در سال های اخیر کشت زیره در دنیا برای مصارف خوراکی، دارویی و بهداشتی توسعه یافته است. از مهم ترین عوامل محدود کننده کشت این گیاه آفات و عوامل بیماری زا می باشند که منجر به کاهش عملکرد محصول می شوند. مرگ گیاهچه ناشی از قارچ embellisia verruculosa یکی از این عوامل است. مبارزه بیولوژیک با این بیماری با توجه به مزایایی که نسبت به سایر روش های مبارزه دارد، بهترین شیوه مبارزه است. بذرهای زیره سبز از مناطق مختلف شهرهای تربت جام، تایباد، سبزوار و رحمت آباد مشهد و زابل و بذر زیره سیاه از مشهد، بیرجند، بافت، سیرچ و گدارخانه کرمان جمع آوری شدند. در آزمایشگاه جدایه های قارچی از بذرها جدا سازی گردیدند. میانگین آلودگی بذرهای زیره سبز 2/17 درصد و میانگین آلودگی بذرهای زیره سیاه 4/1 درصد بود و بر این اساس میانگین کل آلودگی بذرها 3/9 درصد بود. فقط جدایه های embellisia verruculosa و alternaria alternata جداسازی شده از زیره سبز مانع از جوانه زنی بذر زیره سبز شدند و بقیه جدایه ها تأثیری در جوانه زنی بذر زیره سبز نداشتند. هیچ یک از جدایه های قارچی جداسازی شده از بذر زیره سیاه مانع از جوانه زنی بذر زیره سیاه و بذر زیره سبز نشدند. هفت گونه قارچی از جمله alternaria alternate روی اندام های هوایی زیره سبز بیماری زا بودند. هیچ یک از جدایه های قارچی جداسازی شده از بذرهای زیره سیاه روی اندام های هوایی زیره سیاه و زیره سبز بیماری زا نبودند. با انجام آزمون بیماری زایی قارچ هایی که از قدرت بیماری زایی بالایی برخوردار بودند شناسایی شدند. جدایه های قارچی و باکتریایی آنتاگونیست از آزمایشگاه بیماری شناسی موسسه گیاهپزشکی کشور و جداسازی شده از ناحیه ریزوسفر بوته های زیره سبز سبزوار تهیه شدند. آنتاگونیست های موثر قارچی و باکتریایی از گونه-های bacillus subtilis، pseudomonas fluorescens، trichoderma harzianum و talaromyces flavus بودند. جدایه های باکتریایی موثر p1، p5، p12، p22، p77، p92، b2، b10، b15، b17، b22، b98 و b100 (جدایه های p از گونه pseudomonas fluorescens و جدایه های b از گونهbacillus subtilis بودند) و جدایه های قارچی موثر tr.2،tr.10 و tf.3 (جدایه های tr از گونه trichoderma harzianum و جدایه های tf از گونه talaromyces flavus بودند) بودند که جهت آزمایش های گلخانه ای انتخاب شدند و در شرایط گلخانه اثرات بازدارندگی این جدایه ها در کنترل قارچ embellisia verruculosa به روش تیمار بذر ارزیابی شد. در نهایت جدایه های آنتاگونیست p22، b2، b22 و tf.3 به ترتیب با 5/97، 90، 90 و 5/87 درصد گیاهچه سالم که در روش تیمار بذر بیماری را کنترل نمودند مشخص شدند و ارزیابی تأثیر آن ها از طریق اندازه گیری وزن تر و وزن خشک گیاهچه مشخص گردید.