یکی از جنبه های ارزیابی ایمنی زیستی گیاهان تراریخته، بررسی متابولیکی است. در پژوهش حاضر ضمن ارزیابی مولکولی پنبه های تراریخته حاوی ژن های cry1ab و کیتیناز و اطمینان از انتقال ژن در گیاهان مورد بررسی و بیان تراژن، تجزیه های متابولیکی نیز انجام گرفت. در ارزیابی اسیدهای چرب پنبه های bt فقط در یک لاین نسبت به شاهد اختلاف در میزان استئاریک اسید مشاهده شد؛ درحالیکه در پنبه های حاوی ژن کیتیناز مریستیک اسید، لینولئیک اسید، اولئیک اسید و استئاریک اسید در تمام لاین ها با شاهد اختلاف معنی دار نشان دادند. در میان آنیون های اندازه گیری شده نیترات در لاین bt 53/61 و فسفات، سولفات و استات در برخی لاین های کیتیناز نسبت به شاهد اختلاف داشتند. در میزان کاتیون های سدیم و آمونیوم در برخی لاین های bt و کاتیون های سدیم، پتاسیم و منیزیم در برخی لاینهای کیتیناز نسبت به شاهد اختلاف معنی دار مشاهده شد. آنالیز آمینواسیدها حاکی از اختلاف در مقادیر آسپاراژین، آسپاراتیک اسید، گلوتامین، آلفاآمینوبوتیریک اسید، گلایسین، گلوتامیک اسید، سیترولین، تائورین، آلانین و تیروزین در برخی لاین های حاوی ژن cry1ab نسبت به شاهد بود. در گیاهان حاوی ژن کیتیناز فقط لاین 10/11/1 در میزان آمینواسیدهای آسپاراژین، گلوتامین، آرژنین و آلفاآمینوبوتیریک اسید با شاهد اختلاف نشان داد. در مورد قندهای اندازه گیری شده نیز در میزان فروکتوز و گلوکز در برخی لاین های bt و برخی لاین های کیتیناز با شاهد اختلاف مشاهده شد. لاین bt11/29/61 در هیچ کدام از موارد اندازه گیری شده با شاهد اختلاف معنی دار نداشت. در نتیجه این لاین، می تواند به عنوان یک لاین امیدبخش جهت انجام سایر آزمون های ایمنی زیستی مورد استفاده قرار گیرد.