هرچند دانسته های ما راجع به زیست شناسی سرطان پیشرفت زیادی داشته است، نه انتشار سرطان و نه نرخ مرگ ومیرهای ناشی از آن در 50 سال اخیر تغییری نکرده است. پروتئین کینازc ( pkc ) یکی از خانواده های پروتئین" serine/threonine " است که نقشی مرکزی در سیگنال های هدایتی بازی می کند.پلی فنول کورکومین، جزء اصلی "curcuma longa" یکی از عوامل ضدسرطان و تنظیم کننده " pkc " است.در تحقیق کنونی، شبیه سازی داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی برای درک بهتری از تنظیم کنندگی " pkc " به وسیله کورکومین اجرا شده است. در این اجراها ما از مجموعه برنامه های " auto dock4 " برای داکینگ و " gromacs-4.0.7 " برای دینامیک مولکولی استفاده شده است. دراین تحقیق به نظر می رسد که پیوندهای هیدروژنی میان کورکومین و پروتئین کیناز فاکتور مهمی در برهمکنش های این دو است. شبیه سازی های صورت-گرفته می توانند در بررسی های تجربی برخی سیستم های زیستی به منظور کشف دارو مفید واقع شوند، خصوصاً در مواردی که به دست آوردن ساختار کریستالی کمپلکس پذیرنده و لیگاند دشوار است.

یکی از روش های مفید بررسی عبور حلال ها از نانو کانال ها شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. در این پایان نامه شبیه سازی دینامیک مولکولی عبور حلال های خالص آب، متانول و اتانول از درون نانولوله ی بور نیترید در دو شرایط جداگانه بررسی شده است که این شرایط عبارتند از: ?- بدون اعمال هیچ نیرویی بر مولکول ها ?- اعمال نیرو به صورت فشار یا میدان الکتریکی در نهایت امکان جداسازی مخلوط حلال های آب/ متانول و آب/ اتانول توسط نانولوله ی بورنیتریدی مورد بررسی قرار گرفته است. تمامی شبیه سازی های انجام گرفته توسط نرم افزار namd صورت گرفته است.

امروزه سوخت های پاک از جمله بیودیزل (استرهای مونوآلکیل اسیدهای چرب بلند زنجیر) بطور وسیعی مورد توجه قرار گرفته اند. در این پایان نامه ?- لینولئات متیل استر که یکی از اولین بیودیزل های بکار رفته در صنعت می باشد، مورد مطالعه قرار گرفته است. این مطالعات شامل محاسبات نظریه تابعیت چگالی، شبیه سازی های مونت کارلو و دینامیک مولکولی می باشد. مطالعات نظریه تابعی چگالی شامل بهینه سازی ساختاری و محاسبه انرژی بهینه مولکول منفرد در خلاء بوده و شبیه سازی های مونت کارلو ودینامیک مولکولی شامل مجموعه ای از مولکول ها به منظور شبیه سازی حالت و فاز تعادلی مولکول مورد نظر، می باشد. شبیه سازی های دینامیک مولکولی به دو طریق انجام شدند، به ترتیبی که در روش اول خروجی شبیه سازی مونت کارلو به عنوان ورودی دینامیک مولکولی به کار رفت و در دمای???k و فشار ? بار شبیه سازی دینامیک مولکولی انجام شد. در روش دوم سیستم به حالت گازی در دمای???k با تکنیک آنیلینگ به دمای ???k رسانده شد و در دمای ???k دینامیک مولکولی در مجموعه npt انجام شد. نتایج شبیه سازی به طور گرافیکی و عددی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته و نتایج شبیه سازی مونت کارلو و دینامیک مولکولی باهم مقایسه شده اند و همچنین نتایج شبیه سازی های دینامیک مولکولی گفته شده نیز با هم مقایسه شده اند و مشاهده شد که بهترین نتایج را دینامیک مولکولی در اختیار ما قرار می دهد. در پایان برخی پارامترهای تعادلی ?- لینولئات متیل استر با استفاده از نتایج سه روش فوق محاسبه شد.

در این پایان نامه با استفاده از روشهای نظری تابعی چگالی (dft) و خوشه جفت شده (ccsd(t)) مسیرهای ممکن برای واکنشch4 با rh2+ با چندگانگی اسپینی 2، 4 و 6 مورد بررسی قرار گرفته است. پژوهش های انجام شده، روش های محاسباتی از جمله روشهای به کار رفته در این پژوهش و برخی نکات وابسته به آنها و چگونگی بدست آوردن ساختارهای حالت گذار با استفاده از روشrelaxed surface scan شرح داده شده اند. برای محاسبات بهینه سازی ساختار از مجموعه پایه یdef2-tzvpp و تابعیtpss استفاده شده است. برای بدست آوردن ساختارهای حالت گذار توسط ساختارهای بهینه شده از روشscanrelaxed surface و برای بررسی مرتبه ی پیوند در ساختارهای بهینه شده از روشwiberg استفاده شده است. بر اساس محاسبات انجام شده تطابق مناسبی درمسیر واکنش به روش نظری مورد استفاده در این پژوهش با یافته های تجربی مشاهده شد. به عنوان مثال در هر دو روش، e∆ و g∆ برای تشکیل محصول rh2ch2+ منفی بوده و این نشان می دهد که تشکیل محصول برای این واکنش محتمل است. با توجه به اثرات نسبیتی در فلز سنگین rh و جفت شدگی اسپین-اوربیت و تغییر اسپین از واکنش دهنده تا رسیدن به محصول مورد توجه قرار گرفت و کوچکترین نقطه ی تلاقی منحنی انرژی حالت های اسپینی بدست آمد. در این بررسی ها مشاهده شد که rh2+ با چندگانگی اسپین 6 در واکنش با متان وارد شده اما در ادامه ی مسیر دیده شد که ساختار هایی با چندگانگی اسپین 2 و 4 پایدار تر شده و انتقال اسپینی روی می دهد و در نهایت محصول پایدار براساس پیش بینی روش ccsd(t) چندگانگی اسپین 2 دارد.

در رساله حاضر نانو سیستم هایی بر پای? گرافن و سیلیسن مورد بررسی قرار گرفته اند. نانوسیستم های متشکل از مولکول های آلی پیرن، پیرن سیلیله شده و ساختار آلاییده شده آن با کربن در بین الکترودهای آلومینیوم بصورت نانورشته و نانوسیم به منظور بررسی خواص الکتریکی و الکترونیکی آن ها استفاده شده است. همچنین با استفاده از فرایند یکسوکنندگی آویرام- راتنر با استخلاف دار کردن مولکول پیرن با استفاده از گروه های عاملی الکترون دهنده و الکترون گیرنده در جهت عبور جریان، خواص نانوالکترونیکی شامل نانودیودی و نانوکلیدی سیستم ها مورد بررسی قرار گرفته است. همچنین نانو نوارهای گرافن در پهناهای متفاوت بصورت خالص در بین الکترودهای از جنس گرافن هم پهنا جهت بررسی خاصیت ترابردی شان مورد بررسی قرار گرفته است که از این میان نانو نوار گرافنی با کمترین پهنا مورد بررسی بیشتری قرار گرفته است طوری که با آلاییده کردن اتم های کربن مرکزی ناحیه پراکندگی با سیلسیم و ژرمانیوم خاصیت های مالتی کلیدی و تک کلیدی و همچنین قابلیت کنترل با ولتاژهای بایاس و ولتاژهای گیت مورد بررسی قرار گرفته است.