نام پژوهشگر: محمد واسعی

بررسی بیان mir-302 و mir-145 در نمونه های پارافینه سرطان مری و مقایسه آن با بافت های حاشیه توموری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1391
  مجتبی تبریزی   سید جواد مولی

مقدمه و هدف: سرطان مری یکی از کشنده ترین سرطان ها در سرتاسر جهان می باشد. استان گلستان یکی از بالاترین نرخ های شیوع سرطان سلول های سنگفرشی مری در جهان را دارد. microrna ها یک گروه از rna های غیر کد کننده هستند که بیان تنظیم نشده آن ها با بسیاری از سرطان ها در ارتباط است. خوشه mir-302-367 شامل نه microrna است، که بیان آن ها محدود به سلول های بنیادی جنینی و سلول های کارسینومای جنینی است و از تنظیم کننده های حالت بنیادی می باشند. با توجه به بازبیان برخی از ژن های تکوینی در روند توموری شدن، به دنبال بررسی میزان بیان این mirna در سرطان مری در مقایسه با بافت غیر توموری بودیم. از سوی دیگر، mir-145 نقش مهمی در کنترل وقایع مختلف سلولی از جمله تکثیر، تمایز و آپوپتوز ایفا می کند. این microrna نقش مهار کننده توموری دارد و بیان آن در بسیاری از سرطان ها کاهش می یابد. در این تحقیق به دنبال بررسی تغییرات بیان این microrna در سرطان مری بودیم. مواد و روش ها: از نمونه های پارافینه برش هایی تهیه شد و نواحی توموری و حاشیه توموری در آن ها توسط پاتولوژیست تعیین شد. استخراج rna، سنتز cdna و real-time pcr برای آن ها انجام گرفت. نتایج توسط نرم افزار linregpcr پردازش شد و در نهایت بیان ژن توسط نرم افزار rest 2009 آنالیز شد. یافته ها: نتایج حاکی از آن است که میزان بیان mir-302b در کل نمونه ها و در هیچ یک از دسته بندی های تومور، بر اساس میزان تمایز یافتگی، بین نمونه های توموری و حاشیه توموری تفاوت معنی داری نداشت (05/0> p). اما بیان mir-145 در نمونه های توموری نسبت به حاشیه توموری در مجموع نمونه ها کاهش نشان داد (01/0? p). همچنین آنالیز نمونه ها بر اساس میزان تمایزیافتگی، نشان داد این کاهش بیان در نمونه های با تمایز پائین و تمایز خوب از لحاظ آماری معنی دار بود (05/0? p). بحث و نتیجه گیری: این نتایج نشان داد که بیان mir-302b، یک نشانگر اختصاصی سلول های بنیادی، در سرطان مری افزایش نمی یابد. همچنین این یافته ها با فعالیت مهار کننده توموری mir-145 در انطباق است و اهمیت این microrna را به عنوان یک نشانگر برای تشخیص و یک هدف برای درمان سرطان نشان می دهد.

تعیین سطح بیان و توزیع بافتی mir-21 در نمونه های پارافینه ی سرطان مری و بررسی تاثیر سرکوب بیان این mirna در لاین توموری kyse-30 مری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1392
  نازیلا نورائی   سید جواد مولی

ارتباط بین mirnaها و تومورزایی و نقش آن ها در این فرایند مشخص است. mir-21 انکومیری است که به واسطه ی کنترل بیان تومورساپرسورهایی مثل pten، در روند پیشرفت و بدخیمی سرطان نقش موثری دارد. در این تحقیق به بررسی نقش mir-21 در پیشرفت سرطان مخاطی مری (escc) می پردازیم. بیان mir-21 در نمونه های پارافینه ی تومورهای scc مری به روش q-rt-pcr بررسی شد. الگوی پراکندگی بافتی mir-21 با تکنیک هیبریداسیون درجا مشخص شد و نیز با استفاده از الیگونوکلئوتید مهاری، بیان mir-21 در رده ی سلولی kyse-30 سرطان مری، سرکوب شده و اثر این سرکوب بر میزان آپوپتوز سلولی بررسی شد. همچنین در یک سیستم هم کشت، تاثیر هم جواری فیبروبلاست های نرمال به-عنوان یکی از اجزای ریزمحیط درون تومور، بر میزان بیان mir-21 در رده ی سلولی سرطانی مری و نیز میزان مهاجرت و تهاجم این سلول ها بررسی شد. همچنین میزان ترشح mir-21 در محیط کشت رویی هر یک از سلول ها به صورت جداگانه اندازه گیری شد. mir-21 در نمونه های توموری escc نسبت به ناحیه ی نرمال حاشیه ی آن، افزایش بیان نشان داد (p = 0.0007). تکنیک ish جایگیری زیر سلولی و پراکندگی بافتی mir-21 را در سیتوپلاسم فیبروبلاست های ناحیه ی استرومای تومور مشخص کرد. در همین راستا، تقسیم بندی تومورها به دو دسته ی با استرومای زیاد و استرومای کم، موید افزایش بیان mir-21 در تومورهای با میزان بالای استروما بود (p = 0.04). هنگامی-که رده ی سلولی سرطانی مری در مجاورت فیبروبلاست های نرمال کشت داده شدند، میزان بیان mir-21 در هر دو رده ی سلولی به تناسب مدت زمان تیمار افزایش داشت و این میزان برای سلول های kyse-30 بیشتر بود. تاثیر مشابه در اثر تیمار با محیط رویی این سلول ها نیز حاصل شد. همچنین نشان داده شد که هم رده ی سلولی kyse-30 مری و هم فیبروبلاست های نرمال، به تناسب مدت زمان کشت، در محیط کشت رویی خود، mir-21 ترشح میکنند. هم جواری با فیبروبلاست های نرمال و نیز محط کشت رویی آن ها به طور مجزا، همچنین باعث افزایش تمایل سلول های kyse-30 به مهاجرت و تهاجم از خلال محیط مشابه ماتریکس خارج سلولی شد (p < 0.0001). سرکوب بیان mir-21 در رده ی سلولی kyse-30 مری باعث افزایش میزان آپوپتوز در این سلول ها به میزان 10% گردید. داده های ما نشان دهنده ی بیان انحصاری mir-21 در فیبروبلاست های ناحیه ی استرومایی تومورها است. تایید ترشح mir-21 به محیط کشت اطراف سلول ها می تواند موید نقش این مولکول به عنوان رابط و پیام-رسان در بین سلول های توموری و محیط اطرافشان باشد و به این صورت اهمیت استرومای اطراف تومور و ریزمحیط درون تومور را در پیشرفت و گسترش سرطان، پررنگ می نماید.

مقایسه تغییرات پروفایل جامع بیانی micrornaها در نمونه های توموری و غیرتوموری scc مری بیماران استان گلستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1393
  محمد شفیعی   جواد مولی

سرطان مری ششمین عامل مرگ و میرهای ناشی از سرطان در دنیا می باشد. استان گلستان در شمال شرقی ایران یکی از قطب¬های جهانی با شیوع بالای سرطان مری از نوع کارسینومای سلول سنگفرشی (escc) محسوب می¬شود. مکانیسم¬های مولکولی دخیل در این بیماری هنوز بطور دقیق شناخته نشده است. اخیرا نقش mirnaها در پاتوژنز سرطانها نشان داده شده است. در این تحقیق، پروفایل بیانی بیش از هفتصد mirna در نمونه¬های بافتی پارافینه کارسینومای سلول سنگفرشی و نرمال حاشیه آن در 10 بیمار استان گلستان بررسی شد. استخراج rna و سنتز cdna از ناحیه توموری و سالم انجام گردید و پروفایل بیانیmirnaها به روش pcr array با استفاده ازmercury lnatm universal rt microrna pcr (exiqon) و با کمک دستگاهroche lightcycler® 480 انجام شد. نتایج معنی¬داری در افزایش بیان عمده در mir-519d، mir-512-5p، mir-372، mir-519a، mir-520c، mir-371، mir-524-3p، mir-517c، mir-373، mir-518a-3p، mir-518f، mir-518b، 516a-5p، mir-517a، mir-518c و mir-371-3p و کاهش بیان عمده در mir-338-3p ، mir-20b*، mir-211 و mir-658، mir-375، mir-203، mir-216b، mir-133a، mir-145، mir-133b، mir-139 و mir-143 نشان داده شد. آنالیزهای بیوانفورماتیک برای تعیین mrna هدف mirnaها بر اساس عملکرد مولکولی، فرایندهای زیستی و مسیرهای واکنشی با نرم¬افزار بیوانفورماتیکی cytoscape بیانگر تاثیرات احتمالی آنها در مسیرهای رشد و پیشرفت سرطان مانند مسیرهای مستقیم و غیر¬مستقیم p53، مسیرهای انکوژنی مهم مانند c-myc و مسیرهای تنظیمی آپاپتوز و یا تکثیر سلولی بود. همچنین مطالعات عملکردی mir-211، mir-338-3p و mir-375 نیز نشان داد بیش¬بیان آنها موجب کاهش بیان sox2ot، تغییر در سیکل سلولی و تجمع سلول¬ها در فاز sub-g1 در سلولهای nt-2 می¬شود. نتایج پروفایل بیانیmirnaها در این مطالعه با سایر مطالعات در مواردی همخوانی داشته و در مواردی نیز تفاوت¬هایی مشاهده می¬شود. عمده این تفاوت¬ها در افزایش بیان let-7d، mir-340 و mir-10 در بیماران چینی و نیزmir-16 ، mir-34c، mir-132، mir-137وmir-138 در بیماران ژاپنی می¬باشد. اطلاعات بدست آمده از نتایج این تحقیق برای اولین بار پروفایل بیانی mirnaها را در بیماران escc ایرانی نشان می¬دهد و می¬تواند در مطالعات آتی بیومارکرها و نیز در راستای کنترل escc مورد استفاده قرار گیرد.

بررسی تکثیر سلول های بنیادی خون ساز خون بند ناف برروی ساختار های سه بعدی نانو فیبر در سیستم میکروفلوییدی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1393
  محمدرضا مهرابی   مسعود سلیمانی

امروزه کاربردهای درمانی سلول های پروژنیتور/ بنیادی هماتوپویئتیک (hspcs) به اثبات رسیده است. از طرفی خون بندناف که یکی از منابع تامین این سلول هاست بدلیل تعداد کم این سلول ها با محدودیت کاربرد بالینی برای تمامی افراد مواجه است. در این مطالعه با طراحی سیستم میکروفلوییدی و پوشش میکروکانال های آن با فیبرونکتین و pes سعی در تلفیق داربست های سه بعدی در میکروسازه جهت تزاید سلول ها در شرایط آزمایشگاهی و رفع این محدودیت نمودیم. این سیستم به جهت توانایی کنترل دقیق جریان مواد غذایی و دفعی ریز محیط سلولی، قادر است بسیاری از تعاملات شیمیایی و فیزیکی سلول ها با یکدیگر و ماتریکس خارج سلولی را فراهم می کند. تعداد 104×3 سلول tnc خون بندناف جداسازی شده با تکنیک macs پس از انتقال به روی نانوفیبرهای پوشش یافته در سیستم میکروفلوییدی برای 5 روز با جریان محیط کشت µl/h 3 کشت شد. قبل و بعد از کشت، تعداد سلول ها، تعداد سلول هایcd34+، کلنی زایی و قابلیت ltc-ic سلول ها همچنین بیان برخی از ژن های مربوط به لانه گزینی، تمایز و بقا و خودنوسازی آنها مورد ارزیابی قرار گرفت. یافته ها حاکی از تزاید بیشتر سلول های cd34+ و افزایش قدرت کلنی زایی و قابلیت ltc-ic و همچنین افزایش بیان ژن های لانه گزینی، بقا و خودنوسازی در سلول های تکثیر شده روی pes نسبت به فیبرونکتین در سیستم میکروفلوییدی بود(0/05 >p value ). اما بیان ژن های تمایزی در سلول های تکثیر شده روی هر دو نانوفیبر کاهش داشت که معنی دار بود. در واقع pes در شرایط پرفیوژن با شبیه سازی محیط درون بدن باعث تزاید و بقا بهترسلول ها شد.

بررسی بیان و عملکرد ancr-lncrna در رده سلولی kyse-30 و بافت های توموری مری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  بهارک بلالایی   محمد واسعی

مقدمه: rna های طویل غیر کد کننده یا lncrna ها? دسته ای از رونوشت های اینترژنیک یا اینترونیک ژنوم انسان هستند که تحت مطالعه و بررسی قرار دارند. در حالی که تعداد انگشت شماری از lncrnaها تعیین خصوصیت شده اند? نقش تضمین کننده آن ها در پروسه های سلولی کنترل کننده بیان ژن? نقش محوری این مولکول ها را در هومئوستازی سلول ها? برجسته می سازد.جای تعجب نیست که بیان ناهنجار lncrna های تنظیم کننده در انواع گوناگون سرطان روند افزایشی نشان می دهد? جایی که این مولکول ها قادر به اعمال اثرات انکوژنیک یا بازدارنده تومور هستند.سرطان مری? ششمین سرطان رایج در دنیاست. نوع هیستولوژیکال کارسینومای سلول سنگفرشی ( escc ) یکی از رایج ترین انواع سرطان در جمعیت های شرق آسیا محسوب می شود. سرطان مری ( eac ) به طور معمول با مری بارت ( be ) مطالعه می شود؛ موقعیتی که در آن اپی تلیوم سنگفرشی نواحی انتهایی مری با اپی تلیوم ستونی متاپلاستیک جایگزین می شود. در بررسی ها? تنظیم افزایشی قابل توجهی برای hotair در escc در مقایسه با بافت ژن ancr مستقر بر روی کروموزوم 4 انسانی، در بالا دست لوکوس این ژن به فاصله kb 54.8، ژن usp46 و در پایین دست آن به فاصله kb 28.7، ژن ervmer34-1 قرار گرفته است. لوکوس ancr شامل سه اگزون و مأمن یک microrna موسوم به mir4449 و یک snorna با نام snora26 به ترتیب در اینترون های 1 و 2 است.ژن ancr یک رونوشت bp 855 را تولید می کند. نقصان ancr به طور طبیعی، ژن های مراحل اولیه و پایانی تمایز اپیدرما ل را القاء می کند. نتیجه: ما دریافتیم که بیان lncrna –ancr در بافت های توموری نسبت به بافت های نرمال بالاتر است. همچنین? ancr در نمونه های پارافینه با درجه تمایزی پایین نسبت به نمونه های پارافینه با درجه تمایزی بالا? بیان بالاتری دارد. جمع بندی: به نظر می رسد lncrna ها به عنوان تنظیم کننده های کلیدی اپی ژنتیک? در بافت های توموری و نیز پیشرفت سیگنالینگ سلول های سرطانی نقش داشته باشند. کلمات کلیدی:lncrna ها? سرطان مری? ancr