این مطالعه به منظور تعیین ساختارهای مولکولی پروتئین و کربوهیدرات انواع غلات (جو، ذرت و سورگوم) با استفاده از روش طیف سنجی مولکولی ft/ir و ارتباط آنها با فراسنجه های متابولیکی پروتئین تخمین زده شده در تغذیه گاوهای شیرده با استفاده از مدلهای dve/oeb و nrc انجام شد. غلات استفاده شده در این مطالعه شامل: 6 رقم جو: (رقم های سرد، معتدل و خشک)، 4 رقم ذرت: (دیررس و زودرس) و 4 رقم سورگوم: (قدیم و جدید) بود. گروه های عاملی مولکول پروتئین و کربوهیدرات مطالعه شده شامل: 1- سطح و ارتفاع پیک جذب پروتئین آمید1، 2- آمید 2، 3-آلفا هلیکس، 4- صفحات بتا، 5- پیک جذب 860 (کربو هیدرات غیر ساختاری)، 6- پیک جذب 928، 7- کربوهیدرات کل با سه پیک اصلی، 8- ترکیبات سلولزی و نسبتهای مختلف گروهای عاملی بود. نتایج به دست آمده نشان داد که ساختار مولکولی پروتئین و کربوهیدرات بین غلات و ارقام درون غلات تفاوت معنی داری داشت. جو بیشترین میزان سطح و ارتفاع آمید1، آمید 2، آلفا هلیکس، صفحات بتا، نسبت آنها و ساختار مولکولی کربوهیدرات به لحاظ کربوهیدراتهای ساختاری و غیر ساختاری را داشت. ارقام سردسیر جو، زودرس ذرت و قدیم سورگوم میزان سطح و ارتفاع آمید 1، آمید 2، آلفا هلیکس، صفحات بتا و پیک جذب کربوهیدراتهای ساختاری و غیر ساختاری بیشتری نسبت به ارقام دیگر داشتند. فراسنجه های متابولیکی پروتئین تخمین زده شده به وسیله مدلهای dve/oeb و nrc بین غلات و ارقام درون غلات تفاوت معنی داری داشت. میزان پروتئین قابل متابولیسم و بالانس پروتئین تخمین زده شده به وسیله مدل dve/oeb برای جو، ذرت و سورگوم به ترتیب برابر 97/81، 94/65 و 19/68 گرم در کیلوگرم ماده خشک و 05/24-، 24/26- و 32/10- گرم در کیلوگرم ماده خشک بود. میزان پروتیئن قابل متابولیسم و بالانس پروتئین تخمین زده شده به وسیله مدل nrc برای جو، ذرت و سورگوم به ترتیب برابر 67/70، 26/53 و 82/71 گرم در کیلوگرم ماده خشک و 60/41-، 02/71- و 39/68- گرم در کیلوگرم ماده خشک بود. میزان پروتئین قابل متابولیسم تخمین زده شده به وسیله مد لهای dve/oeb و nrc در ارقام جو سردسیر، زودرس ذرت و قدیم سورگوم بیشتر از ارقام دیگر بود. همبستگی معنی داری بین ساختار مولکولی پروتئین به لحاظ نسبت آمید 1 به 2 و آلفا هلیکس به صفحات بتا با اجزاء پروتئین، بخش های پروتئین، تجزیه پذیری شکمبه ای پروتئین و فراسنجه های متابولیکی پروتئین تخمین زده شده به وسیله مدلهای dve/oeb و nrc وجود داشت. به طور کلی، این نتایج نشان می دهد که غلات و ارقام درون غلات نه تنها به لحاظ ترکیب شیمیایی، بخشهای پروتئین و کربوهیدرات، تجزیه پذیری شکمبه ای پروتئین و کربوهیدرات و فراسنجه های متابولیکی پروتئین تخمین زده شده به وسیله مدلهای dve/oeb و nrc تفاوت معنی داری دارند بلکه به لحاظ ساختار مولکولی پروتئین و کربوهیدرات نیز تفاوت معنی داری دارند. تفاوت در ساختار مولکولی پروتئین و کربوهیدرات می تواند کیفیت پروتئین، مصرف مواد مغذی، قابلیت دسترسی و خصوصیات هضم پروتئین را در نشخوارکنندگان تحت تاثیر قرار دهد. ftir می تواند به عنوان یک روش دقیق و غیر تخریبی برای بررسی ساختار مولکولی ترکیبات شیمیایی خوراک و ارتباط آنها با هضم و قابلیت دسترسی مواد مغذی استفاده شود.