هدف از این مطالعه، بررسی ژنوتیپهای هپاتیت b با بررسی سکانس پروتئین سطحی ویروس در نمونه های بیماران آلوده مزمن hbsag مثبت در استانهای مختلف ایران بود.در این مطالعه 282 بیمار مورد بررسی قرار گرفت. روش کار استخراج dna ویروس از نمونه سرم بیماران ،amplification قطعه ژن سطحی و نهایتا انجام تعیین توالی بر روی این قطعه و آنالیز و مقایسه تغییرات با سکانس رفرانس موجود در بانک ژن، تک تک نوکلئوتیدها و اسیدهای آمینه اقتباس شده (depected) بوده است. بررسی نشان داد که ژنوتیپ همگی نمونه‎ها از نوع d، ساب تیپ و ساب ژنوتیپ از نوع d1 بوده‎اند. تعداد کل نوکلئوتیدهای تغییر یافته شامل856 عدد که464 عدد (54.2 %)موتاسیون خاموش(silent) و392 عدد(7/45%) از نوع تغییر دهنده اسید آمینه(missense) بوده است. لذا نسبت silent به missense (67/1)نشاندهنده انتخاب منفی negative selectionدر ویروس می باشد. از مجموع 403 اسیدآمینه تغییر یافته، 101 مورد (4/24%) در غیر نواحی اپی توپ و 302 (6/75%) در اپی توپهای ایمنی اتفاق افتاده است. از این 302 مورد، 116 (38 %) در اپی توپهای th، 81 مورد (4/26%) در اپی توپهای b و 105 مورد (5/34%) در اپی توپهای ctl اتفاق افتاده است. برخلاف انتظار،الگوی انتشار ژنوتیپ hbv یکسان و هموژن بوده و پایین بودن فرکانس موتاسیون در نمونه ها نشاندهنده فشار انتخاب منفی د رسیر تکامل ویروس بود و تجمع تعدادی از این موتاسیونها در نواحی خاص نشاندهنده انتخاب مثبت بر روی پروتئین سطحی ویروس در بیماران بود که این تغییرات می تواند در اثر موتاسیونهای فرار از سیستم ایمنی باشد.