زیتون (olea europaea l.) یکی از گونه های مهم میوه های نیمه گرمسیری است که اهمیت زیادی در کشاورزی و اقتصاد کشور دارد توسعه این صنعت و پیشبرد برنامه های اصلاحی نیازمند شناخت دقیق و صحیح ارقام معرفی شده و ترکیب های جدید ارقام می باشد. از جمله روش های شناسایی و تمایز ارقام زیتون استفاده از نشانگر های مرفولوژیکی است. در این مطالعه از توصیف نامه پیشنهادی شورای بین المللی روغن زیتون (iooc) به همراه ده نشانگر ملکولی ریزه ماهواره (ssr) به منظور تمایز و گروه بندی 57 ژنوتیپ زیتون از شش منشا جغرافیایی، استفاده شد. نتایج آنالیز داده های مرفولوژیکی گروه بندی اولیه بر اساس منشاء جغرافیایی را کاملا تایید کرد و گروه ارقام سوریه و اسپانیا را به یکدیگر مرتبط و ژنوتیپ-های ناشناخته مورد مطالعه را به این دو گروه نزدیک نشان داد. همچنین این نتایج گروه ایران را از سایرین جدا و منحصر به فرد نشان داد. تجزیه داده های ملکولی نیز نتایج داده های مرفولوژیکی را تایید کرد، با این تفاوت که نتایج ملکولی ارقام گروه فرانسه و ایتالیا را متمایزتر از دیگران نشان داد. همچنین نتایج جدول تجزیه واریانس (amova) هر دونوع داده ملکولی و مرفولوژیکی تنوع ژنتیکی درون گروهی بسیار بالایی را در افراد مورد مطالعه نشان داد. تجزیه های توصیفی ملکولی نشان داد که از بین نشانگرهای ریزماهواره مورد استفاده در این مطالعه جایگاه های udo99- 7 و udo99- 27 به ترتیب از بالاترین و کمترین توانایی در تمایز ژنوتیپ های مورد مطالعه برخوردارند. نتایج این مطالعه نشان داد که هر چند از استقرار ارقام مختلف زیتون در منطقه طارم بیش از 7 سال می گذرد و بالطبع اثرات محیطی در بروز صفات مرفولوژیکی بی تاثیر نبوده است، با اینحال صفات معرفی شده بوسیله iooc بویژه بصورت کدبندی کیفی از توانایی بالایی جهت تفکیک و تمایز ارقام زیتون برخوردار است. از آنجائیکه تفکیک-پذیری ارقام بر اساس نشانگرهای ملکولی ssr ریشه در تفاوت های توالی dna و بالطبع کاملاٌ ژنتیکی دارد، از این رو نتایج دقیق تر و با تکرارپذیری بالایی را ارائه نمود. در کل ارقام بومی ایران از ماهیت ژنتیکی خاص و منحصر به فردی برخوردار بوده و می توانند به عنوان منابع ژنتیکی بکر و ارزشمند در پیشبرد برنامه های به نژادی این محصول مهم ایفای نقش نمایند.