یکی از مهمترین مناطق دریایی جنوب ایران، آبراهه‎ی قشم می باشد. این منطقه به دلیل در برگیری مهمترین بنادر ایران(بندر شهید رجایی و باهنر) در شرق آبراهه و مهمترین زیستگاه آبی کشور(جنگل های مانگرو) در غرب آبراهه وداشتن ظرفیت بالای توسعه سواحل شمالی و جنوبی، دارای اهمیت ویژه اقتصادی، زیست محیطی و استراتژیک می باشد. با توجه به موقعیت ویژه‎ی این منطقه‎ در محدوده‎ی خلیج فارس و نزدیکی به مراکز صنعتی و شهری، احتمال پخش آلودگی در این منطقه از طرق گوناگون وجود دارد. از این رو داشتن مدلی که بتواند در صورت نشت مواد آلاینده به محیط دریاییِ این منطقه، مسیر حرکت آلاینده ها و نحوه پخش آن را پیش بینی نماید امری ضرورری به نظر می رسد. در این تحقیق با استفاده از مدل عددی delft3d و با توجه به اطلاعات میدانی موجود، مدل سازی کمی و کیفی دو بعدی و سه بعدی جهت بررسی شرایط هیدرودینامیک و مدل های دو بعدی با مدت زمان های مختلف جهت بررسی الگوی کیفی از نحوه گسترش آلودگی در منطقه صورت پذیرفته است. داده های میدانی نوسانات سطح آب و مولفه های جزر و مدی در دو مرز باز شرقی و غربی اعمال گردیده است. واسنجی مدل با استفاده از پارامتر زبری بستر و مقایسه نتایج مدل یک ماهه سه بعدی با مقادیر اندازه گیری شده نوسانات سطح آب در مرکز آبراهه صورت پذیرفته است. اعتبار سنجی مدل نیز با مقایسه مقادیر سرعت جریان های بدست آمده از مدل یک ماهه سه بعدی با مقادیر اندازه گیری شده میدانی در سه نقطه در شرق، مرکز و غرب آبراهه انجام گرفته است. آنالیز حساسیت مدل نسبت به باد و موج، تاثیر جزر و مد را به عنوان اصلی ترین عامل ایجاد جریان در منطقه نشان می دهد. جریان های ایجاد شده در شرق و غرب آبراهه دارای اختلاف فاز و انرژی متفاوت و در خلاف جهت یکدیگر می باشند و در مناطق مرکزی با یکدیگر اندرکنش دارند که دشواری پیش بینی وضعیت جریان ها را دشوار نموده است. علی رغم رفتار هارمونیک رفت و برگشتی جریان در آبراهه، بررسی نتایج کمی دبی و سرعت جریان، بیانگر حاکم بودن جریان از سمت شرق به غرب می باشد. نتایج نشان دهنده آن است که آلودگی های وارد شده از مرز شرقی آبراهه(محل اصلی ورود فاضلاب های شهری و صنعتی) تحت شرایط هیدرودینامیکی حاکم، در طول آبراهه به سمت غرب حرکت می کنند و طی مدت زمان سه ماه با خروج از مرز باز غربی به تدریج از غلظت آن ها کاسته می گردد. از سوی دیگر، آلودگی های وارد شده از قسمت غربی آبراهه، بدون گسترش قابل توجهی در نزدیکی مرز باز غربی تجمع می کنند و به تدریج از این مرز خارج می گردند.