میزان تنوع ژنتیکی به منظور اصلاح گیاهان زراعی و ارتقاء سطح مدیریت منابع ژنتیکی از اهمیت زیادی در برنامه های اصلاحی برخودار است. به منظور مطالعه تنوع ژنتیکی 29 ژنوتیپ مختلف برنج بر اساس صفات گیاهچه ای و آزمایشات مولکولی، آزمایشی در قالب طرح پایه بلوک های کامل تصادفی و به صورت کرت های خرد شده در سه تکرار اجرا شد. فاکتور اصلی محیط شاهد و تنش شوری (8 دسی زیمنس بر متر) و فاکتور فرعی ژنوتیپ ها بودند. صفات مورد ارزیابی شامل وزن خشک ریشه و اندام هوایی، طول ریشه و اندام هوایی، نسبت سدیم به پتاسیم، محتوای کلروفیل، زیست توده و سطح برگ بود. نتایج حاصل از تجزیه واریانس داده ها نشان داد که اختلاف بین ژنوتیپ ها، سطوح شوری و اثر متقابل ژنوتیپ × شوری برای کلیه صفات مورد بررسی معنی دار است. در شرایط شور مقادیر کلیه صفات به غیر از نسبت سدیم به پتاسیم کاهش معنی داری نشان داد. همبستگی منفی و معنی داری بین زیست توده و نسبت سدیم به پتاسیم در شوری 8 دسی زیمنس بر متر وجود داشت. تفاوت بین ژنوتیپ ها از نظر دو شاخص تحمل و تحمل به تنش برای همه صفات معنی دار بود. تجزیه خوشه ای بر اساس صفات گیاهچه ای در شرایط شور، ژنوتیپ های مورد بررسی را در سه گروه (متحمل، نسبتا" متحمل و حساس) قرار داد. این گروه بندی با نتایج حاصل از امتیاز دهی ژنوتیپ ها بر اساس میانگین موازنه شده صفات مورد بررسی منطبق بود. به منظور بررسی تنوع مولکولی، dna از برگ های جوان با روش ctab استخراج گردید و سپس با 30 جفت آغازگر ریزماهواره ای تکثیر شد. نتایج حاکی از وجود 106 آلل چند شکل در ژنوتیپ های مورد مطالعه بود که بیشترین آلل در جایگاه rm7426 و کمترین تعداد آلل در جایگاه rm340 مشاهده شد. میانگین تعداد آلل های مشاهده شده در کل ارقام 53/3 بود. کمترین ارزش pic (محتوای اطلاعاتی چند شکل) برای آغازگر های rm445، rm466، rm3345، rm7424 و بیشترین مقدار pic برای آغازگر های rm7426، rm1337، rm478 و rm5430 مشاهده گردید. نتایج حاصل از تجزیه به مولفه های اصلی برای داده های مولکولی نشان داد که 12 مولفه اول قادر به توجیه 40/84 درصد از کل تنوع می باشند. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های مورفوفیزیولوژیک و مولکولی انجام شد و تطابق زیادی بین نتایج نشان داد. مقایسه روش های مورد بررسی نشان داد که اطلاعات حاصل از داده های ریزماهواره می تواند مکمل اطلاعات حاصل از صفات مورفوفیزیولوژیک باشد.