آنزیم های پکتینولیتیک بواسطه کاربردشان در صنایع مختلف، ازجمله در شفاف سازی و استخراج آبمیوه، تیمار پسآب ها، استخراج روغن های گیاهی، تخمیر چای و قهوه، و نوشیدنی های الکلی، در زمینه بیوتکنولوژیکی از اهمیت ویژه ای برخوردارند. در این تحقیق تولید آنزیم پروتوپکتیناز به روش ناپیوسته با استفاده از سلول¬های باکتری باسیلوس سابتیلیس بر محیط کشت حاوی سویا مورد بررسی قرار گرفته است. در مرحله اول تأثیر تیمار حرارتی (اتوکلاو) بمنظور استخراج مواد مغذی از دانه سویا (در غلظت 40 g/l) و درنتیجه تولید آنزیم ppase بررسی شد؛ اطلاعات بدست آمده حاکی از آن است که در حالتی که اتوکلاو بمدت 45 دقیقه انجام گیرد نسبت به حالت 15 دقیقه، محصول دهی به میزان سه برابر افزایش می یابد. سپس مقایسه آماری انجام گرفته بین محیط کشت حاوی آرد دانه سویا و ایزوله سویا در تولید ppase بیانگر آن است که اختلاف چشمگیری بین دو محیط وجود ندارد. و در نهایت جهت مقایسه و ارائه برآوردی معقول از تخمیر فوق، محیط کشت تولید محصول به روش آماری (ccd) بهینه¬سازی گردید. در بهینه¬سازی ترکیبات محیط کشت، سه منبع مغذی حائز اهمیت یعنی منبع نیتروژنی (ایزوله سویا)، منبع فسفر (k2hpo4 & kh2po4) و منبع کربنی (گلوکز) بعنوان متغیرهای مورد بررسی انتخاب شدند. سطوح بهینه بدست آمد ه برای عوامل فوق عبارتست از: عدم حضور گلوکز، 40 گرم بر لیتر ایزوله سویا و3/0 مول بر لیتر منبع فسفاتی (با نسبت 2.3 k2hpo4 :1 kh2po4)؛ که محیطی با این مشخصات منجر به تولید تقریبی 240u/ml می گردد.