط اقلیمی ایران باشد. علیرغم وجود تنوع ژنتیکی بالای محلب در ایران درباره روابط ژنتیکی جمعیت های محلب اطلاعات زیادی در دست نیست. بنابراین هدف از این مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی موجود در کلکسیون محلب موجود در مرکز تحقیقات ومنابع طبیعی خراسان رضوی با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره بود. بدلیل عدم طراحی آغازگرهای اختصاصی محلب، در این تحقیق از نه جفت آغازگر اختصاصی گیلاس شیرین، چهار جفت آغازگر آلبالو و دو جفت آغازگر هلو برای ارزیابی تنوع ژنتیکی 60 ژنوتیپ محلب استفاده شد. 10 جفت از آغازگرهای مورد استفاده از دو تا پنج آلل تکثیر کردند که میانگین تعداد آلل های تکثیر شده 11/2 آلل بود. میانگین هتروزیگوسیتی در ژنوتیپ های محلب مورد بررسی 55/. ومیانگین محتوای اطلاعات چند شکل (pic) محاسبه شده 46/0 بود. دندروگرام با اطلاعات حاصل از نشانگر های ssr با استفاده از ضریب نی (1983) و روش neighbor-joining با نرم افزار power marker v. 3.25 رسم شد. نشانگرهای ssr ژنوتیپ های محلب را به شش گروه تقسیم بندی کردند. در مقایسه نتایج نشانگر ssr با نشانگرهای مورفولوژیک مشخص شد گروه شماره سه دندروگرام ssr دارای 15 ژنوتیپ بود که هفت ژنوتیپ پاکوتاه و دیرگل بودند در حالیکه درگروه های دیگر این موضوع مشاهده نشد. در نشانگر issr از 31 آغازگر به کار رفته، 13 آغازگر تکثیر چند شکل داشتند که در مجموع 40 باند چند شکل تولید کردند. دندروگرام با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و روش neighbor-joining با نرم افزار ntsys ver 2.02e رسم شد و ژنوتیپ های محلب در هفت گروه تقسیم بندی شدند. برخلاف دندروگرام ssr ، ارتباطی بین صفات مورفولوژیک و دندروگرام issr وجود نداشت. در مقایسه نتایج دو نشانگر مشخص شد که نشانگر issr قادر به نشان دادن روابط ژنتیکی بین ژنوتیپ های محلب نبود

توالی یابی برخی از ژن های دخیل در سنتز آنتی اکسیدان ها و استفاده از آن ها در فیلوژنی جنس های مهم زیرخانوادهanthemideae
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده کشاورزی 1390
  منیره صادقی دستجردی   احد یامچی

چکیده یکی از زیر خانواده های مهم در خانواده asteraceae، زیرخانواده anthemideae می باشد. در این زیرخانواده 5 جنس با اهمیت که شامل بومادران (.achillea sp)، بابونه (matricaria sp.)، مخلصه (tanacetum sp.)، درمنه (artemisia sp. ) و santolina sp. وجود دارند که اغلب به عنوان گیاهان دارویی مهم در پزشکی مطرح می باشند. این گیاهان دارای ترکیبات فعالی از جمله آنتی اکسیدان ها می باشند که آنان را از اثرات مضر گونه های واکنشگر اکسیژنی (ros) حفظ می نمایند. آنتی اکسیدان ها به دو گروه کلی آنزیمی و غیر آنزیمی تقسیم می شوند. به طور کلی آنتی اکسیدان های گیاهی نسبت به آنتی اکسیدان های سنتز شده به صورت شیمیایی عوارض کمتری دارند. از آن جایی که گیاهان دارویی زیرخانواده anthemideae، منبع غنی از آنتی اکسیدان های گیاهی می باشند، شناسایی و ردیابی توالی ژن های آنتی اکسیدان در این زیرخانواده ضروری به نظر می رسد. به همین منظور در این پژوهش، چهار ژن مهم دخیل در سنتز آنتی اکسیدان ها مورد بررسی قرار گرفت. یکی از این ژن ها aox2 کد کننده ی یکی از زیرواحدهای آنزیم alternative oxidase یا aox است و سه ژن دیگر (pal1، pal2 و pal3) مربوط به آنزیم phenylalanin ammonia lyase یا pal می باشند. در این مطالعه، ابتدا براساس همردیف سازی چندتایی توالی های جستجو شده در پایگاه داده های بانک ژن، آغازگرهای اختصاصی طراحی و سپس تکثیر آن ها در 5 جنس مذکور بررسی شد. پس از انجام واکنش pcr مشخص گردید که دو آغازگر مربوط به ژن های aox2 و pal2 نوار موردنظر را به طور واضح تکثیر نمودند اما آغازگرهای مربوط به ژن pal1 و pal3 تکثیر مناسبی در جنس های مدنظر نشان ندادند. آغازگر مربوط به ژن aox2 در تمام جنس های مذکور ناحیه ای به طول تقریبی 300 جفت نوکلئوتید را تکثیر نمود درحالیکه آغازگر مربوط به ژن pal2 ناحیه ای در حدود 700 جفت نوکلئوتید را در جنس های artemisia sp.، chrysanthemum sp. ،matricaria sp. وachillea sp. تکثیر کرد. نتایج حاصل از جستجو با ابزار blast در پایگاه داده های ncbi برای توالی های بدست آمده، صحت توالی های مذکور را تأیید نمود. همردیف سازی چندتایی توالی ژن های aox2 و pal2 با توالی های همتای خود در سایر گیاهان موجود در پایگاه داده های ncbi و نیز بررسی توالی های آمینو اسیدی بدست آمده از توالی های نوکلئوتیدی ژن های مذکور و حضور ناحیه فعال پروتئینی در این توالی ها، تأیید دیگری بر صحت توالی های بدست آمده بود. به منظور بررسی تنوع بین جنس های مهم زیرخانواده anthemideae برای هر کدام از ژن های aox2 و pal2 به صورت جداگانه میانگین کل pairwise distance بر اساس دو مدل k2p، p-diatance و نیز درصد تنوع بر مبنای جایگزینی های همجنس و ناهمجنس محاسبه گردید. به منظور توجیه داده های بدست آمده، میانگین کل pairwise distance و درصد تنوع بر مبنای جایگزینی های همجنس و ناهمجنس بین سایر خانواده های گیاهی نیز محاسبه گردید. نتایج حاصل از آنالیز سایر خانواده های گیاهی با نتایج حاصل از بررسی ژن های aox2و pal2 در زیرخانواده anthemideae همسو بود. همچنین داده های حاصل از محاسبه میانگین کل pairwise-distance بر اساس دو مدل k2p (aox2 = 069/0، pal2 = 177/0)، p-diatance (aox2 = 059/0، pal2 = 156/0) و نیز درصد تنوع بر مبنای جایگزینی های همجنس و ناهمجنس (aox2 = 5/14%، pal2 = 2/30% ) نشان داد که جنس های مذکور از نظر ژن aox2 حفاظت شده تر می باشند در حالیکه از نظر ژن pal2 تنوع بیشتری دارند. نتایج حاصل از بررسی فاصله دوتایی (pairwise-distance) توالی ها برای هرکدام از ژن های aox2 و pal2 نشان داد که جنس های matricaria sp. و achillea sp. نزدیکترین جنس ها به یکدیگر و جنس هایartemisia sp. و chrysanthemum sp. دورترین جنس ها از یکدیگر محسوب می شوند که این داده ها با نتایج بدست آمده توسط ژن کلروپلاستی ndhf همسو است. نتایج حاصل از ترسیم نمودار خوشه ای برای ژن aox2 با استفاده از ضریبmaximum parsimony، با نتایج حاصل از نمودار خوشه ای رسم شده توسط ژن کلروپلاستی ndhf و نشانگر its مطابقت داشت و این به دلیل شباهت بیشتر جنس های مذکور از نظر ژن aox2 می باشد.