هدف اصلی در پژوهش های ژنومی حیوانات اهلی تهیه نقشه های ژنومی جامعی است که بتواند شناسایی جایگاه های موثر بر صفات مهم اقتصادی را امکان پذیر سازد. انتظار می رود که شناسایی چنین جایگاه¬هایی منجر به طراحی برنامه های کارآمد اصلاح نژادی، خصوصاً انتخاب به کمک نشانگر (mas) و در نتیجه افزایش صحت و پیشرفت انتخاب در حیوانات مزرعه¬ای شود. هدف مطالعه حاضر مکان یابی فیزیکی مقایسه ای کلون های bac گاوی حاوی ژن های باروری فاکتور رشد تمایز یافته 9 (gdf9)، پروتئین ریخت زای استخوان 15 (bmp15) و گیرنده نوع یک آن (bmpr1b) با استفاده از تکنیک هیبرید سازی در محل فلورسنتی (fish) برای اولین بار روی کروموزوم های r- باندینگ گاو (bta, 2n=60)، گاو میش رودخانه ای (bbu, 2n=50)، گوسفند (oar, 2n=54) و بز (chi, 2n=60) با توجه به استاندارد iscndb 2000 بوده است. برای تهیه کروموزوم های r- باند شده با وضوح زیاد، نمونه های خون کامل از گونه های مورد مطالعه با وارد سازی دیر هنگام brdu و hoechst33258 کشت شدند. کلون های bac حاوی ژن های مورد نظر از روی آخرین سازه ژنوم گاوی با توجه به گردآوری های توالی ژنوم گاوی umd_3.1 و btau_4.6.1 شناسایی شده و سپس از کتابخانه bac گاوی موسسه inra تهیه شدند. پس از کشت کلون ها، استخراج dna و نشاندار سازی آن با روش nick translation، اسلایدهای متافازی در حضور cot-l dna گاوی به مدت یک شب تحت تیمار fish قرار گرفتند. مراحل ردیابی سیگنال های fitc و تهیه متافازهای rbpi- باندینگ به ترتیب با استفاده از سیستم آنتی بادی های fitc-avidin و anti-avidin و رنگ آمیزی اسلایدها با پروپیدیوم آیوداید انجام شد. تجزیه و تحلیل fish موقعیت دقیق فیزیکی و باندهای کروموزومی مربوط به ژن های مورد مطالعه را روی متافازهای گاو، گاومیش رودخانه ای، گوسفند و بز نشان داد. جایگاه دقیق فیزیکی ژن bmpr1b در گاو، گوسفند و بز یکسان بود (bta/oar/chi6q15). در گاومیش رودخانه ای، ژن bmpr1b روی موقعیت bbu7q21 مکان یابی شد. ژن bmp15 در گاو و گاومیش رودخانه به ترتیب روی btaxq31 و bbuxq36 و در موقعیت همولوگ (oar/chixq24) در گوسفند و بز مکان یابی شد. برای جایگاه gdf9، موقعیت های کروموزومی bta7q22.3، bbu9q24، oar5q22.3 و chi7q22.3 به ترتیب برای گاو، گاومیش رودخانه ای، گوسفند و بز شناسایی شدند. داده های حاصل شده از مطالعه حاضر علاوه بر توسعه نقشه های سیتوژنتیک گونه های مطالعه شده باعث توسعه اتصال نقشه های ژنتیکی روی باندهای اختصاصی کروموزومی شده و همچنین می تواند برای مطالعات ساختاری و عملکردی دقیق تر ژن های اخیر مخصوصاً در گاوسانان مورد استفاده قرار گیرد. انتظار می رود که علاوه بر ردیابی دقیق موقعیت مکانی ژن ها روی کروموزوم ها، بتوان هر چه بیشتر از تکنیک های مبتنی بر سیتوژنتیک مولکولی در مطالعات مرتبط به شناسایی نواقص کروموزومی و امکان ارتباط آن ها با صفات اقتصادی، خصوصاً صفات تولید مثلی در دام های اهلی استفاده نمود. قابل ذکر است که شناسایی موقعیت مکانی ژن ها روی کروموزوم ها، منجر به این خواهد شد که ردیابی qtlها در حوالی این ژن ها هر چه سریع تر و با هزینه کمتر گیرد.

ملانین رنگدانه ای است که به وسیله ملانوسیت ها تولید می شود و رنگ پوست، مو و چشم ها را تعیین می کند. دو نوع ملانین در تشکیل رنگ پوست و پوشش نقش دارند، فائوملانین (قرمز تا زرد) و اوملانین (قهوه ای تا مشکی) که به توسط دو ژن mc1r وasip کنترل می شوند. هدف از این مطالعه شناسایی چند شکلی های موجود در دو جایگاه مذکور و تعیین فراوانی های آللی و ژنوتیپی و نیز بررسی ارتباط آن ها با صفت رنگ پوست و پوشش در دو نژاد اسب عرب (اصیل) و اسب ترکمن بود. استخراج dna از 300 نمونه خون (150 نمونه به ازای هر نژاد) به روش نمکی بهینه یافته انجام و واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) برای تکثیر قطعات 460 و 102 جفت بازی به ترتیب از ناحیه اگزون 1 ژن mc1r و اگزون 2 ژن asip با استفاده از آغازگرهای اختصاصی صورت گرفت. شناسایی فرم های مختلف آللی در ژن mc1r با استفاده از آنزیم tagi و الکتروفورز محصولات هضم آنزیمی روی ژل آگارز انجام شد. سه ژنوتیپ ee، eeو ee در هر یک از نژادهای اسب عرب (اصیل) با فراوانی به ترتیب، 3/29، 56 و 7/14 و در اسب ترکمن با فراوانی به ترتیب 3/31، 3/57 و 4/11 درصد مشاهد شد. در جایگاه asip نمونه ها با استفاده از الکتروفورز مستقیم محصولات حاصل از واکنش زنجیره ای پلی مراز روی ژل اکریل آمید تعیین ژنوتیپ شدند. فراوانی مشاهده شده برای ژنوتیپ های aa، aa و aa در هر یک از نژادهای اسب عرب (اصیل) به ترتیب برابر با 3/39، 1/58 و 6/2 درصد و در اسب ترکمن به ترتیب برابر با 3/32، 0/66 و 6/2 درصد بود. مقایسه فراوانی ژنی و ژنوتیپی در هر یک از جایگاه های مورد مطالعه در بین دو نژاد تفاوت آماری معنی داری (p>0.05) را نشان ندادند. در این گزارش، یک هم شیبی بین جهش تک نوکلئوتیدی در کدون 84 (gac>aac) در جایگاه گیرنده 1 ملانوکورتین و رنگ پوشش بلوطی و نیز بین حذف یک قطعه 11 جفت بازی در اگزون 2 در جایگاه گیرنده آگوتی و رنگ پوشش سیاه یافت شد. برای فهم دقیق تر مکانیسم کنترل رنگ در اسب، به نظر می رسد که دیگر جایگاه های موثر بر رنگ نیز باید به طور هم زمان مورد بررسی قرار گیرند.

چکیده رشد و نمو فولیکول ها توسط هورمون های باروری، به ویژه هورمون محرک فولیکولی تنظیم می شود. این هورمون و گیرنده اش نقش مهمی را در توسعه فولیکولی و تنظیم استروئیدوژنز بازی می کند. اینهیبین به عنوان یک عامل ضروری در تنظیم ترشح fsh در پستانداران مختلف نقش بازی می کند. این جایگاه های ژنی با توجه به نقش آنها در تولید مثل می توانند به عنوان مارکرهای احتمالی برای صفات تولید مثلی در حیوانات اهلی به حساب آیند. هدف از این مطالعه شناسایی چند شکلی های موجود در ژن های fshr، inh? و inh?a و تعیین فراوانی های آللی و ژنوتیپی و نیز بررسی ارتباط آن ها با برخی صفات تولید مثلی در گاو نژاد هلشتاین بود.در این تحقیق از روش ژنوتایپینگ انتخابی برای مطالعه ارتباط سه ژن کاندیدا (fshr، inh?، inh?a) با صفات تولید مثلی استفاده شد. انتخاب حیوانات بر مبنای ارزش های باقی مانده صفت روزهای باز با استفاده از مدل آماری مناسب انجام شد. 200 گاو، متشکل از 100 گاو با تعداد روزهای باز پایین تر از میانه و 100 گاو با تعداد روزهای باز بالاتر ار میانه انتخاب شدند. استخراج dna از نمونه های خون به روش نمکی بهینه یافته و از واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) برای تکثیر قطعات 970 و 248 و 177 جفت بازی به ترتیب برای ناحیه پروموتور ژن fshr و جایگاه نشانگری در ژن های inh? و inh?a با استفاده از آغازگرهای اختصاصی انجام شد. به منظور تعیین ژنوتیپ حیوانات مورد مطالعه از دو روش اس اس سی پی و آر اف ال پی استفاده شد. شناسایی فرم های مختلف آللی در ژن fshr با استفاده از آنزیم taqi و الکتروفورز محصولات هضم آنزیمی روی ژل آگارز انجام شد و 194 حیوان برای این جایگاه تعیین ژنوتیپ شدند. سه ژنوتیپ tt، at و aa با فراوانی های هر یک به ترتیب 96/48، 98/32، 04/18 درصد و فراوانی هر یک از آلل های a,t به ترتیب برابر با 46/65، 53/34 درصد برآورد شد. هر دو جایگاه نشانگری در ژن های inh? و inh?a دارای ژنوتیپ یک شکل بودند. ارتباط بین صفات تولید مثلی و جایگاه های مورد مطالعه با استفاده از آزمون دقیق فیشر، آزمون روند کوکران-آرمیتاژ، تابعیت خطی و تابعیت لجستیک انجام گرفت. نتیجه آزمون‏های دقیق فیشر و روند کوکران- آرمیتاژ نشان داد که بین وزن تولد و جایگاه نشانگر در ژن fshr ارتباط معنی دار وجو دارد (05/0p<).

هدف از پژوهش حاضر بررسی چند شکلی های موجود در ژن هورمون رشد فیل ماهی و قره برون با استفاده از تکنیک pcr-sscp و همچنین ارزیابی ارتباط این چند شکلی ها با صفات مرتبط به رشد ماهی (فاکتور وضعیت، طول و وزن بدن) بوده است. در این تحقیق تعداد 150 قطعه فیل ماهی (120 قطعه نمونه یک ساله و 30 قطعه نمونه دو ساله) و 95 قطعه قره برون (55 قطعه نمونه 8 ساله و 40 قطعه نمونه 5/6 ساله) به طور تصادفی انتخاب شده و نمونه های مورد نیاز برای استخراج dna از باله دمی جداسازی شدند. پس از استخراج dna به روش نمکی بهینه یافته، یک قطعه 380 جفت بازی از ناحیه اگزون 4، اینترون 4 و اگزون 5 ژن مورد نظر تکثیر شد. تعیین ژنوتیپ افراد به روش sscp سه الگوی باندی مختلف a, b, c را در نمونه های فیل-ماهی برای جایگاه مورد نظر به ترتیب با فراوانی های 40، 54 و 6 درصد برای نمونه های یک ساله و ژنوتیپ های a، b وc به ترتیب با فراوانی های 35، 60 و 5 درصد برای نمونه های دو ساله مشاهده شد. در نمونه های قره برون سه الگوی باندی مختلف f,g, h به ترتیب با فراوانی های 48، 24، 28 درصد برای نمونه های 5/6 ساله و ژنوتیپ های f، g وh به ترتیب با فراوانی های 44، 27 و 29 درصد برای نمونه های 8 ساله مشاهده شدند. در گونه فیل ماهی ژنوتیپ b دارای بیشترین فراوانی و در گونه قره برون ژنوتیپ f دارای بیشترین فراوانی ژنوتیپی بود. تجزیه و تحلیل نشانگر- صفت با استفاده از نرم افزار آماری sas ارتباط معنی دار آماری (p<0.05) را بین الگوهای باندی و صفت طول در گونه قره برون نشان داد به طوری که افراد با ژنوتیپ f دارای کمترین طول بدن بودند. در گونه فیل ماهی هیچ ارتباط معنی دار آماری بین الگوهای باندی مشاهده شده و صفات مورد مطالعه مشاهده نشد. نتایج پژوهش حاضر نشان می دهد که ژن هورمون رشد به عنوان یک ژن کاندید احتمالی برای صفات رشد در جمعیت ماهیان خاویاری باید بیشتر مورد مطالعه قرار گیرد.

سرعت و استقامت از جمله صفات اقتصادی بسیار مهم در اسبان مسابقه ای می باشند که تا حد زیادی تحت تاثیر شکل، اندازه و نوع بافت ماهیچه اسکلتی قرار می گیرند. میوستاتین یا gdf-8 عضو فاکتور رشد خانواده بتا است که به نظر می رسد با اثر تنیظیمی منفی هم بر تکثیر و هم تمایز میوبلاست، مانع از رشد ماهیچه می شود. تنگی نفس هم در اسب، حاصل تداخل بین فاکتورهای محیطی و ژنتیکی است که یک بیماری متداول تنفسی در صنعت پرورش اسب به حساب می آید. در مطالعات متعددی نشان داده شد که گیرنده ژن اینترلوکین 4 با این بیماری در ارتباط است. برای شناسایی چند شکلی ژن میوستاتین و گیرنده اینترلوکین 4، از تعداد 300 راس اسب نژاد کاسپین و ترکمن (150 راس از هر نژاد) خون گیری به عمل آمد و استخراج dna به روش نمکی بهینه یافته انجام گرفت.