پایان نامه به بررسی دیدگاه دو رهبر بزرگ امام خمینی و مقام معم رهبری و مهدی بازرگان پرداخته ایم امام خمینی (ره) بر هماهنگی علم و دین معتقد بوده و بیان می کند از توطئه های مهمی که در قرن اخیر ، خصوصاً در دهه های معاصر و به ویژه پس از پیروزی انقلاب اسلامی ، آشکارا به چشم می خورد ، تبلیغات دامنه دار و با ابعاد مختلف برای مایوس نمودن ملتها و به خصوص ملت فداکار ایران ، از اسلام است. گاهی ناشیانه و با صراحت به اینکه احکام اسلام که هزار و چهارصد سال قبل وضع شده است ، نمی تواند در عصر حاضر کشورها را اداره کند و یا آنکه اسلام یک دین ارتجاعی است و با هر نوآوری و مظاهر تمدن مخالف است و در عصر حاضر نمی شود ، کشورها از تمدن جهانی و مظاهر آن کناره گیرند و امثال این تبلیغات ابلهانه و گاهی موذیانه و شیطنت آمیز ، نیز مقام معظم رهبری بر هماهنگی علم و دین معتقد سخن غربیان را که دین را مانع پیشرفت علم می داند قبول ندارند و بیان می کنند دینی که مانع پیشرفت علم می باشد دین تحریف شده مسیحیت می باشد وگرنه دین اسلام و دین تحریف نشده مسیحیت باعث پیشرفت بوده و می باشد و نمونه هایی از این پیشرفت را در قرن چهارم می بینیم حال برای پیشرفت جامعه و رهایی از قید بند کشورهای غربی باید بسیاری از مفاهیم حقوقی ، اجتماعی و سیاسی را که شکل و قالب غربی آنها در نظر بعضی مثل وحی منزل است و نمی شود درباره اش اندک تشکیکی کرد، در کارگاههای تحقیقاتی عظیم علوم مختلف حلاجی کنند ؛ روی آنها سوال بگذارند ، این جزمیتها را بشکنند و راههای تازه ای بیابیم، هم خودشان استفاده کنند و هم به بشریت پیشنهاد کنند. امروز کشور ما محتاج این است ؛ امروز انتظار کشور ما از دانشگاه این است . دانشگاه باید بتواند یک جنبش نرم افزاری همه جانبه و عمیق در اختیار این کشور و این ملت بگذارد تا کسانی که اهل کار و تلاش هستند، با پیشنهادها و با قالبها و نوآوریهای علمی خودی بتوانند بنای حقیقی یک جامعه ی آباد و عادلانه ی مبتنی بر تفکرات و ارزشهای اسلامی را بالا ببرند. اما مهندس بازرگان که در ابتدای عمر خود برهماهنگی علم و دین معتقد بود و سعی داشت مسائل دینی را در با علم ثابت کند که در این زمان نیز مورد انتقاد اندیشمندانی همچون شهید مطهری واقع گردید و ایشان در سالهای بعد و برای اولین بار در سال 1364 ش در سالروز بعثت با عنوان ناگفته بعثت به صراحت ازنگرش نخست خویش عدول کرد و حکومت و مدیریت جامعه را از دایره اهداف و وظایف بعثت انبیا و رسالت پیامبران خارج ساخ. وی در روز مبعث در بهمن ماه 1371 در جمع انجمن اسلامی مهندسین سخنرانی با موضوع «آخرت و خدا تنها برنامه بعثت انبیا» دیدگاه دوم خویش را به طور استدلالی و تفصیلی بیان کرد و پس از تشکیل سمینار بهمن ماه 1372 و اظهار نظر صاحب نظران عنوان مذکور به صورت «آخرت و خدا هدف بعثت انبیا» تغییر یافت. بازرگان در این سخنرانی ، دین و ایدئولوژی را دو مقوله جدا از یکدیگر دانست نباید انتظار داشت که اسلام یا مسیحیت و یهودی برای ایدئولوژی ، حکومت اقتصادی ، علوم و فنون ، پزشکی و بهداشتی مطالبی به دستمان داده باشند یا بدهند. در این پایان نامه به طور مفصل با نظریات این دانشمندان بیان گردیده شده است امید است که مورد توجه خوانندگان قرار گیرد.