تعیین سطح تنوع ژنتیکی مجموعه های ژرم پلاسمی و روابط خویشاوندی افراد، گام اول در برنامه های به نژادی گیاهان دارویی است. در این مطالعه روابط خویشاوندی و تنوع ژنتیکی هشت اکوتیپ ایرانی به همراه سه رقم خارجی با استفاده از نشانگرهای رتروترانسپوزونی irap و remap مورد ارزیابی قرار گرفت. در تکنیک irap، 311 نشانگر با استفاده از نه ترکیب هفت آغازگر رتروترانسپوزونی و ترکیبات دوتایی آن ها تولید شد که 298 نشانگر چندشکل بودند (81/95%). متوسط تعداد نشانگر چندشکل ایجاد شده توسط هر ترکیب آغازگری در کل نمونه ها (np) و متوسط تعداد نشانگر برای هر ترکیب آغازگری در واحد فرد به ترتیب برابر 11/33 و 04/4 برآورد شد. متوسط میزان اطلاعات چندشکلی (pic) و شاخص نشانگر (mi) به ترتیب برابر 31/0 و 83/9 بود. در remap، 19 ترکیب آغازگری حاصل از هفت آغازگر رتروترانسپوزونی و نه آغازگر issr، در مجموع 864 نشانگر تولید کرد که 838 نشانگر چندشکل بودند (35/96%). در این سیستم نشانگری، np برابر 10/44 و متوسط تعداد نشانگر برای هر ترکیب آغازگری در واحد فرد 20/5 برآورد شد. متوسط pic و mi به ترتیب برابر 27/0 و 44/11 بود. با استفاده از داده های irap، ضریب فاصله تکاملی p- distance و الگوریتم minimum-evolution ، ژنوتیپ های مورد مطالعه به چهار گروه منتسب شد. در این گروه بندی، ژنوتیپ های ارقام خارجی بجز برخی ژنوتیپ های topas با هم گروه بندی شدند. خوشه بندی با استفاده از داده های remap، الگوریتم neighbor-joining و ضریب فاصله تکاملی jukes-cantor، بهترین الگوی گروه بندی را ارایه کرد که مطابق با شرایط اکولوژیکی محل های جمع آوری ژنوتیپ ها بود. در دندروگرام حاصل، ژنوتیپ ها به سه گروه منتسب شدند. گروه اول و دوم شامل افراد اکوتیپ های ایرانی بود و تمام ژنوتیپ های ارقام خارجی با هم گروه بندی شدند. برای تعیین روابط بین جمعیت ها براساس داده های irap، remap و ترکیب آن ها، از ضریب فاصله نی و الگوریتم neighbor-joining استفاده شد. مقایسه نتایج حاصل نشان داد که گروه بندی بر اساس داده های remap متناسب با منشاء و شرایط اکولوژیکی مناطق جمع آوری جمعیت ها بود.