امروزه نشانگرهای مولکولی نقش عمده و ویژه ای را در صنعت دامپروری بازی می نمایند. در این میان ریزماهواره ها یکی از پرکاربردترین نشانگرهای ژنتیک مولکولی برای شناسایی چند شکلی و تعیین ساختار ژنتیکی در داخل و بین جمعیت ها به حساب می آیند. علاوه بر این، در مطالعات همبستگی بین جایگاه های مختلف ژنی با صفات مهم تولیدی نیز نشانگرهای ریزماهواره ای بسیار مفید می باشند. هدف از این تحقیق آنالیز ژنتیکی چندشکلی جایگاههای qtl موثر بر صفات تولیدی شیر روی کروموزومهای 1، 6، 7 و 20 در گاو هلشتاین با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره ای بوده است. برای این منظور از 156 راس گاو شیری هلشتاین در مزرعه نمونه آستان قدس رضوی که حداقل دارای یک سال رکورد تولید شیر بوده اند، به صورت تصادفی خون گیری به عمل آمد. پس از استخراج dna به روش نمکی بهینه یافته، تکثیر جایگاه های مورد نظر توسط آغازگرهای اختصاصی و با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) صورت گرفت. تکثیر قطعات در نمونه های جمع آوری شده با استفاده از ده نشانگر ریزماهواره ای شامل agla29، ilsts72، bm5004 (کروموزوم 20)، bms1979، ilsts006 (کروموزوم 7)، fbn13، ilsts97، bm143 (کروموزوم 6)، bm1824، bm4307 (کروموزوم 1) انجام شد. محصولات pcr مرتبط به هر نشانگر روی ژل پلی اکریل آمید 8-6 درصد الکتروفورز و سپس ژنوتیپ هر یک از نمونه ها با استفاده از رنگ آمیزی نیترات نقره تعیین گردید. وفور آللی و ژنوتیپی برای هر یک از نشانگرها با شمارش مستقیم آلل ها برآورد و از مدل خطی ساده برای محاسبه اثر آن ها بر صفات تولیدی شیر (میانگین تولید شیر، میانگین تولید چربی، میاگین تولید پروتئین) و نیز میانگین سلول های سوماتیک شیر در شکم زایش های مختلف استفاده شد. تعداد آلل ها در هر یک از نشانگرها به ترتیب 4، 4، 6 (کروموزوم 20)، 4، 4 (کروموزوم 7)، 6، 4، 6 (کروموزوم 6)، 5 و 5 (کروموزوم 1) و با شاخص چند شکلی به ترتیب 651/0، 479/0، 597/0، 535/0، 637/0، 665/0، 635/0، 710/0، 636/0 و 572/0 برای هر یک از نشانگرها برآورد گردید. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل داده ها وجود اثر qtl در تمامی جایگاهها به جز نشانگر ilsts006 بر صفات تولید شیر در جمعیت مورد مطالعه را نشان داده است. در ضمن، از 10 نشانگر ریزماهواره مورد مطالعه در این تحقیق، 7 نشانگر شامل bm4307، bm1824، bm143، ilsts97، fbn13، agla29 و bm1979 اثر معنی دار بر تعداد سلولهای سوماتیک شیر داشته اند.

به منظور شناسایی چند شکلی های موجود در جایگاه های ژنی گیرنده هورمون رشد و بتالاکتوگلوبولین و بررسی ارتباط آن با صفات تولید شیر در جمعیت گاوهای هلشتاین، نمونه خون از 120 راس گاو هلشتاین موجود در مزرعه آستان قدس رضوی گرفته و با استفاده از روش نمکی بهینه یافته، dna استخراج شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) جهت تکثیر یک قطعه 836 جفت بازی از ناحیه پروموتور ژن گیرنده هورمون رشد و یک قطعه 434 جفت بازی از ناحیه اگزون و اینترون 4 ژن بتالاکتوگلوبولین انجام گرفتند. قطعات تکثیر شده از ژنهای گیرنده هورمون رشد و بتالاکتوگلوبولین به ترتیب با استفاده از آنزیمهای محدودالاثر alui و haeiii مورد هضم آنزیمی قرار گرفت. نتایج حاصل روی ژل آگارز 2 درصد و پلی آکریلامید 12% الکتروفورز گردید. آنالیز داده ها، با استفاده از نرم افزارهای popgen و sas انجام گرفت. هضم آنزیمی برای جایگاه گیرنده هورمون رشد، منتج به شناسایی آلل alui (-) با اندازه قطعات 14، 75 و 747 جفت باز و آلل alui (+) با اندازه قطعات 14، 75، 145 و 602 جفت باز و برای جایگاه بتالاکتوگلوبولین، منتج به شناسایی آلل a با اندازه قطعات 300، 113 و 21 جفت باز و آلل b با اندازه قطعات 226، 113، 74 و 21 جفت باز شده است. فراوانی آلل های alui (-) و alui (+) در جایگاه گیرنده هورمون رشد به ترتیب 56 و 44 درصد و آلل های a و b در جایگاه بتالاکتوگلوبولین به ترتیب 39 و 61 درصد بدست آمد. همچنین فراوانی ژنوتیپ های alui(-/-)، alui (-/+) و alui (+/+) در جایگاه گیرنده هورمون رشد به ترتیب 03/29، 76/53 و 2/17 درصد و فراوانی ژنوتیپ های aa، ab و bb در جایگاه بتالاکتوگلوبولین به ترتیب 91/22، 25/31 و 84/45 درصد برآورد گردید. آنالیز آماری داده ها نشان داد که جایگاه ژنی گیرنده هورمون رشد، بر میزان درصد چربی و پروتئین شیر و مقدار شیر تصحیح شده بر مبنای چربی و پروتئین، در دوره اول شیردهی و جایگاه ژنی بتالاکتوگلوبولین، بر میزان درصد چربی شیر در دوره اول شیردهی اثر معنی دار داشته است.