بیماری پژمردگی فوزاریومی ، متداولترین و گسترده ترین بیماری در خربزه است که در چند کشور جهان و ازجمله ایران گزارش شده است. عامل ا ین بیماری قارچ fusarium oxysporum f.sp melonis است. این تحقیق به منظور تعیین تنوع ژنتیکی بیمارگر در استان خراسان رضوی انجام گردید. برای این تحقیق از 52 مزرعه در مناطق عمده خربزه کاری استان نمونه برداری شده، پس از خالص سازی و شناسایی قارچ، آزمون مولکولی انجام شد. از مجموعه جدایه های شناسایی شده، بر اساس پراکنش جغرافیایی و شدت بیماریزایی 35 جدایه برای تحقیقات مولکولی انتخاب شدند. پس از استخراج dna بررسی تنوع ژنتیکی این جدایه ها با استفاده از نشانگر مولکولی aflp، بر روی ژل الکتروفورز پلی اکریل آمید 5/6 درصد و با کمک نرم افزار ntsys صورت پذیرفت. بر اساس نتایج بدست آمده در سطح ضریب شباهت 63 درصد کل جدایه ها در 6 گروه اصلی a، b، c، d، e و f و دوگروه تک جدایه ای جای گرفتند. این نتایج نشان داد که تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه ای در بین جدایه های قارچ عامل پژمردگی فوزاریومی خربزه در استان خراسان رضوی موجود است. از طرف دیگر با توجه به آنالیز کلاستر و دندروگرام ترسیم شده چنین نتیجه گیری شد که به جز موارد محدود بین پراکنش جغرافیایی و گروههای ژنتیکی aflp ارتباط مشخصی وجود نداشته و همچنین بین گروههای بیماریزایی و منطقه جداسازی قارچ از گیاه با گروههای aflp ارتباط معینی موجود نبود