رودخانه مرزی ارس اکوسیستم¬های منحصربه فرد و پیچیده تالاب¬های ساحلی را هم ازنظر نیاز آبی اکوسیستم و هم ازنظر چرخه مواد پشتیبانی می¬کند. این تالاب¬ها درمجموع مساحتی بیش از 300 هکتار دارند و در مناطقی از رودخانه که سرعت آب کاهش می¬یابد و یا سدی احداث شده است، تشکیل شده اند. در حال حاضر نواحی گسترده ای از اراضی طبیعی و محیط زیست به فلزات سنگین آلوده هستند. این آلودگی ها عمدتاً از فعالیت های انسانی و پساب های کشاورزی، صنعتی و شهری نشأت می گیرد. در مطالعه حاضر رودخانه ارس ازنظر آلودگی مورد پایش قرار گرفت. بر این اساس پارامترهای فیزیکوشیمیایی در جهت تعیین شاخص کیفی جهانی و منطقه ای موردسنجش قرار گرفت. تعیین کیفیت آب بر اساس شاخص های جوامع ماکروبنتیک و همچنین بررسی غلظت فلزات سنگین در فاز آب و رسوب و گیاه انجام گرفت. بر اساس شاخص های مربوط به جوامع ماکروبنتیک آب رودخانه در محدوده متوسط قرار گرفت. رودخانه ارس ازنظر شاخص کیفی آبnsf و شاخص توسعه یافته کیفی آب برای منطقه موردمطالعه در وضعیت متوسط و بد قرار گرفت. همچنین آلودگی رودخانه به فلزات سنگین مس و سرب روی و کادمیوم نتیجه گیری شد. و بهترین عملکرد برای حذف آلودگی فلزات سنگین به روش گیاه پالایی، مربوط به درختچه گز گزارش گردید.