رودخانه ها علاوه بر تامین آب مورد نیاز بخش های مختلف، به عنوان یک مجرای طبیعی در انتقال پساب و فاضلاب عمل می کنند. با در نظر گرفتن اینکه اندازه گیری عوامل کیفی آب در رودخانه ها بسیار پر هزینه می باشد، می توان برای کاهش این هزینه ها از مدل سازی آن پارامترها بهره جست. با توجه به اهمیت رودخانه مهابادچای به عنوان منبع اصلی تامین کننده آب شرب بخشی از شهر مهاباد، آب کشاورزی مورد نیاز اراضی تحت پوشش و آب سد مخزنی مهابادچای، همچنین به عنوان یکی از ورودیهای مهم دریاچه ارومیه، مدلسازی کیفی این رودخانه از نظر برخی پارامترهای کیفی دارای اهمیت می باشد. در این تحقیق از مدل کیفی qual2k جهت شبیه سازی پارامترهای کیفی do، ph،bod، nh4، no3، p و alkدر طی یک سال و برای 4 ایستگاه پایش کیفی آب و نرم افزار wqi calculator جهت بررسی وضعیت کیفی آب در دو ایستگاه و برای دو فصل استفاده گردید. نتایج حاصل از نرم افزار بطور کلی نشانگر وضعیت کیفی نسبتا بد آب و نتایج حاصل از مدل برای پارامترهای ph، do و bod و ... رضایت بخش و تطابق خوبی بین داده های مشاهداتی و شبیه سازی شده مشاهده گردید و خصوصا برای پارامتر p به دلیل عدم دسترسی به داده های مورد نیاز بین داده های مشاهداتی و شبیه سازی شده تفاوت وجود دارد. لازم به ذکر است با فرض قرار دادن سرریز پیش از منابع آلاینده بهبود شرایط کیفی رودخانه در پارامتر do خود را نشان می دهد. مدل بطور کلی و تا حدود زیادی گویای شرایط واقعی رودخانه می باشد، که این امر نشان دهنده توانا بودن مدل qual2k در شبیه سازی پارامترهای کیفی است.