آگاهی از میزان تأثیرات متقابل جریان رودخانه و سطح ایستابی، با توجه به شرایط حاکم بر منطقه می تواند در اعمال مدیریت بهتر بهره برداری از منابع آبی آن کمک شایانی نماید. عمده ترین منبع تأمین آب دشت سیستان، رودخانه سیستان است. این رودخانه شاخه ای منشعب از رودخانه هیرمند می باشد. آورد سالیانه رودخانه سیستان حدود 2600 میلیون متر مکعب در سال می باشد. دشت سیستان منطقه ای خشک و کم آب، با شیب کم و سطح ایستابی بالا می باشد. کشاورزی در بین مردم این خطه سابقه طولانی دارد. مدل ریاضی modflow مدلی رایج در شبیه سازی انواع جریان های ماندگار و انتقالی در آبخوان های آزاد و تحت فشار با در نظر گرفتن فرآیندها و خصوصیاتی نظیر رودخانه ها، زهکش ها، چاه ها، تبخیر و تعرق و تغذیه می باشد. از آنجایی که تاکنون مطالعه علمی مجزایی جهت بررسی میزان تأثیر رودخانه سیستان بر سطح ایستابی منطقه شیب آب انجام نشده است، در این تحقیق با استفاده نرم افزار modflow، تأثیر سناریوهای مختلف سطح جریان رودخانه سیستان بر سطح ایستابی منطقه شیب آب دشت سیستان مورد بررسی قرار گرفت. پس از کالیبراسیون و صحت سنجی مدل modflow، متوسط ضریب هدایت هیدرولیکی محدوده مورد مطالعه m/day 2 محاسبه گردید. مقدار آب دهی ویژه محاسبه شده بین 08/0 تا 2/0 متغیر است. در این تحقیق با تعریف سه سناریوی مختلف، تأثیر تراز های مختلف آب در رودخانه سیستان بر سطح ایستابی منطقه شیب آب شبیه سازی گردید. نتایج شبیه سازی در تراز حداکثر رودخانه سیستان و مخازن چاه نیمه و نیز دریاچه هامون افزایش سطح ایستابی را نشان می دهد. بر اساس نقشه های ترسیم شده با نرم افزار arc gis، 33/34 درصد از اراضی منطقه در عمقی کمتر 1 متر از سطح زمین قرار گرفتند. در شرایط جریان میانگین 08/23 درصد اراضی زیر 1 متر قرار گرفتند و در شرایط خشک بودن رودخانه سیستان تنها 05/7 درصد از اراضی زیر 1 متر قرار گرفت. بنابراین در شرایط سیلابی رودخانه به علت اینکه درصد بالایی از اراضی منطقه ماندابی می شوند، باید برای ذخیره آب مازاد چاره ای اندیشید.