اگر چه استاد مطهری پردازش نو داشته اند، اما در مجموع نمی توان گفت که ایشان تأسیس نوی داشته و یا مبنای تازه ای آورده است، ولی همانطور که در مباحث فصول ارائه شده اشاره کرده ایم نگاه های نقادانه ای هم به نظرات بعضی از بزرگان از جمله مرحوم ملاصدرا داشته است. یعنی با این که استاد مطهری از پیروان صدیق ملاصدرا بود و در نظام فلسفی او گام نهاده بود و از مشرب حکمت متعالیه جرعه می نوشید، ولی در عین حال خودشان هم صاحب آرایی بودند و حق خود می دانستند که در آراء او انتقاد به عمل بیاورند، اما این انتقادات هرگز مبانی اصلی آن فلسفه را متزلزل نمی کرد و مبانی جدیدی را بنیان نمی نهاد. استاد مطهری گر چه به لحاظ هدف، متکلم است، اما به لحاظ روش و مشرب به طریق رایج اهل کلام نرفته است، یعنی استاد با دغدغه های منطقی به برهان روی می آورد و سعی دارد با ابزارهای تحلیلی منطقی به دفاع از اندیشه های دینی بپردازد، و بر اساس چنین مبنایی در تحلیل مسایل کلامی به رهیافت فلسفی روی می آورد که البته این امر در همه مسایل صدق نمی کند. مثل رهیافت ایشان در تحلیل مسأله کثرت گرایی دینی آن هم در مسئل? حقانیت، نه در عرص? نجات یا تسامح و تساهل اجتماعی (تلورانس) که تقریباً رهیافت درون دینی می باشد. یعنی می توان گفت در بعضی از موارد روش ایشان تلفیقی از عقل و نقل بوده است. استاد در زمینه تأثیر قرآن بر کلام و فلسفه معتقد است: مشرب کلامی احیاناً در مواردی مانعی فرا راه معارف قرآن بوده، اما به مرور زمان فلسفه اسلامی، کلام را تسلیم خود ساخته است. با وجود این، به تناسب گذشت زمان فلسفه اسلامی هر چه بیشتر تحت تأثیر معارف قرآن قرار گرفته و در نهایت تسلیم آن شده است. به نظر استاد مطهری طرح و تجزیه و تحلیل مسائل الهیات در روایات توسط ائمه? به ویژه نهج البلاغه سبب شد که عقل شیعی، شکل فلسفی به خود بگیرد و این راهی است که قرآن به مسلمانان ارائه کرده است و ائمه به عنوان برترین مفسران قرآن به تفسیر حقایق قرآنی پرداخته اند. مایه های اصلی و سرچشمه های اوّلیه عرفان اسلامی از دیدگاه استاد مطهری، اسلام و فرهنگ اسلامی است، که در تفسیر عالم وجود و هستی شناسی های اسلامی متجلی شده است و عارفان برای آن ها ضوابط و اصول کشف کرده اند و به تدریج در فرهنگ اسلامی رشد و تکامل یافته است. اگر چه در تفسیر و کشف اصول و توسعه عرفان نظری و عملی، تحت تأثیر جریانات خارج به ویژه اندیشه های کلامی، فلسفی بالاخص اندیشه های فلسفی اشراقی قرار گرفته اند و اگر چه که عملکرد عارفان و کارکرد عرفان و تصوف نقدپذیر است.