رب گوجه فرنگی به دلیل رطوب بالا مستعد رشد کپک ها می باشد که بقایای آن می تواند به خوبی در رب گوجه فرنگی حضور داشته باشند. مهمترین جنس های کپکی آلوده کننده رب گوجه فرنگی پنی سیلیوم، آسپرژیلوس و رایزوپوس هستند. مهمترین تأثیر آلودگی کپکی در گوجه فرنگی، امکان تولید سموم کپکی یا مایکوتوکسین ها می باشد که سلامت مصرف کننده را به مخاطره می اندازد. استاندارد فعلی ارزیابی آلودگی کپکی رب گوجه فرنگی آزمون شمارش بقایای ریسه های کپک می باشد. در این روش به دلیل مشاهده چشمی کپک ها و ریسه آنها احتمال خطای آزمون کننده وجود دارد و قابلیت تکرارپذیری نتایج آن پایین است. در این تحقیق از روش مولکولی real time pcr جهت شمارش و اندازه گیری کپک ها در رب گوجه فرنگی به دو روش سایبرگرین و تک من پروب استفاده شد