در این مجموعه موسسه ای با عنوان فوق طراحی شده است که به لحاظ تشکیلاتی و اهمیت عملکرد، از مابقی فضاها مهمتر است و مسئولیت هدایت و مدیریت کلیه مراکز آموزش آلی در سطح کشور را که بیش از 22 مرکز می باشد، بعهده دارد. وظیفه این موسسه مشابه وظایف وزارت علوم در مقیاس کوچکتر است . زیرا عهده دار برنامه ریزی و تدوین رشته ها و گروههای آموزشی، امکان سنجی و نیازسنجی، بررسی استعدادها، نیروی انسانی، شرایط اقلیمی، اکولوژیکی، اقتصادی، اجتماعی، علمی و ... استانها و مناطق مختلف کشور است . و بر عملکرد مراکز فوق مدیریت مستمر دارد. این موسسه تحت مدیریت قائم مقام معاون آموزش و تحقیقات جهاد می باشد. و دارای دو کلان فضای اداری و پژوهشی است . بخش اداری آن شامل حوزه مدیر کل و 6 معاونت است با زیر بنای 3880 متر مربع و بخش آن شامل 16 گروه پژوهشی است با زیر بنای 4785 متر مربع که جمع زیربنای موسسه فوق 8655 متر مربع می باشد.