اهمیت تولید پروتئین حیوانی از آن جهت است که نقش عمده ای در تغذیه و سلامت انسان دارد و فرآورده های متنوعی از آن حاصل می شود که به لحاظ اقتصادی ارزش افزوده بالایی را ایجاد می کند. گاوداریهای صنعتی در تولید پروتئین حیوانی سهم بسزایی داشته و طرح «هدفمندی یارانه ها» می تواندآثار مثبت و منفی بسیاری بر آن داشته باشد بدین جهت در این پژوهش با استفاده از پرسشنامه داده های مورد نیاز برای دو دوره قبل از اجرای طرح(1388) و پس از شروع اجرای طرح (1390) از 65 گاوداری صنعتی عضو تعاونیهای گاوداری صنعتی شهرستان اصفهان جمع آوری و سپس نسبت به محاسبه شاخص های کارایی با استفاده از روش تحلیل پوششی داده ها (dea) و بهره وری با استفاده از شاخص مالم کوئیست و همچنین شاخص مزیت نسبی با استفاده از ماتریس تحلیل سیاستی (pam)برای هر دو دوره اقدام و تغییرات این شاخص مشخص گردید. نتایج بدست آمده نشان دهنده کاهش کارایی فنی این دامداریها و افزایش کارایی تخصیصی بوده است. همچنین شاخص مزیت نسبی نشان دهنده وجود مزیت نسبی در این فعالیت می باشد و با وجود افزایش قیمت نهاده ها بر اثر اجرای طرح، همچنان این مزیت حفظ شده است. همچنین بررسی تمایل مالکان گاوداری های مورد مطالعه برای ادامه فعالیت در این رشته نشان از کاهش تمایل این افراد دارد. بنابراین پیشنهاد می شود برای بهبود مزیت نسبی و همچنین ایجاد انگیزه برای حفظ سرمایه ها در این فعالیت نسبت به اصلاح قیمت ستانده ها و رفع محدودیت تهیه نهاده ها اقدام گردد.