اطلاع از سطح تنوع ژنتیکی و روابط ژنوتیپ ها برای تولید ارقام جدید با عملکرد کمی و کیفی بالا و مقاوم به تنش های زیستی و غیر زیستی ضروری است. در این پژوهش، تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی 12 اکوتیپ بومی و دو رقم خارجی بادرنجبویه با استفاده از نشانگرهای رتروترانسپوزونی irap و remap بررسی شد. نمونه برگی از گیاهان جوان کشت شده در مزرعه برای استخراج dna ژنومی برداشت شد. استخراج dna با استفاده از چهار روش مورد استفاده در گیاهان دارویی و زراعی، یک روش تغییر یافته سریع و آسان با قابلیت حذف آلودگی های پروتئینی و پلی ساکاریدی مبتنی بر ctab و دو کیت شامل کیت استخراج dna ژنومی و کیت همسانه سازی انجام شد. نمونه های dna استخراج شده با روش تغییر یافته و کیت استخراج dna ژنومیدارای کیفیت و کمیت بالایی بودند. از هفت آغازگر رتروترانسپوزونی مبتنی بر ltrهای جو و ترکیبات آن ها در تکنیک irap برای تکثیر نواحی ژنومی استفاده شد. از مجموع 28 آغازگر منفرد و جفت، هشت آغازگر تکثیر مناسب و قابل امتیازدهی تولید کردند. در تکنیک remap از ترکیب شش آغازگر issr با هفت آغازگر رتروترانسپوزونی استفاده گردید که 22 از 35 ترکیب ممکن تکثیر نشان دادند. تکثیر تعداد زیاد قطعات ژنومی حاکی از وجود رتروترانسپوزون هایی بانواحی ltr مشابه جو در ژنوم بادرنجبویه است. متوسط میزان اطلاعات چند شکلی برای نشانگرهای irap و remap به ترتیب 27/0 و 28/0 بود. میانگین شاخص نشانگر برای این دو نشانگر برابر با 39/14 و72/11 برآورد شد. مقایسه دو گروه نشانگر بر اساس این معیارها نشان دهنده کارآیی نشانگرهای remap در مقایسه با irap بود. تجزیه واریانس مولکولی با استفاده از داده های irap و remap نشان داد که تنوع درون جمعیتی بیشتر از بین جمعیتی بود. تجزیه خوشه ای بر اساس الگوریتم ها و ضرایب فاصله مختلف با استفاده از داده های irap و remap و ترکیب داده ها، ژنوتیپ ها را به به پنج گروه اصلی منتسب کرد. این گروه بندی تا حدودی با منشاء جغرافیایی آنها مطابقت داشت. تجزیه به بردارهای اصلی به عنوان روش مکمل تجزیه خوشه ای انجام گردید. با استفاده از داده های هر دو نشانگر، دو بردار اول درصد بیشتری از واریانس مولکولی بین ژنوتیپ ها را تببین کردند. گروه بندی جمعیت ها با استفاده از داده های irap و remap و براساس ضریب فاصله نی، آنها را به سه گروه تقسیم کرد.