نام پژوهشگر: محمد علی آموزگار

تنوع پروکاریوتهای نمک دوست و تحمل کننده نمک قابل کشت و غیر قابل کشت دریاچه ارومیه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شاهد - دانشکده علوم 1393
  فرشته جوکار کاشی   محمد علی آموزگار

برخی از میکروارگانیسم ها که به عنوان افراطی دوست از آن ها یاد می شود قادر به زندگی در مناطقی هستند که برای اکثر میکروارگانیسم های دیگر مرگ آور است. دریاچه های نمک با شوری در حد اشباع یکی از این محیط ها هستند. توانمندی های زیست فن آوری میکروارگانیسم های محیط های پرشور باعث اهمیت بررسی آن ها شده است. دریاچه ارومیه بزرگترین سطح آبی کشور و یکی از دریاچه های فوق شور در جهان، در شمال غربی ایران است که شبیه دریای پر شورgreat در آمریکاست. در این پژوهش تنوع زیستی پروکاریوت های نمک دوست دریاچه نمک ارومیه با استفاده از روش های کشت، هیبریداسیون فلورسانس در محل، الکتروفورز با گرادیان ماده دناتوره کننده قطعات تکثیر شده 16s rdna و کتابخانه ژنی 16s rdna بررسی شده است. فراوانی سلول ها در دریاچه بوسیله رنگ آمیزی مستقیم با dapi مشخص گردید که این میزان (108×4-106×2/1) سلول در هر میلی لیتر بوده است. فراوانی آرکی و باکتری در این دریاچه به ترتیب 55%–1/36 و 5/55%-5/48 بوده که با استفاده از روش هیبریداسیون فلورسانس در محل با پروب های مخصوص هر قلمرو مشخص گردیده است. تعداد سلول های زنده بدست آمده در کشت (106×6/6-102×4/1) در هر میلی لیتر بود. در مرحله اول نمونه برداری در مهرماه 1389، 323 جدایه از سواحل شرقی دریاچه جداسازی شد که 53 سویه برای مطالعات بیشتر انتخاب شدند که متعلق به 18 جنس و 39 گونه بودند که در سه راسته firmicutes (6/78%)، proteobacteri (4/21%) وactinobacteria (8/1%) قرار گرفتند. در مرحله دوم نمونه برداری در تیرماه 1391 نیز از سواحل شرق و غرب دریاچه نمونه برداری شد که از بین 228 جدایه حاصل، توالی 16s rdna برای 36 سویه منتخب، تکثیر و ترادف یابی شد که از نظر فیلوژنتیک سویه های آرکی در 8 گونه و سه جنس halorubrum (44%)، haloarcula (8/38%) و haloterrigena (1/11%) قرار گرفتند. باکتری های جدا شده هم به دو جنس salicola و pseudomonas تعلق داشتند. در روش غیر وابسته به کشت کلونینگ- تعیین توالی، کتابخانه ژنی آرکی ها متعلق به 5 جنس halonotius، halolamina،haloquadratum ،halomicroarcula و halorhabdus بودند. کتابخانه کلون های باکتریایی نیز در 4 راسته bacteroidetes، cyanobacteria، actinobacteria و firmicutes قرار داشتند. کلون های کتابخانه قطعه ای از ژن bop (به عنوان یک مارکر ملکولی) متعلق به 4 جنس halorubrum، natrialba، haloquadratum و natrinema بودند. برای بررسی بیشتر تنوع زیستی هالوآرکی ها به موزات بررسی 16s rdna، تنوع زیستی ژن bop نیز مطالعه شد. این پژوهش نشان داد که فیلوژنی bop با فیلوژنی16s rdna رابطه تنگاتنگی دارد. در روش الکتروفورز با شیب غلظت 33 باند از ژل(18 باکتری و 15 آرکی) انتخاب، تکثیر و ترادف یابی شده که از نظر فیلوژنتیک سویه های باکتری در 4 جنس salinibacter، mangroviflexus، pseudomonas، cesiribacter و دو راسته proteobacteria و bacteroidetes قرار دارند. سویه های آرکی شامل سه جنس halonotius و haloquadratum ، halorubrum و در راسته euryarchaeota قرار می گیرند. در این پژوهش هم پوشانی در بین نتایج حاصل از روشهای وابسته به کشت و غیر وابسته به کشت کم بود که این امر را می توان به تعداد بسیار کم جدایه های تعیین توالی شده و تفاوت در سه تکنیک به کار رفته نسبت داد.

شناسایی فلور دیاتومه ای تالاب گمیشان
پایان نامه دانشگاه تربیت معلم - تهران - دانشکده علوم 1393
  فرخنده صبا   محمد علی آموزگار

تالاب گمیشان در خرداد و اسفند سال 1392 مورد نمونه برداری قرار گرفت. مطالعه فلور دیاتومه ای تالاب گمیشان با تمیز نمودن نمونه ها و تیمار نمونه ها در جهت اکسیداسیون حداکثری مواد آلی موجود در نمونه ها آغاز شد. در ادامه تهیه لام دائم از نمونه های تمیز شده نیز با استفاده از naphrax و canada balsam انجام شده و شناسایی مورفولوژیک دیاتومه ها با استفاده از میکروسکوپی نوری، فازکنتراست و نومارسکی انجام شد. همچنین مطالعه با میکروسکوپی الکترونی نیز صورت گرفت. بعلاوه، در این مطالعه جداسازی و خالص سازی دیاتومه ها نیز مورد بررسی قرار گرفته و پس از بهینه سازی، تهیه کشت زنده از سلولهای خالص دیاتومه به صورت axenic و xenic و نگهداری بلند مدت آنها در شرایط فوق سرد نیز برای اولین بار در کشور انجام شد. در نهایت، به منظور شناسایی مولکولی بر اساس آنالیز توالی، استخراج ژنوم دیاتومه و تکثیر قطعه 18s rdna دیاتومه ها با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز انجام شد و تعیین توالی صورت گرفت. توالی های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار bioedit و امکانات پایگاه peaktrace online بررسی شده و مطالعات شباهت توالی در پایگاه داده های نوکلئوتیدی در genbank در ncbi انجام شد. با مقایسه داده های مورفولوژیک با کلید های در دسترس و اطلاعات پایگاه algaebase و نظایر آن تعداد 50 تاکسون متعلق به 25 جنس، از تالاب گمیشان شناسایی شدند که 14 مورد از آنها برای اولین بار از ایران گزارش شده است. همچنین، 40 تاکسون تا حد گونه و 10 تاکسون تا حد جنس شناسایی شدند. شایان ذکر است که در این پژوهش دیاتومه هایی متعلق به راسته های achnanthales، bacillariales، cymbellales، naviculales، rhopalodiales، surirellales، thalassiophysales، thalassiosirales، ardissoneales، fragilariales شناسایی شدند. بیشترین تنوع گونه ای در جنس nitzschia با 9 گونه مشاهده شد و پس از آنها جنسهای halamphora با 7 گونه، navicula با 6 گونه، mastogloia با 3 گونه، متنوع ترین جنس های دیاتومه ای گمیشان بودند. همچنین سلولهای زنده متعلق به 13 تاکسون از دیاتومه ها که متعلق به 6 جنس دیاتومه با اسامی:fallacia ، halamphora،navicula ،navicymbula ، nitzschia و staurophora جداسازی، خالص سازی شده و پس از شناسایی در مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران، بانک میکروارگانیسمها در شرایط فوق سرد نگهداری شدند.

غربالگری آنزیم یوریکاز از باکتری های نمک دوست و تحمل کننده ی نمک
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه سمنان - پژوهشکده بیوتکنولوژی 1393
  فاطمه هنربخش   محمد علی آموزگار

این پژوهش با هدف غربالگری آنزیم یوریکاز در مجموعه ای از باکتری های نمک دوست و باکتری های تحمل کننده ی نمک جدا شده از دریاچه و محیط های شور و پر نمک ایران انجام گرفت و ابتدا سنجش کیفی بر روی پلیت حاوی سوبسترای آنزیم یوریکاز؛ اوریک اسید، صورت گرفت و سویه های دارای آنزیم یوریکاز فعال، قادر به تجزیه ی اوریک اسید و تبدیل به ماده ی حلال تر آلانتوئین بوده و بنابراین اطراف کلنی های این سویه های دارای آنزیم، هاله ی شفاف ایجاد شد و این سویه های مثبت در مرحله ی بعد برای مقایسه ی کمی با استفاده از اسپکتروفتومتر -uv مرئی با طول موج nm 293 بررسی شدند. در مقایسه ی کمی، در طول موج nm 293 ؛ طول موجی که حلقه ی پورین اوریک اسید در این طول موج، جذب نشان می دهد،کاهش جذب در nm293 نشان دهنده ی فعالیت آنزیم یوریکاز است. سویه ی با بیشترین فعالیت آنزیم (halobacillus sp. gcfx14 و (halomonas sp. bg6 برای بهینه سازی انتخاب شدند بهینه سازی اثر دما، درصد نمک و ph بررسی شد. دما، ph و میزان نمک بهینه برای halobacillus sp. gcfx14 به ترتیب°c 35، 8 و 2.5% و برای halomonas sp. bg6 به ترتیب °c 35، 8 و 2% بود. برای این سویه ها برای معرفی محیط کشت جدید مناسب جهت تولید آنزیم اثر منابع کربن مختلف، منابع ازت، نمک های مختلف و همچنین درصد اوریک اسید بررسی شده است. برای halobacillus sp. gcfx14 منبع کربن پپتون گوشت 2%، منبع ازت عصاره ی مخمر 0.5% و نمک nacl ، در مورد halomonas sp. bg6 منبع کربن گلوکز 1%، منبع ازت عصاره ی مخمر 0.5% و نمک nacl و برای هر دو باکتری 0.2% اوریک اسید مناسب بود. اثر فاکتورهای دما، ph و درصد نمک بر روی فعالیت آنزیم بررسی شد، آنزیم در دمای °c 40 و ph 8 برای هر دو باکتری بیشترین فعالیت را داشته، آنزیم یوریکاز halomonas sp. bg6 در 0% nacl و آنزیم یوریکاز halobacillus sp. gcfx14 در 1% بیشترین فعالیت را داشته است. فعالیت آنزیم در محیط جدید نسبت به محیط قبلی برای باکتری halomonas sp. bg6 نزدیک به 2.5 برابر و برای باکتری halobacillus sp. gcfx14 نزدیک به 2 برابر افزایش یافته است.

بررسی تنوع زیستی میکروارگانیسم های نمک دوست تولید کننده آنزیم های هیدرولینیک خارج سلولی در دریاچه ارومیه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تهران 1386
  شیرین زهرایی   محمد علی آموزگار

چکیده ندارد.