سیاست های حمایتی در بخش کشاورزی از اهمیت و جایگاهی راهبردی در فرآیند سیاست گذاری توسعه ی کشاورزی کشور های توسعه یافته برخوردار هستند. یکی از مهمترین سیاست های حمایتی، یارانه به نهاده های تولیدی است. یارانه یکی از ابزارهای مهم اقتصادی است که دولت به وسیله آن در بازار دخالت می کند و با تغییر در قیمت های نسبی استفاده از نهاده ها را در تولید محصولات کشاورزی تحت تاثیر قرار می دهد. گندم و پنبه از جمله محصولات مهم و استراتژیک کشور می باشند. گندم به عنوان محصولی که بیشترین سطح زیر کشت غلات و پنبه به عنوان ماده اولیه مورد نیاز صنایع نساجی از اهمیت خاصی برخوردار می-باشند. کود شیمیایی و آب از جمله نهاده هایی هستند که در تولید محصولات کشاورزی نقش موثری دارند و اتخاذ سیاست های یارانه ای مربوط به این نهاده ها تولید محصولات مختلف از جمله گندم و پنبه را نیز تحت الشعاع قرار می دهد. در سال های اخیر دولت بنابر توصیه بانک جهانی، سیاست آزادسازی قیمت نهاده ها و کاهش یارانه های تولیدی را جهت افزایش بهره وری نهاده های کشاورزی، در پیش گرفته است. این مطالعه نیز با هدف بررسی آثار تغییر سیاست یارانه ای نهاده های کود و آب در تولید محصولات گندم و پنبه آبی انجام پذیرفته است. بدین منظور از تئوری دوگان و با بهره گیری از رهیافت داده های تابلویی حاصل از تلفیق اطلاعات مقطعی 11 استان برای محصول پنبه آبی و 24 استان برای محصول گندم آبی طی سال های 1387-1366 استفاده شده است. در این مطالعه ابتدا تابع تولید گندم و پنبه آبی تخمین زده شد و پس از محاسبه کشش های تولیدی نهاده ها، با تخمین همزمان تابع هزینه و معادلات سهم هزینه به روش sure، با محاسبه کشش های تقاضا که از طریق تابع تقاضای مستخرج از تابع هزینه انجام گرفته است، حساسیت کشاورزان نسبت به تغییرات قیمت نهاده ها مشخص گردید. نتایج حاکی از کم کشش بودن تقاضای نهاده های آب و کود شیمیایی نسبت به تغییرات قیمت آنها در تولید پنبه آبی است. همچنین نتایج نشان از کم کشش بودن تقاضای نهاده آب نسبت به تغییر قیمت آن و کشش پذیر بودن تقاضای نهاده کود شیمیایی نسبت به تغییر قیمت آن در تولید گندم آبی می باشد. نتایج حاصل از آثار تغییر سیاست های یارانه ای نهاده های کود و آب در تولید محصولات گندم و پنبه آبی نشان داد که کاهش مصرف این نهاده ها که در نتیجه افزایش قیمت آنها از طریق حذف یارانه صورت می گیرد، باعث کاهش تولید گندم آبی به میزان 75/3 درصد به ازای 50 درصد افزایش قیمت نهاده آب و کاهش تولید گندم آبی به میزان 42 درصد به ازای 50 درصد افزایش قیمت نهاده کود شیمیایی می گردد. در تولید محصول پنبه آبی به ازای دو برابر افزایش قیمت نهاده کود، میزان تولید به اندازه 16 درصد افزایش می یابد که نشان می دهد تولید پنبه آبی نسبت به قیمت نهاده کود کم کشش است یعنی تغییرات قیمت این نهاده که منجر به تغییر مصرف این نهاده می شود، تاثیر چندانی در تولید پنبه آبی نداشته است. کاهش مصرف نهاده آب، تولید پنبه آبی را تحت تاثیر قرار داده به گونه ای که با افزایش دو برابری قیمت این نهاده میزان تولید 6/18 درصد کاهش می یابد. با توجه به نتایج تحقیق و استفاده اقتصادی از نهاده آب در تولید دو محصول گندم و پنبه آبی، توصیه می شود سیاست های قیمتی نهاده آب در تولید این دو محصول با تامل بیشتری صورت پذیرد. از آنجائیکه در تولید محصول پنبه آبی نهاده کود شیمیایی بیش از حد بهینه مورد استفاده قرار می گیرد، حذف تدریجی یارانه این نهاده باعث افزایش قیمت، کاهش میزان کود مصرفی و استفاده اقتصادی از این نهاده در تولید محصول پنبه آبی می شود.