هدف از این پزوهش، ارزیابی تنوع و تفاوت های ژنتیکی موجود در جمعیت های گنجشک خانگی واقع در شهرستان های بهبهان و سنندج بود. استفاده از نشانگر های بین ریزماهواره ای در ارزیابی تنوع و تفاوت ژنتیکی جمعیت گنجشک خانگی، برای اولین بار در این تحقیق مورد بررسی قرار گرفت. از 89 قطعه گنجشک خانگی در 6 زیر جمعیت در این دو شهرستان نمونه های خون گرفته شد، در این نمونه ها 13 صفت ریختی به همراه صفات کیفی ظاهری اندازه گیری شدند. استخراج dna به روش استخراج نمکی انجام گرفت. شش آغازگر طراحی گردید که چهار آغازگرp1: (ag)9c, p2:(ga)9c, p3(tg)9a, p4:(tg)9c به دلیل تعداد باند و چند شکلی بیشتر برای اجرای این تحقیق انتخاب شدند. آغازگر های مورد استفاده در مجموع 116 باند تولید کردند که 115 باند (52/90 %) پلی مورف بودند. دندروگرام روابط ژنتیکی بین جمعیت ها با استفاده از اطلاعات حاصل و به روش upgma ترسیم گردید. بررسی تنوع ژنتیکی در بین جمعیت های گنجشک خانگی نشان داد که تنوع کل موجود در جمعیت (ht) 29/0 بود که 27/0 مربوط به تنوع درون جمعیت ها و 02/0 مربوط به تنوع بین جمعیت ها بود. ضریب تمایز ژنتیکی 042/ بود که نشان می دهد سهم تنوع بین جمعیت ها از تنوع کل بسیار کمتر است. بررسی فاصله ژنتیکی بین جمعیت ها به دو روش استاندارد نئی (1972) و روش نا اریب نئی (1978) نشان داد که کمترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت کانی مشکان و سد وحدت، هر دو در شهرستان سنندج و بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت سد وحدت (سنندج) و تشان (بهبهان) وجود دارد. دندروگرام بدست آمده جمعیت شهرستان سنندج را در یک گروه و جمعیت شهرستان بهبهان را در گروه دیگر قرار داد، در گروه سنندج نیز جمعیت سد وحدت و کانی مشکان با هم در یک شاخه مجزا از جمعیت دوشان قرار گرفتند، در گروه بهبهان نیز جمعیت اسدآباد و سلمان فارسی در یک گروه مجزا از جمعیت تشان قرار گرفتند. نتایج آنالیز داده های کمی و کیفی ریخت سنجی نیز نشان داد که صفات کیفی ریخت-سنجی نمی توانند به عنوان شاخص مناسب برای بررسی تفاوت های این جمعیت ها مورد توجه قرار گیرند، از بین صفات ریخت سنجی مورد بررسی نیز 6 صفت وزن، طول انگشت میانی پا، اندازه شکاف دهانی، طول بازو، ارتفاع نوک و اندازه نیم نوک بالا تفاوت معنی داری بین دو جمعیت داشتند. در کل تفاوت ژنتیکی معنی داری بین جمعیت های دو شهرستان سنندج و بهبهان علی رغم فاصله 577 کیلومتری هوایی مشاهده نشد.