وقوع سیلاب های مخرب در دشت های سیلابی خسارت های فراوانی را به دنبال داشته است بطوریکه لزوم پیش بینی رفتار هیدرولیکی رودخانه ها در برقراری توسعه مناسب این مناطق از اهمیت ویژه ای برخوردار می باشد. سرریز زهک – نیاتک در راستای کاهش خطرات سرریز جریان رودخانه سیستان و همچنین افزایش پتانسیل آبگیری از رودخانه هیرمند به میزان 2200 مترمکعب بر ثانیه در شرایط سیلابی، طراحی و اجرا گردید. گذشت نزدیک به یک دهه از اجرای این سازه و وقوع خشکسالی های طولانی در منطقه از یک سوی و بالا آمدن تراز بستر رودخانه به دلیل رسوبگذار بودن رودخانه از سوی دیگر، باعث تغییر شکل مقاطع و کاهش توان عبور سیلاب رودخانه گردیده است. در این تحقیق به منظور تعیین تأثیر سازه سیل بر زهک-نیاتک برپهنه بندی سیل رودخانه سیستان از نرم افزارhec-rasکه از قابلیت های بسیار خوبی در شبیه سازی رفتار رودخانه و محاسبه پروفیل سطح آب برخوردار است، استفاده گردید. در این راستا ابتدا پلان و مقاطع عرضی رودخانه سیستان با استفاده از نرم افزار hec-georas از محیط gis به مدل hec-ras انتقال داده شد وسپس داده های هندسی سازه های هیدرولیکی مسیر نظیر سیل بر نیاتک و سدهای کهک و زهک به مدل اضافه گردید. پس از انجام مراحل کالیبراسیون، شبیه سازی جریان متغیر تدریجی در شرایط دائمی با استفاده ازروش گام استاندارد انجام پذیرفت. در نهایت به منظور محاسبه پهنه سیلاب در منطقه مورد مطالعه، داده های خروجی مدل hec-ras به hec-georas انتقال داده شد. نتایج نشان می دهد که حداکثر سیلاب لحظه ای رودخانه سیستان برای دوره بازگشت 100 ساله به میزان 18/1677 متر مکعب بر ثانیه می باشد و رودخانه سیستان توان عبور این میزان جریان را ندارد. میزان ماکزیمم جریان عبوری در شرایط وجود و عدم وجود سازه سیل بر زهک نیاتک به ترتیب 1000 و 900 متر مکعب بر ثانیه برآورد گردید و میزان پهنه سیلابی رودخانه در این دو حالت به ترتیب73/478 و92/415 هکتار محاسبه شد. بنابراین نتایج تحقیق نشان می دهد که تلفیق مدل ریاضی hec-ras و سیستم اطلاعات جغرافیایی(gis) ابزاری کارآمد در تعیین سیلاب طراحی سازه های هیدرولیکی در رودخانه سیستان می باشد و سازه سیل بر زهک-نیاتک در افزایش سهم آبگیری رودخانه سیستان از رودخانه هیرمند موثر نمی باشد.