به منظور بررسی میزان هیدروکربن های آروماتیک چند حلقه ای (pahs) در موجودات سطوح غذایی مختلف در خور موسی، سه ایستگاه به نام های خور جعفری، خور غنام و خور احمدی انتخاب گردید و در پاییز 88، نمونه برداری از آب، فیتوپلانکتون، زئوپلانکتون، ماهی بیاح و ماهی شانک زردباله در هر ایستگاه انجام شد. نمونه ها توسط دستگاه hplc با دتکتور uv آنالیز شده و غلظت 16 ترکیب pahs در آنها محاسبه گردید. به طور کلی در نمونه های آب، ترکیبات 3 و 4 حلقه ای به ترتیب بیشترین میزان را دارا بودند و در نمونه های موجودات زنده، ترکیبات 5 و 4 حلقه ای غالبیت داشتند و 3 و 6 حلقه ای ها در مکان های بعدی قرار گرفتند. ترکیب 2حلقه ای نفتالن تنها درآب و پلانکتون های خور غنام مشاهده شد. pahs موجود در منطقه هر دو منشأ پیرولیتیک و پتروژنیک را نشان دادند که غالبیت با منشأ پیرولیتیک بود. میانگین غلظت pahکل در آب 38/5، در فیتوپلانکتون 37/49، در زئوپلانکتون 77/82، در ماهی بیاح 32/53، و در ماهی شانک زردباله 09/104 نانوگرم در گرم وزن تر به دست آمد. میزان این ترکیبات در آب بسیار کمتر از موجودات زنده محاسبه شد. نتایج نشان داد که فیتوپلانکتون ها این مواد را از آب گرفته و در بافت خود تجمع می دهند. زئوپلانکتون ها نیز افزایش ترکیبات pahs را در بدن خود نشان دادند، اما غلظت این ترکیبات در ماهی بیاح کاهش یافت که این امر به توانایی موجودات برای متابولیزه کردن pahs بستگی دارد. میزان این مواد در ماهی شانک بالاتر از بیاح محاسبه شد که با توجه به رژیم غذایی دو ماهی و زیستگاه آنها قابل توجیه است. مقایسه 3 ایستگاه نشان داد که آب و زئوپلانکتون خور غنام آلوده تر از سایر ایستگاه ها بود اما به طور کلی خور جعفری از دو ایستگاه دیگر آلودگی بالاتری نشان داد و آلودگی هیدروکربن ها در هر دو گونه ماهی در خور جعفری بیشتر از 2 ایستگاه دیگر بود. مقایسه غلظت pahs در این منطقه با استانداردها و سایر مطالعات در جهان، نشان داد که خور موسی آلودگی نسبتاً بالایی دارد.