آگاهی از میزان تنوع ژنتیکی ذخایر توارثی گونه های گیاهی در برنامه های اصلاحی از اهمیت خاصی برخوردار است. به این منظور تنوع ژنتیکی 101 رقم و لاین گندم نان ) (triticum aestivum l. با استفاده از نشانگرهای issr مورد بررسی قرار گرفت. 23 آغازگر مورد استفاده 267 مکان قابل امتیاز بندی تولید کردند که از این تعداد 225 مکان چندشکل بودند. بیشترین درصد مکان های چند شکل مربوط به آغازگرهای 441،a12 و 820 ubc (100 درصد) و کمترین آن متعلق به آغازگر ubc808(54 درصد) بود. میانگین مقادیر هتروزیگوسیتی مورد انتظار (he)برای آغازگرهای مورد استفاده برابر با 36/0 بود، بیشترین و کمترین مقدار آن به ترتیب برای آغازگر, a12 441 (48/0) و ubc808،a14 و ubc827(26/0) محاسبه شد. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای به روشcomplete linkage مبتنی بر ضرایب فاصله ژنتیکی دایس، ژنوتیپ ها را در چهار گروه اصلی قرار داد. he و شاخص شانون (i)در لاین ها بیشتر از ارقام بود. متوسط میانگین ضرایب تشابه دایس 85/0 بود. با توجه به فاصله ی ژنتیکی دو لاین 151و 121 ،این دو لاین می توانند در برنامه های اصلاحی به عنوان والدین بالقوه جهت ایجاد هیبریدهای برتر بیشتر استفاده شوند. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که تنوع ژنتیکی ارقام و لاین های مورد مطالعه زیاد نبوده و بایستی نسبت به توسعه پایه ژنتیکی ذخایر توارثی گندم اقدام شود.