با توجه به گسترش روز افزون کاربرد داروهای پروتئینی و پپتیدی، سیستم های دارورسانی جدید کاملا ضروری به نظر می رسند تا بتوانند ترکیب دارویی را به صورت هدفمند به بافت یا سلول مورد نظر رسانده و از عوارض جانبی جلوگیری کنند. در سالهای اخیر تحقیقات زیادی بر روی نانومتریالهای مختلف مخصوصا نانولوله های کربنی به خاطر ویژگیهای فیزیکی و شیمیایی منحصر به فرد آنها جهت استفاده از این نانومواد به عنوان سیستم های رسانش عوامل درمانی به سلولها انجام گرفته است. در این تحقیق ما در طی 3 بخش بر همکنش نانولوله های کربنی با مولکولهای زیستی را با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار دادیم. ابتدا تاثیرات دو کمک حلال تری فلوئورو اتانول به عنوان حفظ کننده ساختار پروتئین و گوانیدینیوم کلراید به عنوان دناتوره کننده ساختار پروتئین را بر روی هیدراسیون نانولوله و در بخش دوم برهمکنش بین سطح داخلی نانولوله کربنی و پپتید ماستوپاران را مورد بررسی قرار داده و در نهایت بر همکنش بین نانولوله کربنی و دولایه لیپیدی پالمیتوئیل الئویل فسفاتیدیل کولین تحت مطالعه قرار گرفت. نتایج ما حاکی از آن است که کمک حلال تری فلوئورواتانول به طور غیر مستقیم باعث فراهم شدن محیط هیدروفوبیک مناسبی درون نانولوله جهت حفظ ساختار پپتید می گردد. نتایج حاصل از بخش دوم نشان دادند که نانولوله های کربنی می توانند هم از طریق افزایش طول عمر پیوندهای هیدروژنی چارچوب پپتید و هم از طریق نیروهای هیدروفوبی باعث حفظ ساختار پپتید گردند ودر بخش سوم ما یافتیم که نانولوله های کربنی قادر به ورود خودبخودی به درون غشای سلولی بدون اثر مخرب بر روی آن می باشند. در نتیجه ما پیشنهاد می کنیم که نانولوله های کربنی دارای توانایی بالایی جهت استفاده از آنها به عنوان سیستم های دارو رسانی می باشند.