پایه ریزی استراتژی های مناسب مدیریتی حفاظت از ذخیره گاه های ژنتیکی و همچنین بهره برداری صحیح از درختان نیازمند درک الگوی جغرافیایی تنوع ژنتیکی جوامع طبیعی آنهاست. در این مطالعه، با استفاده از نشانگرهای ریخت شناختی، و نشانگرهای مولکولی issr و irap تنوع ژنتیکی درون و بین جمعیتی 125، 150 و 109 ژنوتیپ برگرفته از به ترتیب 16، 18 و 15 جامعه طبیعی برودار (quercus brantii)، مازودار (q. infectoria)، و وی ول (q. libani) بخش شمالی جنگل های زاگرس (شهرستان های مریوان و بانه) مورد بررسی قرار گرفت. تجزیۀ واریانس چندمتغیره صفات ریخت شناختی نشان داد که علاوه بر وجود تفاوت معنی دار درون جمعیتی، جمعیت ها از لحاظ این صفات نیز از تفاوت ژنتیکی معنی داری با هم برخوردار بودند. در هر سه گونه مورد مطالعه، صفات ریختاری طول پهنک در تبیین مولفه های اصلی و ایجاد واریانس بیشترین نقش را داشتند، به طوریکه در برودار 58/1%، در مازودار 55/1% و در وی ول 69/2% واریانس کل ناشی از این دو مشخصه بود. تجزیه واریانس مولکولی (amova) با استفاده از genalex و تجزیه خوشه ای upgma نشان داد که در هر سه گونه مورد مطالعه تنوع ژنتیکی بین پایه های درون جمعیت ها، بیشتر از تنوع بین جمعیت هاست، به طوریکه ضریب تمایز بین جمعیتی (gst) به دست آمده از نشانگر issr 8/61% از تنوع ژنتیکی کل برودار را به تنوع بین پایه های درون جمعیت ها و 38/2% آن را به تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها نسبت داد؛ به طور مشابه در مازودار 61/8% و 38/2% و در وی ول 57/5% و 42/4% تنوع ژنتیکی کل به تنوع ژنتیکی درون جمعیتی و بین جمعیتی تفکیک شد. همچنین، این ضریب در نشانگر irap آشکار ساخت که از تنوع ژنتیکی کل برودار، مازودار و وی ول به ترتیب 59/1%، 59/1%، و 65/7% مربوط به تنوع بین پایه های درون جمعیت هاست. بر اساس شاخص تنوع ژنتیکی نی، در برودار، مازودار و وی ول به ترتیب جوامع دست¬خورده گمارلنگ، دست خورده گمارلنگ، و دست خورده تاژان در مقایسه با سایر جوامع از تنوع ژنتیکی درون جمعیتی بیشتری برخوردارند. دندروگرام های upgma حاصل از هر یک از نشانگرها با هم مقایسه و آزمون ماتریکس مانتل برای بررسی همخوانی آنها استفاده شد. دندروگرام های بدست آمده از نشانگرهای issr، irap و ریخت شناختی در گونه های مورد مطالعه نشان داد که دسته¬بندی مبتنی بر داده های نشانگری جمعیت ها از همخوانی ضعیفی با فواصل جغرافیایی و دوری و نزدیکی آنها برخوردار است. با این وجود، دسته بندی ژنوتیپی حاصل از تجزیه به مختصات اصلی (pcoa)، دندروگرام های بدست آمده از نشانگرها را در هر سه گونه تأیید کرد. علاوه بر این، تجزیۀ خوشه ای داده های مولکولی و ریختاری بر اساس ضریب تشابه ژاکارد، گونه های مورد مطالعه را به خوبی از هم تفکیک کرد. این مطالعه نشان داد که بهره گیری از نشانگرهای ریخت شناختی در کنار استفاده از نشانگرهای مولکولی می تواند به مطالعۀ بهتر تنوع ژنتیکی وابسته به مکان بلوط ها، حفاظت از تنوع ژنتیکی، و شناسایی منشاء جغرافیایی گونه ها و ژنوتیپ های آنها کمک کند.