تنوع زیستی یکی از عوامل مهم برای اصلاح گران حیوانات اهلی جهت حفظ این ذخایر ژنتیکی محسوب می شود. استفاده از نشانگرهای مولکولی در سالهای اخیر جهت تعیین تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و حیوانات حفاظت شده کاربرد گسترده ای یافته است. در این تحقیق به بررسی ساختارژنتیکی، تنوع ژنتیکی، رابطه فیلوژنتیکی و خطوط پدری جمعیت سگ های بومی ایران، با استفاده از 13 جفت نشانگر ریزماهواره ای اتوزومی (c26.73320، cxx.6727,10,18، fh20609,20، fh20169,20، fh2790، fh2795، fh2914، fh3053، ren59h07، ren87o21، ren126a15، ren144m10، ren86g15) و 4 نشانگر مختص کروموزوم y (650-79.3 ،650-79.4 ، sry، af192268) پرداخته شد. از این جمعیت ها 97 نمونه خون و بافت بدست آمده و استخراج dna آنها از خون به روش استخراج نمکی و از بافت نیز با استفاده از روش تغییر یافته هضم آنزیمی صورت گرفت. نتایج بدست آمده حاکی از آن است که جایگاه fh20609,20 در جمعیت سرابی، جایگاه های fh3053 و fh2914 در جمعیت بومی کردستان، جایگاه های fh3053 و c26.73320 در جمعیت بومی خراسان، جایگاه های fh3053 و fh20609,20 در جمعیت تازی، جایگاه fh2790 در جمعیت بومی، البرز جایگاه های fh3053 و cxx.6727,10,18 در جمعیت کردی، جایگاه های ren86g15، ren144m10 و ren59h07 و جایگاه fh3053 در جمعیت بختیاری در تعادل بودند، بقیه جایگاه های مطالعه شده در جمعیت ها انحراف معنی داری از تعادل هاردی -واینبرگ را نشان دادند .(p<0. 05) جایگاه fh20609,20 با 9 آلل و جایگاه fh3053 با 4 آلل به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد آلل را نشان دادند که به دنبال آن جایگاه های فوق با 93/5 و 44/2 به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد آلل موثر را داشتند. مطالعه شاخص شانون و معیار pic (محتوای چند شکلی) نیز نشان داد که جایگاه fh3053 دارای کمترین تنوع و جایگاه fh20609,20 دارای بیشترین تنوع در بین جایگاههای مورد مطالعه می باشد. بیشترین میزان هتروزیگوسیتی در جمعیت کردی (72/0) و کمترین آن در جمعیت سنگسری (53/0) مشاهده شد. هم چنین بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های بومی البرز و تازی و کمترین آن بین جمعیت های سرابی و بختیاری مشاهده شد. برای مطالعه انتساب افراد به جمعیت های مربوطه از 8 روش متفاوت استفاده شد. در بین روشهای مبتنی بر درست نمایی روش بیزی بوراندر و لبرون و در بین روشهای مبتنی بر فاصله ژنتیکی روش حداقل nei بیشترین صحت را دارا می باشند. آنالیز نشانگرهای مختص کروموزوم y نشان دهنده وجود 8 هاپلوتیپ پدری در جمعیتهای مطالعه شده بود که نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت-هاست و می توان گفت، جمعیت یا جمعیت های پدری محدودی در بوجود آمدن جمعیت های کنونی کشور دخالت نداشته اند و احتمالاً این جمعیت ها از چندین جد متفاوت منشاء گرفته اند. با اینحال در طول تکامل، برخی از هاپلوتیپهای اولیه دستخوش تغییر شده و با فراوانی متفاوت در جمعیتهای کنونی دیده می شود. با توجه به نتایج تحقیق حاضر، جمعیت سگ های بومی ایران از تنوع ژنتیکی کافی برخوردارند و استفاده از این نشانگرهای ژنتیکی می تواند در تکمیل برنامه های حفاظتی بسیار سودمند باشند.