فاسیولیازیس، یکی از مهمترین بیماری های انگلی مشترک بین انسان و دام می باشد که به لحاظ مشکلات بهداشتی و خسارت های اقتصادی فراوان در مناطق مختلف دنیا مورد توجه قرار دارد. به لحاظ اهمیت فاسیولیازیس در ایران از نظر پزشکی، دامپزشکی و اقتصادی، مطالعه حاضر در جهت شناسایی مولکولی ایزوله های گاوی و گوسفندی فاسیولا و مقایسه آن با شاخص های مورفومتریک در ایران طراحی شد. در این مطالعه، به منظور جمع آوری انگل های فاسیولا از کبدهای گوسفندان و گاوهای کشتار شده، از کشتارگاه های 6 استان کشور واقع در مناطق مختلف جغرافیایی ایران نمونه گیری به عمل آمد. 21 شاخص و نسبت استاندارد مورفومتریک از انگل های فاسیولا تعیین شده و مورد بررسی قرار گرفتند. شاخص های مورفومتریک 420 انگل فاسیولای بالغ پس از اندازه گیری و محاسبه به نرم افزار spss منتقل و با استفاده از آزمون های one-way anova و t-test تجزیه و تحلیل شدند. در این مطالعه پنج روش مختلف فنل کلروفرم، chelex، ctab، ish-horowicz و کیت جهت استخراج dna از انگل های فاسیولا مورد استفاده، مقایسه و ارزیابی قرار گرفتند. واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) برای تکثیر ناحیه its1, 5.8s rdna, its2 از 180 ایزوله فاسیولا به طول 1000 bp انجام شد. تکنیک pcr-rflp برای تفکیک گونه های فاسیولا با استفاده آنزیمtsp509i در این تحقیق طراحی و استفاده گردید. تعداد 38 نمونه فاسیولا پس از تعیین توالی مورد آنالیزهای فیلوژنی قرار گرفتند. در این مطالعه از مجموع دام های مورد بررسی در 6 کشتارگاه صنعتی کشور، 10/1 درصد آلوده به فاسیولا تشخیص داده شدند به طوری که شیوع فاسیولیازیس گوسفندی 97/0 درصد و فاسیولیازیس گاوی 36/1 درصد به دست آمد. در این تحقیق طول فاسیولا هپاتیکا در مجموع 6 استان ایران برای ایزوله های گوسفندی 41/29 تا 79/42، برای ایزوله های گاوی 44/27 تا 29/40 میلی متر و طول فاسیولا ژیگانتیکا در مجموع 6 استان ایران برای ایزوله های گوسفندی 29/40 تا 71/54 و برای ایزوله های گاوی 76/29 تا 24/52 میلی متر محاسبه شد. بررسی های ژنوتایپی و آنالیزهای فیلوژنیک بر اساس ناحیه its نشان داد که ایزوله های فاسیولای گاوی و گوسفندی تعیین توالی شده، دو شاخه اصلی فاسیولا هپاتیکا و فاسیولا ژیگانتیکا را بر روی درخت فیلوژنی تشکیل می دهند. تمامی ایزوله های فاسیولا هپاتیکای تعیین توالی شده در این بررسی در شاخه ژنوتایپh1 بودند اما ایزوله های فاسیولا ژیگانتیکا در 4 زیرشاخه حاوی ژنوتایپ های g8, g7, g6, g5 قرار گرفتند. روش های مورفومتریک در تشخیص و شناسایی اولیه انگل های فاسیولا می تواند کاربرد داشته باشد اما تفکیک دقیق گونه ها، مطالعه ژنوتایپ ها و بررسی های فیلوژنیک با استفاده از روش های مولکولی میسر است. این مطالعه اولین تحقیق در مورد تعیین ژنوتایپ ها و فیلوژنی ایزوله های فاسیولای ایران و مقایسه ایزوله های مختلف فاسیولا از میزبان ها و استان های مختلف می باشد. از جمله نتایج حاصل از این مطالعه، غالب بودن ژنوتایپ g5 فاسیولا ژیگانتیکا در شمال و ژنوتایپ g7 در جنوب غرب کشور می باشد. همچنین می توان نتیجه گرفت که ژنوتایپ های فاسیولا مختص میزبان و مناطق جغرافیایی خاص نبوده اما احتمالاً در مناطق جغرافیایی خاص، برخی ژنوتایپ های فاسیولا غالب باشند. در مجموع نتایج حاصل از این تحقیق می تواند در مطالعات مربوط به اپیدمیولوژی، تشخیص، درمان، مقاومت دارویی، طراحی واکسن وکنترل و پیشگیری فاسیولیازیس در کشور مفید واقع شود.