در فلسفه صدرالمتألّهین که برهان و عرفان در هم آمیخته و در رسیدن به حقیقت هماهنگ گشته اند، قرآن کریم از جایگاه برجسته ای برخوردار است. وی در آثار خویش، از جمله «الحکمه المتعالیه فی الأسفار الأربعه العقلیّه»، «أسرار الآیات و أنوار البیّنات»، «مفاتیح الغیب» و دیگر آثار، آیات قرآن را با اهداف و مقاصد گوناگونی به کار برده است. بی شک، در برداشت و فهم وی از آیات قرآن، اندیشه های عرفانی و فلسفی او نقش قابل توجّهی دارند؛ به گونه ای که گاه موجب شده اند که وی معنای دقیق تری را از قرآن برداشت کند و گاه او را از معنا و مقصود قرآن دور کرده اند. یکی از کتاب هایی که ملاّصدرا در آن، از آیات قرآنی استفاده نموده است، کتاب «الشّواهد الربوبیه فی المناهج السلوکیّه» می باشد، که از آخرین آثار وی و مشتمل بر آخرین آراء اوست. وی در این کتاب، مانند بسیاری از دیگر آثارش، به دفعات به آیات قرآن استناد نموده است که با نگاهی گذرا در این کتاب، این امر به روشنی قابل مشاهده است. در پژوهش حاضر، کاربردهای آیات قرآن توسط صدرالمتألّهین در یکی از مشاهد پنجگان? این کتاب، تحت عنوان مشهد سوّم، که به بحث پیرامون نفس می پردازد، مورد نقد و تحلیل قرار گرفته است. بدین منظور، کاربردهای آیات در این مبحث، در چهار قسم دسته بندی شد: آیاتی که وی به تفسیر و نیز تأویل آنها پرداخته است، آیاتی که در اثبات مطالب خود به آنها استدلال نموده است، آیاتی که در تأیید نظرات خود به آنها استشهاد کرده است، و آیاتی که صرفاً به طور ضمنی در طیّ مباحث خود به کار برده است. سه دست? نخست، با تفسیر آنها در تفاسیر عمد? قرآنی مقایسه گردیده است تا روشن شود که آیا به کارگیری این آیات در آن مواضع و استفاده از معنای مورد نظر ملاّصدرا، با تفسیر آنها در این تفاسیر همخوانی دارد یا نه؟ تنها فرضیّه بحث این است که چنین همخوانی وجود دارد. در این پژوهش، برای نخستین بار است که کاربردهای صدرا از آیات قرآن، با تفاسیر قرآنی مقایسه گردیده است، چنین کاری تاکنون بی سابقه بوده است. نتیجه این مقایسه این است که در بسیاری از موارد، چنین همخوانی وجود ندارد و ملاصدرا در این آیات، برداشتی مغایر و متفاوت از دیگران ارائه داده است؛ در این موارد، آراء و پیش فرض های فلسفی او سبب شده اند که فهم او از این آیات با ظواهر آنها مغایر و ناسازگار باشد و به نظر می رسد که وی در این موارد مرتکب تفسیر به رأی شده است. همچنین در برخی از موارد، برداشت او از آیات تنها با تفسیر آنها در برخی از تفاسیر عمده، موافق و سازگار است. و سرانجام در برخی دیگر، نه تنها بین برداشت او از آیات و تفسیر آنها در هم? تفاسیر عمده همخوانی وجود دارد، بلکه در این موارد، وی به کمک آراء و اندیشه های فلسفی خود، توانسته است برداشت واضح و دقیقتری را از این آیات ارائه دهد.